По Брестской унии 1596 православная церковь на территории Речи Посполитой была объединена с католической в униатскую церковь. Уния была провозглашена, несмотря на протест большинства украинского духовенства и всего украинского народа. По У. распространилось антиуниатское движение. Большую роль в нём сыграли украинские города, где возникали культурно-религиозные организации — братства , которые учреждали школы и типографии, выпускали литературу, направленную против унии и католицизма.
После поражения крестьянско-казацких восстаний конца 16 в. на У. значительно усилился феодально-крепостнический гнёт. Вспыхнувшее в 1606 крестьянское восстание под предводительством И. И. Болотникова (см. также Крестьянская война начала 17 в. ) началось на территории Чернигово-Северщины. Украинские казаки, крестьяне и городская беднота приняли в этой войне активное участие. В 1-й половине 17 в. украинский народ продолжал борьбу против турецких и татарских захватчиков. Казаки предпринимали походы на Варну, Белгород, Килию, Измаил, Трапезунд, Синоп, Стамбул. В 1616 казаки взяли Кафу, в 1621 сыграли важную роль в победе войск Речи Посполитой над турками под Хотином, в 1637—42 запорожцы помогали донским казакам оборонять Азов (см. Азовское сидение ). С 30-х гг. 17 в. массы украинских крестьян и казаков переселялись на степную окраину Русского государства (см. Слободская Украина ). Во 2-й четверти 17 в. на У. усилилось освободительное движение, целью которого было избавление от польско-шляхетского владычества и воссоединение с Россией. В мае 1630 началось крестьянское восстание с участием казаков под руководством Тараса Федоровича (Трясило). Движение охватило территории Киевщины и Полтавщины. В 1635 повстанцы во главе с И. Сулимой разрушили крепость Кодак , построенную польскими властями для преграждения пути крестьянам в Запорожскую Сечь. Новое восстание поднялось в 1637 под руководством П. М. Бута (Павлюка). В 1638 антифеодальная борьба охватила почти всю Левобережную У. Предводителями восставших были Я. Острянин и К. Скидан. Поражение заставило Острянина с частью казаков перейти в русские владения и поселиться на Слободской У. Повстанцы во главе с Д. Гуней продолжали героическую борьбу, а затем также перешли на территорию Русского государства.
Положение украинского народа к середине 17 в. стало особенно тяжёлым. Магнаты и шляхта продолжали захватывать крестьянские и казацкие земли, закрепощали крестьян, грабили мещан. Притеснениям подвергались и низы реестрового казачества, мелкая украинская шляхта, рядовое православное духовенство. Всеобщее недовольство и протест вылились в Освободительную войну украинского народа 1648—54 , приведшую в 1654 к воссоединению У. с Россией. Борьбу народа против гнёта шляхетской Польши возглавил Богдан Хмельницкий .
Учитывая многократные просьбы представителей украинского народа и опасность, угрожавшую его существованию со стороны польских и турецко-татарских захватчиков, русское правительство созвало в Москве 1 октября 1653 Земский собор, принявший решение о воссоединении У. с Россией и объявлении войны Польше (см. Русско-польская война 1654—67 ). Затем состоялась Переяславская рада 1654 , которая 8 января также приняла решение о воссоединении У. с Россией. Мартовскими статьями 1654 было оформлено автономное положение У. в составе России, а также определены права и привилегии казацкой старшины, украинской шляхты и верхушки духовенства. Воссоединение У. с Россией было осуществлением давних стремлений и надежд украинского народа. Оно явилось поворотным этапом в его истории и сыграло великую прогрессивную роль в его дальнейшем экономическом, политическом и культурном развитии.
Социально-экономическое развитие У. во 2-й половине 17 — 1-й половине 18 вв. К концу 1654 русскими и украинскими войсками были освобождены Смоленщина и часть Белоруссии, а затем Подолия и большая часть Восточной Галиции. Лишь вторжение союзных полякам крымских татар заставило русские и украинские войска отступить на Приднепровье. В 1656 началась русско-шведская война за Прибалтику. Трудность ведения одновременных войн на С.-З. и З. заставила русское правительство заключить Виленское перемирие (1656). Для Левобережной У., вошедшей в состав России, большое значение имели последствия народно-освободительной войны 1648—54. Ликвидировав господство польской шляхты, война в значительной мере расшатала и ослабила феодально-крепостническую систему. Во время войны много крестьян стало казаками. Однако после её окончания украинские феодалы стали расширять свои владения. Усиление ими эксплуатации вызвало протест народных масс. В 1657—58 произошли крестьянско-казацкие восстания под предводительством М. Пушкаря и Я. Ф. Барабаша , в 1659 — И. Богуна против гетмана И. Е. Выговского , пытавшегося оторвать У. от России и восстановить польско-шляхетскую власть (см. Гадячский договор 1658 ). В 60-е гг. 17 в. украинский народ боролся против гетманов-изменников Ю. Б. Хмельницкого , П. И. Тетери , П. Д. Дорошенко , И. М. Брюховецкого , которые намеревались восстановить зависимость У. от Польши и Турции. Война между Россией и Польшей за У. завершилась Андрусовским перемирием 1667 , по которому Левобережная У. и Киев остались в составе России.
На Правобережной У. господствовала польская шляхта, здесь существовали тяжёлая барщина и многочисленные поборы и повинности. Турция в 1672 захватила Подолию и в 1677 назначила гетманом У. своего ставленника Ю. Б. Хмельницкого, предприняла попытку подчинить и остальные украинские земли, но встретила отпор со стороны крупных русских и украинских сил (см. Чигиринские походы 1677—78 ). Понесённые поражения вынудили турецкое правительство заключить с Россией Бахчисарайский мирный договор 1681 . Однако продолжавшаяся угроза турецкой агрессии заставила Россию заключить так называемый «Вечный мир» 1686 с Польшей. Левобережье и Киев, а также Запорожье окончательно закреплялись за Россией. Польша сохраняла своё господство в Правобережной У. и Галиции. Подолия некоторое время ещё оставалась под властью Турции (до 1699); ещё более длительным было турецкое господство в Северной Буковине (до 1774); Закарпатье продолжало находиться под властью венгерских феодалов.
В 17 в. начался процесс складывания украинской буржуазной нации. В концу 17—1-й половине 18 вв. на Левобережной и Слободской У. происходил рост крупного феодально-старшинского землевладения в результате скупки и насильственного захвата крестьянских и казацких земель. Универсал 1701, изданный гетманом И. С. Мазепой , узаконил барщину; начались ограничения крестьянских переходов (запрещения ухода на слободы, вступления в казацкие полки и т.д.). Старшине принадлежали промышленные предприятия: селитренные, стеклянные, железоделательные. В её руках сосредоточивалась и значительная часть торговли. Оформляются сословные привилегии старшины. В полках и сотнях складываются старшинские династии (Апостолы, Забелы, Лизогубы и др.).
Растущее закрепощение и эксплуатация вызывали протест народных масс (восстание 1687, крестьянско-казацкие выступления в 90-х гг. 17 в., движение под руководством К. Булавина в 1707—08). Положение крестьян на правобережных и западно-украинских землях по-прежнему было тяжёлым. К 4—5-дневной барщине прибавлялись др. повинности в пользу шляхты, администрации, униатской церкви. Украинская культура и православная церковь подвергались преследованиям. Всё это обусловило здесь большой размах освободительного движения (народное восстание 1702—04 во главе с С. Ф. Палием , выступление отрядов повстанцев-гайдамаков в 30—40-х гг., движение опришек под предводительством О. В. Довбуша в Галиции в 30—40-х гг., народное выступления в Закарпатье в 1703— 1711).