По Положению морские самолёты соединялись в гидродивизионы из трёх отрядов, из которых два гидро- и один истребительный отряд. Каждый отряд состоял из четырех-шести самолётов. По местным условиям гидродивизионы могли иметь от двух до четырёх отрядов. При наличии в отдельном море свыше одного дивизиона, общее руководство и управление ими вверялось начальнику воздушного флота моря. В оперативном отношении морская авиация подчинялась командующему флотом, во всех остальных отношениях – начальнику главного управления РКК ВФ через его помощника на фронте – начальника авиации действующей армии.

Приказом РВСР № 2294/506 от 31 октября, № 2449/478 от 10 ноября 1920 г. и № 2666/506 от 27 ноября 1922 г. морскую авиацию подчинили Главвоздухофлоту, в оперативном отношении она оставалась в распоряжении морского командования.

В конце 1920 г. вся боевая авиация насчитывала 228 самолётов, сильно изношенных и разнотипных. Морская авиация, состоявшая из четырех разведотрядов, четырех истргидроотрядов и четырех дивизионов, имела всего 90 самолётов и штатную численность 2430 человек.

26 декабря 1920 г. воздушную бригаду переименовали в Воздушный флот Балтийского моря, его начальником назначили морского летчика Л.М. Перцеля. Сформировали 1-й и 2-й разведывательные авиаотряды и 1-й истребительный авиаотряд.

Тогда же воздушную бригаду Волжско-Каспийской флотилии переименовали в Воздушный флот Черного и Азовского морей. Начальником его назначили морского летчика М.М. Сергеева. К 23 марта 1921 г. формирование штаба Воздушного флота Черного и Азовского морей завершилось.

Вместо гидродивизионов, существовавших в морской авиации как основная организационная и административно-хозяйственная единица, перешли к отрядной системе (гидроавиационные и морские истребительные). После таких преобразований в воздушном флоте Черного и Азовского морей осталось три отряда: второй, третий и четвертый. Созданный в 1918 г. после разгрома Врангеля 2-й истребительный отряд под командованием морского летчика В.Н. Лаврова базировался в Одессе. Из остатков 12-го армейского авиационного отряда в Москве сформировали 3-й отряд, доукомплектовав его летчиками, матросами и солдатами. Он получил название гидроавиационного. После войны отряд базировался в Одессе. С 1922 г. им командовал А. Шляпников. С историей этого отряда связано имя С.П. Королева, который, будучи учеником строительной школы, проводил много времени на гидроаэродроме, выполняя обязанности нештатного механика на самолете М-9 пилота К. Боровикова. В бухте Нахимова базировался 4-й отряд, состоявший из трофейных самолётов «Альбатрос», захваченных у врангелевцев. В течение двух лет отрядом командовал морской лётчик Б. Чухновский. Центральную гидроавиационную станцию разместили в Киленбухте (Севастополь). Ее возглавил инженер-механик Е. Андреев. Личный состав станции ремонтировал самолеты и приводил в порядок авиационное имущество.

К концу 1921 г. в морской авиации оставалось 36 самолетов и 622 человека личного состава. На действующие части морской авиации возлагались следующие задачи: воздушная разведка и наблюдение за противником; охрана судов и береговых объектов от налетов вражеской авиации и их отражение; обеспечение воздушной связи флота (флотилии) со штабами фронта и армии.

Тем временем в открытой и закрытой печати продолжали дискутировать о целесообразности и бесполезности объединения морской и сухопутной авиации. Сторонники разделения считали, что гидроавиация из-за слияния ее с сухопутной потеряет свою самостоятельность и займет «незаслуженно мало места в общей схеме военной организации Республики». Необходимость передачи морской авиации флоту ее сторонники (не акцентируя внимания на гидросамолетах) обосновывали соображениями оперативной целесообразности, высказывая мысль о невозможности завоевания господства на море без достижения его в воздухе. Последнее, пожалуй, справедливо, но оно не свидетельствовало о целесообразности передачи авиации флоту, а тем более о пользе гидросамолётов.

В начале ноября 1922 г. начальник Морских сил Балтийского флота М. Викторов направил письмо в Реввоенсовет Балтийского флота, в котором вновь обращал внимание на необходимость авиации для флота. Приводилась довольно объективная оценка состояния авиации: «До сего времени мы имели постепенно приходящие в ветхость аппараты устаревших образцов, а во время Гражданской войны утратили свой, выработанный за войну небольшой кадр морских лётчиков специалистов. Можно сказать определённо, что в настоящее время морской авиации не существует, ибо то, что имеется, не имеет ничего общего с морем, кроме разве 6- 8 полусломанных гидросамолётов. Предлагаемый путь выхода из положения не отличается оригинальностью: «подчинить всю морскую авиацию морскому командованию; учредить специальную школу морских лётчиков, куда по возможности назначать моряков; пополнить морскую авиацию современными самолётами».

М-9 в летной школе в Ораниенбауме

Шорт-184 (трофей Гражданской войны) в Ораниенбауме

Из резолюции начальника авиагидроотделения штаба Воздухофлота Курбатова от 4 декабря 1922 г. на доклад начальника морских сил Балтийского моря Балтийского флота:

«Отсутствие самолётов – явление общее для всей авиации, причём нельзя не отметить, что в этом вопросе Морштаб проявляет не особенно большую заинтересованность, так как просьба Штаба Воздухофлота республики от 11 августа за Ns2561/1590 дать заключение о типах гидросамолётов и о заданиях при боевой обстановке для выбора соответствующих самолетов при за гран заказах осталась без ответа, несмотря на повторение».

Приказ РВСР от 22 ноября 1922 г. вновь подтверждает – морская авиация является составной частью не РККФ, а Красного Воздушного Флота. Соответственно начальники воздушных флотов морей должны были подчиняться командованию на местах только в оперативном отношении. Этим же приказом устанавливалось, что вопросы организации, управления, комплектования и боевой подготовки морской авиации подлежат согласованию с руководством РККФ.

В сентябре 1922 г. на Балтике провели маневры, в которых с обеих сторон приняло участие 15 самолётов. Из отчёта слушателя морской академии А.Зиновьева, бывшего посредником на этом учении:

«Качество лётного состава в оперативном отношении – на высоте, налицо не только искусство, но и отвага. Но они не выдерживают критики в военно-морском отношении. Практика полётов показала, что в совместной работе с флотом гидроавиация – нуль. Чрезвычайно печальным фактором является полное, за очень малым исключением, невежество лётчиков в оперативном и военно-морском отношении: кораблей никто не различает; морских карт не читают; по компасу не летают, хотя последние установлены на аппаратах, девиация не уничтожена».

А вот приказ по воздушному флоту Балтийского моря за № 316, датированный 5 октября того же года: «Во время маневров Балтийского флота гидро-истросамолёты производили много полётов, причём начальник 1-го разведывательного гидроотряда Б.Г. Чухновский, начальник истротряда Е.И. Петкевич и красвоенморлёты Соснин и Силанер позволили себе первый на гидро снизиться над Петергофским аэродромом до 10-15 м, а остальные во время… атаки отряда «синих» снижались над водой до 5 м. Ставлю всем четверым на вид недопустимость подобных рискованных полётов… Малейшая неисправность в моторе и отказ его в работе неминуемо влечёт гибель не только самолёта, но и лётчиков». Приказ подписал ВРИД нач. воздухофлота Балтийского моря красвоенморлёт Перцель.

К началу 1923 г. морская авиация состояла из четырёх разведывательных гидроотрядов и двух отрядов истребителей.

В июне на вооружении морской авиации состояли: М-9, М-20, М- 15, «Телье», С-16бис, Шорт-184 (поплавковый), Виккерс «Викинг», «Норманн-Гамсун», «Авро», Ньюпор-24бис, Спад, «Балилла» А-1, Фоккер Д-7, Мартинсайд, Юнкере.