Шло время, а «Скорпион» не возвращался в родной порт и не подавал о себе вестей. Сомнений больше не оставалось — лодка затонула. Сначала тщательному обследованию подвергся относительно неглубокий район атлантического шельфа. Если лодка затонула неповрежденной, а члены ее экипажа живы, то можно попытаться спасти их (что исключалось на более значительных глубинах). Вторым районом поиска стали вершины подводных гор, которые тянутся на протяжении многих миль. Предполагалось, что одна из них расположена ближе к поверхности, чем это указано на картах, и на ней может лежать «Скорпион». Эта полоса была обследована с воздуха на случай, если лодка находится на поверхности, а ее электрические системы вышли из строя в результате какого-то происшествия, может быть, даже столкновения с китом.

Во время поисков «Скорпиона» неподалеку от побережья штата Вирджиния на дне обнаружили подводную лодку почти таких же размеров, что и «Скорпион». Оказалось, что она находится там еще со времен Второй мировой войны. Несколько раз в радиопередачах было зафиксировано слово «Брэндивайн» — кодовое название «Скорпиона», однако проверка показала, что это название вполне законно носят восемь судов. Один из радиолюбителей из Лондона сообщил журналистам, что принял радиограмму с борта «Скорпиона», в которой говорилось о неполадках конденсатора паротурбинной установки. Это сообщение, однако, сразу же опровергло командование ВМС США. Только через девять дней командование ВМС объявило лодку «предположительно погибшей».

Спасательные суда и самолеты были отозваны на свои базы, и в море остались для продолжения поисков только суда «Боудич» и «Мизар», успешно зарекомендовавшие себя при поисках «Трешера» и потерянной у Паломареса водородной бомбы. «Мизар» тянул за собой со скоростью один узел своеобразные сани — сваренную из стальных труб конструкцию, передвигавшуюся на расстоянии 4—9 метров от дна. На санях были установлены соединенные с судном коаксиальным кабелем (длиной более 6 километров) магнитометр, фотокамера специальной конструкции, снабженная объективом с полем зрения 120 градусов и двумя импульсными лампами, а также гидролокатор горизонтального и вертикального обзора.

Тем временем в Вашингтоне начали выявляться весьма неприглядные факты. Один из журналистов написал, что в корпусе «Скорпиона» имелись очень тонкие (волосные) трещины. В гидравлических уплотнениях вокруг корпуса перископа наблюдалось проникновение воды. Такие же протечки отмечались и вокруг гребного вала. Не исключалась также возможность каких-то неисправностей в навигационном оборудовании лодки.

Пресса преподнесла этот факт как сенсацию, но вскоре выяснилось, что репортер, никогда не служивший на подводной лодке, ввел читателей в заблуждение. В действительности сталь, используемая для строительства корпусов подводных лодок, всегда имеет волосные трещины, что является свойством структуры этой марки стали. Подобные трещины затем легко шлифуются без какого-либо вреда для корпуса. Сквозь гидравлические уплотнения всех перископов всегда просачиваются вода и масло, капающие на головы подводников. Протечка вокруг гребного вала — это не просто вполне нормальное явление, она заранее предусмотрена. Каждая вахта в машинном отделении должна следить за тем, чтобы протечка не прекращалась: забортная вода играет роль смазки, предотвращающей заедание быстро вращающегося вала. Что касается неисправностей в работе навигационного оборудования, то образованная вскоре следственная комиссия не смогла получить ни одного данного под присягой показания, которое подтвердило бы, что подобные отказы имели место. Такова действительная ценность этих «неприглядных фактов».

10 ноября 1968 года было опубликовано официальное сообщение о том, что «Скорпион» найден в результате самой крупной в истории поисковой операции, в которой принимали участие 6 тысяч человек и 400 судов и самолетов. Несколькими днями ранее, 30 октября, с борта «Мизара» в штаб ВМС США поступила радиограмма следующего содержания: «Предметы, опознанные как части корпуса подводной лодки США „Скорпион“, обнаружены примерно в 400 милях к юго-западу от Азорских островов на глубине более 3 тысяч метров».

То есть она была в 150 милях от точки с координатами, указанными в последней радиограмме.

Адмирал Мурер сделал официальное сообщение о том, что океанографическое исследовательское судно «Мизар» сфотографировало часть корпуса подводной лодки, лежащей на дне океана в 400 милях юго-западнее Азорских островов, однако едва ли удастся поднять на поверхность хоть какие-нибудь обломки. Следственная комиссия приняла решение продолжать расследование обстоятельств катастрофы

Как же удалось найти лодку? Журналист Дрю Пирсон утверждал, что «Скорпион» был обнаружен русскими, любезно сообщившими командованию ВМС США о том, где она найдена. Более вероятно, однако, что лодка (точнее, ее останки) была найдена в результате тщательного расследования, проведенного ВМС. На всем континентальном шельфе у побережья США размещены гидрофоны и другая аппаратура, установленные на глубинах от 180 до 4900 метров и образующие систему раннего предупреждения на случай нападения вражеских подводных лодок.

Ни одно из этих устройств не зарегистрировало прохождения «Скорпиона», однако группа гидролокаторов, установленных неподалеку от Азорских островов, зафиксировала звук, который мог быть вызван разрушением корпуса подводной лодки. Затем настала очередь подводных телевизионных камер, магнитометров, подводных фотокамер и гидролокаторов. Кроме того, для поисков лодки использовались недавно разработанные устройства, напоминавшие миниатюрные торпеды, снабженные гидролокаторами бокового обзора. Во время поиска они скользили над дном океана за кормой буксировавшего их судна, осматривая полосу шириной 600 метров.

Итак, обломки «Скорпиона» были найдены и сфотографированы. Погибшая лодка была обнаружена в обследуемом регионе. Она оказалась разорванной надвое в районе центрального поста. Объективы запечатлели на дне океана рядом с корпусом подводной лодки несколько более мелких обломков.

Осталось выяснить причины гибели лодки.

«Аризона рипаблик», 1 февраля 1969 года:

«Вашингтон. [ВПС]… Как сообщило министерство военно-морских сил, следственная комиссия, состоящая из семи человек, не смогла объяснить гибель „Скорпиона“, затонувшего в мае прошлого года…

Пока что единственными данными, которые рассказывают о гибели «Скорпиона», являются фотографии, сделанные подводными фотокамерами с исследовательского судна «Мизар».

По сообщению министерства военно-морских сил, несекретные выводы комиссии, опубликованные вчера, исключают две возможные причины катастрофы: столкновение с подводной горой или хребтом и аварию в атомной силовой установке.

В районе, где затонула подводная лодка, нет ни подводных гор, ни хребтов, а, заслушав показания экспертов, комиссия заключила, что катастрофа не могла произойти из-за каких-то неполадок в силовой атомной установке.

Комиссия также убеждена, что «гибель „Скорпиона“ нельзя приписать тому факту, что программа реконструкции лодки с целью обеспечения ее безопасности еще не была завершена…»

Комиссия считает, что «нет никаких оснований предполагать, будто „Скорпион“ стал жертвой диверсии».

Кроме того, комиссия не располагает данными, которые указывали бы на возможность столкновения «Скорпиона» с другой подводной лодкой или надводным судном, поскольку «ни одно американское или иностранное судно не сообщило о подобного рода столкновении».

Как подчеркивает комиссия военно-морских сил, экипаж «Скорпиона» — это опытный и слаженный коллектив, который в случае аварии действовал бы быстро и оперативно. «При возникновении течи такой хорошо обученный экипаж, как экипаж „Скорпиона“, немедленно принял бы все необходимые меры для ее ликвидации», — записано в докладе комиссии.

«Хотя фотографии не дают никаких оснований предполагать, что подводная лодка затонула в результате взрыва одной из ее собственных торпед, — говорится в докладе, — комиссия расследовала вопрос о вероятности такого взрыва»».