Такой же небезопасной оставалась обстановка и на других аэродромах, особенно там, где уже не оставалось гарнизонов советских войск и сил прикрытия, на которые можно было рассчитывать прилетающим транспортникам. Так, в Кандагаре для обеспечения хоть какого-то подобия безопасности окрестности аэродрома приходилось обрабатывать штурмовикам, приходившим за четыре сотни километров из Шинданда. Между тем здешний афганский гарнизон и остававшаяся группа советских десантников отчаянно нуждались в поддержке авиации, а снабжение могло осуществляться исключительно по воздуху. Распоряжавшийся в Кандагаре командир 2-го армейского корпуса генерал-губернатор Нурульхан Олюми, человек авторитетный и представительный, родной брат которого состоял помощником президента Наджибулы, вообще требовал только поддержки боеприпасами, все остальное добывая на месте. В округе у него везде были свои люди, и необходимое горючее и продовольствие попросту покупалось через здешних торговцев, которым боевые действия и блокада города особых помех не доставляли. Транспортники ходили в Кандагар в основном по ночам, доставляя патроны, снаряды и мины, а обратными рейсами забирали раненых.
Поскольку с уходом советских войск надежное прикрытие аэродрома не гарантировалось, безопасность полетов Ил-76 в Кандагар не обеспечивалась. Большая и тяжелая машина была слишком заметной мишенью и их полеты в Кандагар пришлось прекратить. На этом направлении продолжали работать только Ан-12 и Ан-26, у которых взлетные и посадочные маневры по «короткой схеме» были более компактными. Это существенно осложнило транспортные проблемы: как- никак, Ил-76 брал на борт втрое больше груза, чем Ан-12, не говоря уже об Ан-26 с их пятитонной грузоподъемностью. Снабжение Кандагара теперь приходилось осуществлять «двухступенчатым» образом: необходимые грузы из Союза доставлялись в Кабул на Ил-76, где их забирали Ан-12 и Ан-26, выполнявшие рейсы в Кандагар.
Показательным выглядело то, что планами вывода войск не предусматривалось сокращение авиатранспортных сил. Если в ходе первого этапа вывода армии численность ВВС 40-й армии сократилась на 45 %, то транспортники «полтинника» и 200-й эскадрильи оставались на месте, сохраняя всю свою группировку и продолжая работать «на всю катушку». Более того, летом 1988 г. авиационные силы пополнила еще одна часть, 339-я отдельная смешанная эскадрилья центрального подчинения. Эскадрилья была в спешном порядке сформирована на базе ВВС Закавказского округа к 11 июля 1988 г. и переброшена в Кабул, имея целью работу в интересах советнического аппарата и, при необходимости, — вывоз личного состава и эвакуацию посольского персонала и правительства Афганистана. В экстренном случае, помимо столичного аэропорта, забирать людей предусматривалось также со стадиона Кабула, находившегося поближе к административным кварталам. С этой целью эскадрилью укомплектовали пятью Ми-8МТ, двумя Ан-26 и одним Ан-12, базировавшимися на отдельной стоянке кабульского аэродрома. Без дела ей сидеть не пришлось — хотя противник и не шел на приступ Кабула, летчики эскадрильи активно занимались выполнением разнообразных транспортных задач, а вертолетные экипажи вели патрулирование окрестностей столицы и, после выхода из строя целой эскадрильи 50-го осап, привлекались к работе со спецназом, высадке досмотровых групп и борьбе с караванами.
Увеличению нагрузки на транспортную авиацию были очевидные обоснования: помимо обычных задач по снабжению частей 40-й армии, транспортники получили дополнительный объем работ по обеспечению вывода войск, их личного состава и средств. Только с кандагарской авиабазы требовалось вывести 280-й отдельный вертолетный полк, 205-ю отдельную вертолетную эскадрилью, штурмовую эскадрилью 378- го отдельного штурмового авиаполка и эскадрилью 979-го истребительного авиаполка со всеми причитающимися средствами, имуществом и многочисленным хозяйством. Помимо этого, существенно возросли потребности афганских войск. Мотивируя постоянно растущие потребности в поставках, Кабул в качестве довода приводил повышение значимости своей армии в противостоянии оппозиции. «Защита дела революции» нуждалась во все более значительной помощи: достаточно сказать, что в 1987 г. объемы советской военной поддержки возросли вдвое по сравнению с предыдущим годом, перевалив за миллиард рублей, а в 1988 г. увеличились еще на две трети, достигнув 1629 млн. рублей.
Впрочем, это были еще цветочки: на 1989 г., компенсируя отсутствие советских войск, афганское правительство вытребовало сумму еще в два с лишним раза большую — 3972 млн. рублей; тем самым объемы поставок Кабулу достигли 10,9 млн. рублей ежедневно, притом что дома в советских республиках все ощутимее становился дефицит множества товаров, от мыла и прочего ширпотреба до хлеба и бензина, за которым у заправок выстраивались многочасовые очереди. Война вообще оказалась делом ненасытным и все более неподъемным, буквально разоряя страну.
Помимо привычных заданий по перевозкам, силами транспортной авиации обеспечивалась доставка журналистских групп, прибывших освещать ход вывода войск в духе декларируемой открытости и гласности. Уже на первом этапе число журналистов от ведущих информационных агентств мира, включая европейские и американские, перевалило за 400, работали также 34 телевизионных и киногруппы. Представители информагентств, а также дипломатические работники от ООН и стран-наблюдателей прибывали в Ташкент, откуда их авиатранспортом перебрасывали в Кабул и, далее, здешними самолетами и вертолетами в гарнизоны, где они могли контролировать вывод войск и сопровождать колонны уходящих частей. Доставка наблюдателей и репортеров не обходилась без происшествий: самолет с первой же группой, прилетевшей на аэродром Джелалабада 14 мая 1988 г. а, садился ночью на обстреливаемом аэродроме под разрывы мин и пулеметные трассеры — моджахеды демонстрировали свой «сценарий» прощания с русскими.
Неожиданным образом обернулась ситуация с уходом советских войск из Кундуза. Центр провинции на севере страны лежал в какой-то полусотне километров от советской границы и обстановка здесь считалась довольно сносной, к тому же здесь находились немалые силы афганской группы войск «Север» и формирования войск МВД и МГБ, считавшиеся опорой власти. Однако в Кундузе не нашлось деятельного правителя, подобного кандагарскому генерал-губернатору, а прочность правительственных сил на деле не выдержала первого же нажима со стороны противника. Имея почти пятикратное численное превосходство над отрядами оппозиции, те попросту разбежались при подходе моджахедов к городу и Кундуз был взят 8 августа 1988 г. безо всякого сопротивления. Местная власть и остатки гарнизона отступили на аэродром Кундуза, где укрылись под охраной подразделений 75-го пехотного полка. На запросы из центра обескураженные местные руководители объясняли случившееся повальным превосходством сил противника и их напором, превозмогшим героическое сопротивление защитников города, однако при детальном рассмотрении выяснилось, что «доблестные защитники» не имели в своих рядах ни погибших, ни раненых, а мэр города и часть верхушки МГБ и МВД при подходе моджахедов тут же перешли на их сторону.
Для исправления положения в штабе 40-й армии оперативно подготовили план ответных действий. Опорным пунктом для их развития являлся именно аэродром Кундуза, остававшийся в своих руках. Речь шла не только о помощи незадачливому союзнику, но и о стратегическом развитии ситуации — Кундуз, четвертый по величине город страны, являлся крупным узловым центром, по близлежащим дорогам шло снабжение остававшихся частей 40-й армии, да и планам вывода войск соседство крупной группировки оппозиции могло стать серьезной помехой. Вечером 12 августа 1988 г. в Кундуз на Ан-12 вылетела группа офицеров штаба 40-й армии, а следом на Ан- 26 — генералы и офицеры оперативной группы Минобороны СССР во главе с генералом армии В.И. Варенниковым. Аэродром Кундуза обстреливался противником, не работало радио и светотехническое обеспечение, из-за чего для освещения полосы к ней пришлось подогнать несколько БТР, обозначавших направление посадки светом фар. Командир Ан-12 майор В. Афанасьев в темноте сумел нормально посадить самолет, через час прибыл и Ан-26.