Малиновский не исключал возможности наступления немцев на юге и предпринял ряд мер по укреплению обороны. По его приказу были созданы до четырех оборонительных рубежей, а 24-я армия, входившая во второй эшелон, получила задачу быть готовой к совместным военным действиям на стыке с войсками Юго-Западного фронта.

Летом 1942 года немецкие части упорно рвались к Кавказу. Войскам Южного фронта пришлось отходить. Правда, отход за реку Дон был осуществлен сравнительно организованно и последовательно от одного рубежа к другому, а на южном берегу Дона Малиновскому и штабу фронта удалось организовать оборону. Затем Южный фронт сливается с вновь созданным Северо-Кавказским фронтом. Малиновский назначается заместителем командующего новым фронтом.

Вскоре ему было приказано принять под свое командование 2-ю гвардейскую армию.

В ноябре 1942 года в междуречье Волги и Дона советскими частями была окружена 6-я немецкая армия под командованием Паулюса. Положение ее с каждым днем становилось все более критическим. Для деблокирования немецких войск создается группа армий «Дон», которую возглавил фельдмаршал Манштейн. Под его командованием находилось 30 дивизий. Немецкое командование рассчитывало одновременным встречным ударом войск Паулюса и Манштейна разорвать кольцо окружения и восстановить утраченные под Сталинградом позиции. В декабре войска Манштейна перешли в наступление, и к 20 декабря между двумя немецкими армиями оставалось расстояние чуть больше 40 километров. Но действия 2-й гвардейской армии помешали противнику осуществить план. В задачу Малиновского входило не только остановить дальнейшее продвижение немецкой группировки «Дон», но и разгромить ее.

Упредив противника, Малиновский сумел раньше Манштейна выдвинуться на выгодный рубеж на реке Мышкове и прочно закрепиться на нем. Затем в ходе операции в районе Котельникова и Тормосина 2-я гвардейская армия во взаимодействии с 5-й ударной и 51-й армиями разгромила войска группы армий «Дон». За блестяще проведенную операцию Родион Яковлевич Малиновский был награжден орденом Суворова I степени.

В начале февраля 1943 года уже в чине генерал-полковника Малиновский становится командующим войсками Южного фронта. Войска этого фронта 14 февраля освободили Ростов-на-Дону.

В марте 1943 года Малиновский был назначен командующим войсками Юго-Западного фронта, и ему было присвоено звание генерала армии.

13 августа 1943 года войска Юго-Западного и Южного фронтов начали проведение операции по освобождению Донбасса. К 22 сентября войска Малиновского отбросили противника к Днепру южнее Днепропетровска и продолжили наступление на Запорожье.

Запорожская наступательная операция (10—14 октября 1943 года) стала одной из самых заметных в ходе битвы за Днепр. Ее результатом стало освобождение Запорожья – важного узла обороны противника и ликвидация плацдарма на левом берегу Днепра. Были созданы благоприятные условия для развертывания наступления на криворожском направлении и в тыл мелитопольской группировке противника с выходом к низовьям Днепра. А это, в свою очередь, позволяло блокировать с суши 17-ю немецкую армия в Крыму. При проведении операции потери немцев составили пять пехотных и одну моторизованную дивизии. За ее успешное проведение Родион Яковлевич Малиновский был награжден орденом Кутузова I степени.

20 октября 1943 года Юго-Западный фронт был переименован в 3-й Украинский, командующим фронтом остался Р.Я.Малиновский. Развивая наступление, войска фронта освободили Днепропетровский промышленный район и захватили плацдарм на правом берегу Днепра.

Большого успеха войска 3-го Украинского фронта добились на Правобережной Украине. В феврале 1944 года силами двух фронтов – 3-го и 4-го Украинских – успешно была проведена Никопольско-Криворожская наступательная операция, в результате которой был ликвидирован немецкий плацдарм на левом берегу Днепра и освобождены города Никополь и Кривой Рог.

28 марта был освобожден Николаев, а 10 апреля – Одесса. Войска 3-го Украинского фронта продвинулись на 180 километров и разгромили шесть немецких дивизий. Захватив выгодные плацдармы на Днестре, они создали условия для последующих операций по освобождению Молдавии и выходу на Балканы, не говоря уже о том, что с освобождением Одессы немецкие группировки в Крыму оказались в безнадежном положении.

В мае 1944 года Родион Яковлевич Малиновский вступил в командование войсками 2-го Украинского фронта. Под его руководством штаб фронта приступил к разработке Ясско-Кишиневской операции. Ее целью был разгром немецкой группировки «Южная Украина», а также полное освобождение Молдавии и вывод из войны Румынии. Операция проводилась силами двух фронтов (2-го и 3-го Украинских) при взаимодействии с Черноморским флотом и Дунайской речной флотилией.

При разработке плана операции Малиновский решает нанести удар по наиболее уязвимому месту немецкой обороны в обход укрепленных районов. На этом месте он сосредоточивает половину стрелковых дивизий, орудий и минометов и больше половины всех танков. Оперативное построение войск – два эшелона, эшелон развития успеха и резерв. Малиновский самым тщательным образом изучил оборону противника на участке прорыва. Были определены все ключевые опорные пункты, проведена аэрофотосъемка. Танкисты изучали маршруты движения по фотографиям и до переднего края обороны по несколько раз проходили его пешком. На крупномасштабной карте была проиграна вся операция, и каждый командир дивизии хорошо знал зону своего действия.

Наступление началось утром 20 августа после мощной артиллерийской подготовки (плотность огня – 240 орудий и минометов на 1 километр). Хорошо организованная операция позволила быстро прорвать оборону противника и ввести в боевые действия войска эшелона развития успеха уже в первый день сражения. Мощные подвижные соединения устремились в глубь расположений противника. И 23 августа танковые соединения 2-го Украинского фронта соединились с войсками 3-го Украинского, замкнув кольцо окружения. В нем оказалось пять немецких корпусов, которые в течение нескольких дней были полностью разгромлены.

Успехи войск 2-го и 3-го Украинских фронтов оказали решающее влияние на изменение политической обстановки в Румынии. Антифашистские силы страны 23 августа свергли режим Антонеску и образовали новое правительство, которое 24 августа заявило о выходе из войны на стороне Германии и объявило ей войну. Разгром главных сил группы армий «Южная Украина» вызвал и другие крупные политические события в Европе. 29 августа вспыхнуло восстание в Словакии. В Венгрии было образовано новое буржуазное правительство, которое стало искать пути выхода из войны.

За успешное руководство операцией Родиону Яковлевичу Малиновскому было присвоено звание Маршала Советского Союза.

Наступление войск 2-го Украинского фронта продолжалось, и к октябрю 1944 года, пройдя на запад и северо-запад до 500 километров, они подошли к границам Венгрии и Югославии. В октябре перед Малиновским была поставлена задача по разгрому войск противника в северных районах Румынии и на территории Юго-Восточной Венгрии. К этому времени в оперативном подчинении Малиновского находились и румынские части. Войскам 2-го Украинского фронта противостояла группа армий «Юг», состоящая из 8-й и 6-й немецких, 3-й и 2-й венгерских армий. Малиновский разработал и успешно провел Дебреценскую наступательную операцию.

Наступление началось 6 октября. В ходе напряженных боев был отражен контрудар трех армейских и одного танкового корпусов противника, войска фронта нанесли тяжелое поражение группе армий «Юг» – были разгромлены 10 немецких дивизий. К 28 октября был освобожден Дебрецен и захвачен крупный оперативный плацдарм на западном берегу Тисы. За время проведения операции войска 2-го Украинского фронта продвинулись на 130—275 километров.

28 октября Сталин приказал Малиновскому наступать на Будапешт.

Будапештская операция стала одной из самых продолжительных и трудных операций, проводимых Малиновским в годы Великой Отечественной войны. Начавшись 29 октября 1944 года, операция была завершена только 13 февраля 1945 года.