В философской метафизике Д. Скота характерны его взгляды на материю и его понимание индивидуального бытия (principium individuationis). Д. Скот понимает всеобщность отрицательно — не как полноту всех определений, а напротив, как их отсутствие: самое общее бытие для него есть самое неопределенное, пустое; таковым он признает материю самое по себе (materia prima). Он не разделяет ни Платонова взгляда, по которому материя есть не сущее (to mh on), ни Аристотелева, по которому она есть только потенциальное бытие (to dunmei on): по Д. Скоту материя актуально выделяется из ничего и есть действительный предел творения. Всё существующее (кроме Бога) слагается из материи и формы. Существование материи или ее реальность независима от формы, которою определяется только качество материального бытия. Различные подразделения материи, различаемые Д. Скотом, выражают только различные степени определенности, которую материя получает от своего соединения с формой; сама она везде и всегда одна и та же. Таким образом понятие материи у Д. Скота совпадает с понятием всеобщей субстанции, единого реального субстрата всех вещей. Неудивительно, поэтому, что, вопреки всем схоластическим авторитетам, Д. Скот приписывал материальность человеческим душам и ангелам. Весьма замечателен следующий аргумент: чем какая-нибудь форма совершеннее, тем она действительнее (актуальнее), а чем она актуальнее, тем сильнее внедряется она в материю и прочнее ее с собою соединяет; но формы ангела и разумной души суть совершеннейшие и актуальнейшие, и, следовательно, всецело соединяют с собою материю, а потому и не подвергаются количественному распадению, так как имеют свойство силы единящей.

Полагая в основу всего существующего в мире единую неопределенную материю или субстанцию и понимая совершенство как форму всецело овладевшую материей и определившую ее, Д. Скот представлял себе мироздание как постепенное восхождение от общего к индивидуальному, от слитного к раздельному, от неопределенного к определенному, от несовершенного к совершенному. Невольно соединяя схоластические понятия с древними образами северной мифологии, он сравнивает вселенную с огромным деревом, которого корень — первая материя, ствол — видимое вещество, ветви — физические тела, листья — организмы, цветы — человеческие души, а плоды — ангелы. Д. Скот первый из философов христианского мира стал в космологии на точку зрения генетическую, ясно и решительно высказал ту идею постепенного развития (снизу вверх), которая во всей своей односторонности была в наши дни разработана его соотечественником Гербертом Спенсером. Представление вселенной как самостоятельного, из себя развивающегося целого, есть философ. заслуга Д. Скота, хотя он не сумел связать этой идеи с основными истинами теологии, в которые искренно верил. В каком действительном отношении формы природного бытия находятся к соответствующим идеям божественного ума? И далее: если идеи божественного ума становятся действительными вещами чрез привхождение к ним актов божественной воли, а с другой стороны, основа всякого реального бытия в мире есть всеобщая субстанция или первая материя, то спрашивается: в каком же отношении между собою находятся эти два первоначала всякой реальности? Удовлетворительного, в философском смысле, решения обоих этих допросов мы не находим у Д. Скота. Отожествляя всеобщее с неопределенным в своей materia prima и видя в ней низшую ступень, minimum бытия, Д. Скот естественно признавал положительный полюс бытия, maximum реальности, за существованием единичным или индивидуальным, как представляющим высшую степень определенности. Вопреки большинству своих предшественников и современников в философии Д. Скот понимал индивидуальность не как что-то привходящее (accidens) к сущности, а как нечто существенное, само по себе (entitas). Совокупность свойств, характеризующих Сократа и отвечающих на вопрос, что есть Сократ — так назыв. у схоластиков quidditas — еще не составляет индивидуального существа Сократа, как этого лица, ибо вся эта совокупность мыслимых свойств могла бы принадлежать нескольким субъектам в следовательно не есть настоящая индивидуальность этого субъекта, действительного Сократа. Эта последняя не есть что-либо качественно определимое, она не может быть высказана как что-нибудь, а только указана как это. Эта неизреченная индивидуальная сущность не есть ни материя, ни форма, ни сложное из обоих, а крайняя реальность всякого существа (ultima realitas entis). Ученики Д. Скота изобрели для его principium individuationis название haecceitas в противоположность с quidditas.

В антропологии Д. Скота особенно замечательны следующие положения: человек есть совершеннейшее соединение совершеннейшей формы с совершеннейшею материей. Души творятся непосредственными актами воли Божией. Бессмертие души не может быть доказано разумом и принимается только верою. Душа не отличается реально от своих сил и способностей; они — не ассidentia душевной субстанции, а сама душа, в определенных состояниях и действиях или в определенном отношении к чему-либо. Между известными мыслителями, не только средневековыми, но и всех времен, Д. Скот — единственный, который вполне решительно и отчетливо признавал свободу воли, с исключением всякого детерминизма (Из менее известных схоластиков предшественником его индетерминизма был Вильгельм Овернский (умер 1249), которому принадлежит определение: voluntas sui juris suaeque potestatis est). Воля есть причина, которая может сама себя определять. В силу своего самоопределения воля есть достаточная или полная причина всякого своего акта. Поэтому она не подлежит никакому принуждению со стороны предмета. Никакое предметное благо не вызывает с необходимостью согласия воли, но воля свободно (от себя) соглашается на то или другое благо, и таким образом может свободно соглашаться на меньшее, как и на большее благо. Наша воля не только есть настоящая причина наших действий, но и единственная причина самих хотений. Если воля в данном случае хотела того или другого, то этому нет никакой другой причины, кроме той, что воля есть воля, как для того, что тепло согревает, нет иной причины, кроме той, что тепло есть тепло, Замечательна по своей безукоризненной точности следующая краткая формула «утонченного доктора»: не иное что, как сама воля, есть полная (или цельная) причина хотения в воле (nihil aliud a voluntate est causa totalis volitionis in voluntate). С учением о свободе воли тесно связано учение о первенстве (примате) воли над умом. Воля есть сила самоопределяющаяся и самозаконная, она может хотеть и не хотеть, и это зависит от ее самой, тогда как ум определяется к своему действию (мышлению и познанию) с троякою необходимостью: 1) собственною природою, в силу которой он есть только способность мышления, я не в его власти мыслить или не мыслить; 2) данными чувственного восприятия, определяющими первоначальное содержание мышления, и 3) актами воли, обращающей внимание ума на тот или другой предмет и тем определяющей дальнейшее содержание и характер мышления. Согласно с этим, Д. Скот различает первое разумение или мышление, определяемое природой ума и первоначальными предметными данными (intellectio s. cogitatio prima), и второе, определяемое волей (i. s. с. secunda). Акт ума должен находиться из власти воли, дабы она могла отвращать ум от одного мыслимого и обращать его к другому, ибо иначе ум остался бы навсегда при одном познании предмета, первоначально ему данного. Ум (в «первом мышлении») лишь предлагает воле возможные сочетания идей, из которых водя сама выбирает желательное ей и передает его уму для действительного и отчетливого познания. Таким образом, если ум бывает причиною хотения, то лишь причиной служебною относительно воли (causa subserviens voluntati). Все свои психологические рассуждения Д. Скот старается оправдать эмпирически, обращаясь к внутреннему опыту, как к высшей инстанции. «Что это так — говорит он, — явствует из достоверного опыта, как всякий может испытать в себе самом». Признание первенства воли над умом существенно предопределяет и этическое учение Д. Скота. Основание нравственности (как и религии) есть наше желание блаженства. Это желание удовлетворяется не в теоретической, а в практической области духа. Окончательная цель нравственной жизни или верховное благо (summum bonum) заключается не в созерцании абсолютной истины или Бога, как полагал Фома, с большинством схоластиков, а в известном аффекте воли, именно в совершенной любви к Богу, реально нас с Ним соединяющей. Норма нравственности есть единственно Божья воля, предписывающая нам законы деятельности, как естественные, так и религиозно-положительные. Праведность состоит в исполнении этих законов; грех есть функциональное нарушение праведности, а не какое-нибудь существенное извращение нашей души. Ничто, кроме Бога, не имеет собственного достоинства, а получает положительное или отрицательное значение исключительно от воли Божией, которую Д. Скот понимает как безусловный произвол. Бог хочет чего-нибудь не потому, что оно добро, а напротив, оно есть добро только потому, что Бог его хочет; всякий закон праведен лишь поскольку он принимается божественною волею. Единственно от произволения Божия зависело поставить условием нашего спасения воплощение и крестную смерть Христа; мы могли бы быть спасены и другими способами. В христологии своей Д. Скот, при всем желании быть правоверным, невольно склоняется в несторианскому и адоптианскому воззрению: по его представлению Христос, рожденный как совершенный человек Пресв. Девою (которая т. о., по Д. Скоту, несмотря на свое непорочное зачатие, не была в собственном смысле Богородицею), достигает совершенного единения с божественным Логосом и становится Сыном Божиим. Только скептические оговорки Д. Скота о бессилии разума в вопросах веры не дозволили ему сделаться формальным еретиком. Впрочем, и относительно веры он допускает сомнение, отрицая только сомнение побеждающее.