Наиболее древние обобщения в области И. принадлежат индийским учёным (Сусрута, 6 в. до н. э., и др.). Первая книга по рыбоводству, в которой содержатся также сведения об образе жизни рыб, опубликована в Китае в середине 1-го тыс. до н. э. Систематизированные сведения о рыбах впервые встречаются лишь у Аристотеля (4 в. до н. э.), который в труде «История животных» выделил рыб в отдельную группу водных позвоночных, привёл много данных по анатомии, размножению и образу жизни рыб. До 15 в. в Европе знания о рыбах сколько-нибудь существенно не расширились. Только со 2-й половины 15 в., с развитием хозяйства и торговли, создались более благоприятные условия для развития всех отраслей естествознания, в том числе и для изучения рыб, в первую очередь как ценного хозяйственного объекта. За 41/2 столетия (15—19 вв.) был накоплен большой материал по фауне морских и пресноводных рыб (работы французских учёных П. Белона и Г. Ронделе, итальянский — И. Сальвиани, шведский — П. Артеди и К. Линнея, немецкий — М. Блоха, И. Мюллера и др.). В более позднее время изучением фауны рыб занимались французский учёный А. Валансьенн, американский — Д. Джордан, К. Хэбс, английский — А. Гюнтер, Г. Буланже, Ч. Риген, Дж. Нормен, шведский — Э. А. Стеншьё и многие другие. Из учёных, исследовавших фауну рыб России, особенно много сделали С. П. Крашенинников, П. С. Паллас, И. А. Гюльденштедт, И. И. Лепёхин, Э. И. Эйхвальд, К. Ф. Кесслер, Н. А. Варпаховский и др.
В 19 в. И. выделяется из зоологии в самостоятельную науку. Начинается новый этап её развития, непосредственно связанный с нуждами интенсивно развивающегося рыбного промысла и характеризующийся исследованиями динамики численности промысловых рыб, влияния промысла на рыбные запасы, условий воспроизводства рыбных запасов. В России большое значение имели проведённые К. М. Бэром и Н. Я. Данилевским научно-промысловые исследования на Каспийском, Азовском, Чёрном и Северных морях и на Псковском озере.
В конце 19 в. и начале 20 в. научно-промысловые исследования проводили: немецкий учёный Ф. Хейнке (по сельдям), датский учёный К. Петерсен (по треске и камбаловым), норвежский учёный Ю. Йорт (по сельдям и треске) и др. В России в этот период исследования были связаны с развитием рыбоводства (В. П. Врасский, О. А. Гримм, И. Н. Арнольд, Н. А. Бородин и др.) и изучением сырьевых рыбных ресурсов страны для освоения новых промысловых районов и для ведения рационального рыбного хозяйства (исследования В. К. Бражникова, В. К. Солдатова и П. Ю. Шмидта на дальневосточных морях, В. И. Мейснера, А. Н. Державина, К. А. Киселевича и Н. Л. Чугунова на Каспийском море и др.). Особое значение имели работы Н. М. Книповича, руководившего Мурманской (1898—1901), Каспийскими (1904, 1912—13, 1914—15) и Азовско-Черноморской (1922—27) экспедициями. Большой вклад в развитие И. внесли Л. С. Берг (систематика, распространение, палеонтология рыб), А. Н. Северцов (анатомия рыб), В. В. Васнецов, С. Г. Крыжановский (морфология и эмбриология рыб), И. Ф. Правдин (систематика рыб), Е. К. Суворов (промысловая ихтиология) и др. советские ихтиологи.
Начиная с середины 20 в. ихтиологи разработали более совершенные методы изучения возраста и роста рыб, питания, размножения, динамики численности, распределения и миграций рыб и др. В методике ихтиологических исследований и в практике рыбного хозяйства нашли применение современные достижения физики и химии: применение гидролокаторов при промысловой разведке рыб, электросвета для привлечения и лова рыбы, радиоактивных изотопов для изучения питания рыб, их мечения и др. Широко проводятся подводные наблюдения на различных глубинах при помощи разных аппаратов (батискафы, батипланы и др.) и подводного телевидения. В связи с этим стало возможным детальное изучение реакции рыб на звуковые волны различной частоты, на свет, на воздействие электрического и магнитного поля. Исследования в указанных направлениях в СССР проводятся в ряде институтов АН СССР, в некоторых университетах и институтах рыбного хозяйства. Исследования по И. ведутся в области экологии, систематики и фаунистики (созданы определители и сводки по всем основным фаунам и группам рыб), морфологии, эмбриологии, физиологии и биохимии (исследуются как физиология обмена, так и поведение рыб), генетики, палеоихтиологии и др. Основные проблемы современной И. — динамика стада рыб, развития рыб (как индивидуального, так и исторического), поведения и миграций рыб. Изучение этих вопросов необходимо для развития активного морского рыболовства, воспроизводства запасов промысловых рыб, в частности, в условиях зарегулирования стока рек, прудового рыбоводства и др. Среди актуальнейших проблем современной И. — разработка научных основ расширения добычи пищевых ресурсов из океанических вод, увеличение интенсивности их освоения, построение рационального рыбного хозяйства в морских и континентальных водах. Важнейшая задача И. — разработка принципов и методов повышения продуктивности экосистем водоёмов путём интенсификации воспроизводства стад промысловых рыб, их рациональной эксплуатации, реконструкции ихтиофауны водоёмов, комплекса мелиоративных мер.
Имеются международные объединения, способствующие развитию ихтиологических исследований; крупнейшее — Международный совет для изучения морей (существует с 1902), а также Комиссия по рыболовству в Северо-Западной Атлантике, Советско-японская рыболовная комиссия и др.; в их работе принимают участие сов. ихтиологи. Большую роль в организации международных мероприятий в области рыбного хозяйства играет отдел рыболовства ФАО ООН, имеющий ряд региональных советов и комиссий.
Исследования по И. ведутся в большинстве стран мира во многих научно-исследовательских учреждениях. Особенно широко они развёрнуты в СССР, Японии, США, Канаде, Великобритании, Франции, Польше, ГДР, ФРГ, а также в Норвегии, Швеции, Дании, Исландии, Индии, Австралии и др.
В СССР ихтиологические исследования ведут: Всесоюзный научно-исследовательский институт морского рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО); морские институты — Полярный (ПИНРО) с отделением в Архангельске, Тихоокеанский (ТИНРО) и его отделения (Камчатское, Охотское, Сахалинское и Амурское), Атлантический (Атлант-НИРО), Азовско-Черноморский (Азчер-НИРО) с отделением (Одесское), Азовский, Каспийский, Балтийский; институт осетрового хозяйства с отделениями, лаборатории Эстонская и Азербайджанская, Государственный научно-исследовательский институт озёрного и речного рыбного хозяйства (Гос. НИОРХ) с отделениями, Сибирский институт рыбного хозяйства (Сиб. НИРХ) с отделениями, Всесоюзный научно-исследовательский институт прудового рыбного хозяйства (ВНИИПРХ) с отделениями, Украинский институт озёрно-речного и прудового рыбного хозяйства, Белорусский институт рыбного хозяйства, Казахский институт рыбного хозяйства с отделениями; учреждения АН СССР (Зоологический институт, институт эволюционной морфологии и экологии животных, институт океанологии, институт биологии внутренних вод, Мурманский морской биологический институт, Дальневосточный институт биологии моря) и республиканских академий, в частности институт биологии южных морей Украинской АН, институт гидробиологии Украинской АН, Севанская гидробиологическая станция Армянской АН и др., а также МГУ, ЛГУ, Томский государственный университет, Иркутский государственный университет, Калининградский рыбвтуз и многие др. высшие учебные заведения.
Подготовка специалистов-ихтиологов в СССР осуществляется в университетах (Московский, Ленинградский, Томский, Пермский, Одесский, Казанский, Кишиневский и др.) и в технических институтах рыбной промышленности и хозяйства, а также в техникумах рыбной промышленности. Координация всех исследований по И. осуществляется Ихтиологической комиссией министерства рыбного хозяйства СССР и Научным советом по проблемам И. и гидробиологии АН СССР. Результаты ихтиологических исследований печатаются в Трудах научно-исследовательских институтов, в периодических изданиях: «Вопросы ихтиологии» (с 1953), «Зоологический журнал» (с 1916), «Рыбное хозяйство» (с 1920) и др. Ряд ихтиологических журналов издаётся за рубежом: «Copeia» (N. Y., с 1930); «Journal of Fisheries Research Board of Canada» (Ottawa, с 1934), «Japanese Journal of Ichthyology» (Tokyo, с 1950) и др.