Возвратившись во Францию, Ламетри одно время служил полковым врачом. Бивуачная жизнь кончилась тяжелой простудой, открывшаяся горячка поставила его на грань между жизнью и смертью. Наблюдая за ее течением, доктор пришел к убеждению, что духовная деятельность человека определяется его телесной организацией. Эта идея легла в основу его первого философского сочинения «Естественная история души» («Histoire naturelle de l`ame», 1745 г., или «Трактат о душе» – «Traite de l`ame»), в котором он старался доказать, что жизненные силы, называемые душой, гибнут вместе с телом.

Эта дерзкая по тем временам мысль создала ему много врагов, книгу сожгли. Еще большие неприятности его ждали после выхода в свет книги «La politique du medecin Machiavel» (1746 г.). В ней своими нападками на французских врачей, в особенности на доктора Астрюка и Парижский медицинский факультет, Ламетри восстановил против себя медицинский мир и вынужден был переселиться в Голландию. Чем провинился медицинский факультет – известно: он славился своим неискоренимым консерватизмом и ретроградством, а доктор Астрюк?

Французский врач и философ Жан Астрюк (Astruc, 1684–1766) высказал в 1736 году мысль, что мозг является центром всех нервных волокон и, таким образом, все физические реакции обусловлены мозгом. Декарт в 1640 году описал рефлекс, но он не применял в своем изложении термин «рефлекс». Впервые его предложил Астрюк в книге «La Genese» (1743). Астрюк известен еще и тем, что одним из первых критически изучал библейские тексты, содержащие описания кожных и кожно-венерических болезней. В трактате о венерических болезнях Астрюк рассматривает сифилис, гонорею; в качестве лечения предлагает ртутные препараты. Он против контрацептивов, т. к. достаточно небольшого повреждения кондома, чтобы вирус через него смог проникнуть в организм. Кроме того, нравственность и религия, по его мнению, не разрешает пользоваться контрацептивами, ибо они дают слишком большую свободу развратникам. В библейских текстах Астрюк также заметил, что в разных частях Книги Бытия Богу даются разные имена. Астрюк написал любопытный трактат о женских болезнях, в котором привел случаи внематочной беременности, когда плод находился в утробе матери 28, 30 лет и превратился в известковую массу.

Задолго до своего бегства в Голландию Ламетри решил ознакомить своих соотечественников с трудами великого Бургава. Он перевел с латинского и издал речи и книги своего учителя: «Трактат об огне» (1734 г.), «Лечение венерических болезней» (1735 г.), «Афоризмы Бургава и рассуждение о лечении болезней» (1739 г.), «Установления медицины» (1740 г.), «Химическая история Земли» (1741), «Установления медицины и афоризмы Бургава» (1743 г.). В качестве добавления к последней книге он пишет два тома «Комментариев». Но вот незадача! Еще раньше, в 1738 году, Галлер издал на латинском языке «Установления медицины» Бургава. А поскольку книга Бургава впервые увидела свет в 1708 году и с тех пор изменения в нее не вносились, то Галлер написал 4 тома «Комментариев», куда внес не только результаты наблюдений и опытов своих коллег, но и своих экспериментов, материалы диссертаций учеников и дал первоначальный эскиз своего учения о раздражимости и чувствительности. Последний, IV том «Комментариев» Галлер издал в 1743 году. Когда же он ознакомился с «Комментариями» Ламетри, то обвинил его в плагиате. По-видимому, Галлер на это имел все основания.

Раздраженный доктор Ламетри опубликовал в 1745 году под псевдонимом Шарп книгу «Естественная история души», где, логически развивая факты и теоретические обобщения Бургава и Галлера, оценивал их как материалистов и союзников атеистов. Галлер был возмущен и в 1747 году выступил в защиту своего учителя. В рецензии на книгу Ламетри он доказывал, что Бургав был глубоко верующим христианином-кальвинистом, который уже в 1690 году в своей докторской диссертации подверг резкой критике учение Эпикура и Спинозы, а позже, будучи профессором медицинского факультета Лейденского университета, не раз утверждал, что «все ощущения человека являются результатом свободной речи Бога с ним, а не следствием деятельности его мозга и органов чувств».

Вся эта острая и не в меру озлобленная полемика двух выдающихся учеников Бургава вызывала у современников искреннее недоумение. В 1747 году Ламетри нанес Галлеру серьезный удар, анонимно опубликовав в Лейдене сочинение «Человек-машина» с пометкой на обложке «1748 г.» (русск. пер. – 1911) с посвящением: «Господину Галлеру, профессору медицины в Геттингене», которое было также публично предано огню. В книге речь идет о проблеме объективного изучения психических процессов. Галлер, напуганный материалистическими идеями и крайними выводами Ламетри, всеми силами отмежевывался в печати от Ламетри. Богобоязненный Галлер писал по поводу книги Ламетри: «Благоговение перед создателем, религией и истиной не позволяет мне видеть без ужаса и содрогания тварь, которая осмеливается восстать против своего отца и зиждителя».

Стоило выйти в свет книге Ламетри, крупнейшему для той эпохи материалистическому и яркому атеистическому трактату, как со всех сторон на автора послышались угрозы. Голландское духовенство больше не могло дышать одним воздухом с этим «нечестивым атеистом» и требовало смертной казни для Ламетри, осмелившегося издать подобный труд в Голландии. Только что избежав мести французской церкви и парижских врагов, требовавших бросить его в Бастилию, Ламетри не находит покоя и в Голландии. Ламетри был изгнан из страны, а его враги выпустили ряд книг с резкими нападками и возражениями против высказанных им взглядов. Так, в 1749 году в Лейпциге издается книга Францена. В том же году, в том же Лейпциге издается латинский трактат Тралле, и, наконец, Хольман в 1750 году издает в Берлине книгу на французском языке. Кульминационным пунктом борьбы вокруг книги «Человек-машина» явилось появление книги анонимного автора под названием «Человек больше, чем машина». В той же лейпцигской типографии, где издана была книга Ламетри, в угоду торжествующим голландским священникам, поспешно, сейчас же по выходе в свет книги Ламетри, был напечатан этот документ, в котором «доказана неопровержимыми аргументами нематериальность души».

В начале 1751 года Ламетри прислал Галлеру свою статью «Искусство наслаждения», а затем новый памфлет – «Маленький человек с большим хвостом», где выставил своего противника в дурном свете, не стесняясь лжи и выдумок. В частности, Ламетри писал о том, что в 1735 году он посетил Галлера в Геттингене и вел с ним беседы на медицинские темы; встречался с ним в Бонне в доме Штайгера – друга детства Галлера – и обсуждал с ним вопрос о происхождении геморроя. Более того, ему, Ламетри, известно, что Галлер написал какую-то работу, атеистическую по своему содержанию, и прочитал ее перед сборищем «непотребных» женщин. Однако хорошо известно, что Ламетри никогда не бывал ни в Геттингене, ни в Берне, и тем более ни разу не виделся с Галлером и не разговаривал с ним. В этом злом памфлете было верно одно положение, а именно то, что Галлер написал в защиту Бюффона от наскоков богословов Сорбонны, обвинявших его в атеизме, предисловие к I тому «Естественной истории», вышедшей на немецком языке в начале 1751 года.

Получив от Ламетри этот памфлет, Галлер был возмущен до глубины души и отправил письмо президенту Берлинской Академии наук П.М. Мопертюи. Спустя некоторое время президент сообщил Галлеру, что Ламетри признался в своей выдумке и готов дать любое удовлетворение обиженному Галлеру. Галлер досадовал, что в лице талантливого философа-врача, который перевел и издал многие произведения Бургава с целью успешной борьбы среди медиков Франции с влиянием витализма Шталя, он мог бы иметь союзника. Но спор из-за «Комментариев», религиозность Галлера и его желание защитить Бургава от обвинений в атеизме и скрытых материалистических убеждениях, помешали ему иначе отнестись и к «Естественной истории души», и к посвящению ему «Человека-машины».

Знаменитым философским трактатом «Человек-машина» увлекалась передовая французская молодежь. В этом сочинении Ламетри как философ первым во Франции дал последовательное изложение системы механистического материализма и сенсуализма, а как врач рассматривал человеческий организм как самозаводящуюся машину, подобную часовому механизму. Ламетри в полном соответствии с взглядами, наиболее ясно сформулированными еще Декартом, трактовал организм как некий механизм, в который загружается топливо-пища, легкие-меха нагнетают воздух, сердце, как насос, прокачивает питательную жидкость – кровь по всем клеточкам, сбрасываются отработанные смазки и прогоревшие шлаки, что не было чем-то новым, если вспомнить хотя бы работы Гоффмана.