К 13 в. хорезмшах Мухаммед II Ала-ад-Дин разгромил каракитаев, присоединил к Хорезму земли Средней Азии и Южного Казахстана. В 1219 во владения хорезм-шаха вторглись монголо-татарские войска Чингисхана . Народные массы оказывали упорное сопротивление захватчикам (борьба жителей Ходжента, под руководством Тимур-Мелика и др.). Но большинство феодалов без сопротивления подчинилось монголо-татарам и пострадало от нашествия значительно меньше, чем др. слои населения. К 1221 вся Средняя Азия была завоёвана монголо-татарами и отдана Чингисханом в 1224 второму его сыну Джагатаю . Фактически же правителем стал монгольский наместник купец из Хорезма Махмуд Ялавач. Монголо-татары правили завоёванными землями, опираясь на феодальную верхушку и мусульманское духовенство. Народ испытывал двойной гнёт — монголо-татарских и местных феодалов. В 1238 в Бухаре вспыхнуло крупное восстание против монголов под руководством Махмуда Тараби , которое было жестоко подавлено. Во 2-й половине 14 в. Тимур (1336—1405) создал могущественную империю, ядром которой стал Мавераннахр со столицей в Самарканде. Захватническая политика Тимура ложилась тяжёлым бременем на плечи народов Мавераннахра и др. Феодальные отношения в Средней Азии при Тимуре достигли наибольшего развития. После его смерти начался период феодальных смут. Держава Тимура распалась фактически на 2 государства, представлявшие собой объединения феодальных владений: одно в Хорасане с центром в Герате, где правил (1409—47) сын Тимура Шахрух , другое в Мавераннахре с центром в Самарканде, где правил (1409—49) сын Шахруха — Улугбек . Улугбек поощрял развитие ремёсел и торговли, уделял большое внимание наукам и культуре и вошёл в историю как один из выдающихся учёных средневековья. Просветительская деятельность Улугбека вызывала ненависть мусульманских священнослужителей. После гибели Улугбека его государство распалось на независимые, враждовавшие между собой владения. Объединение государства, предпринятое при Тимуридах Абу-Саиде (правил в 1451—69) и Султан-Хусейне (правил в 1469—1506), было номинальным. Во 2-й половине 15 в. в Герате жил и творил величайший узбекский поэт, основоположник узбекской классической литературы, крупный учёный и мыслитель, политический деятель Алишер Навои . Художественное творчество и прогрессивная общественная деятельность Навои оказали огромное влияние на дальнейшее развитие культуры Узбекистана и др. народов средневекового Востока.
В конца 15 — начала 16 вв. Средняя Азия была захвачена кочевыми узбекскими племенами, пришедшими из Дешт-и-Кипчака , во главе с Шейбани-ханом (правил в 1451—1510). В 1510 его войска были разбиты армией иранского шаха Исмаила I, а сам Шейбани-хан убит. Война Шейбанидов с Исмаилом и тимуридом Бабуром проходила с переменным успехом. Постепенно завоеватели-кочевники стали массами оседать на землю и переходить к земледелию, процесс ассимиляции их с оседлым населением стал интенсивнее, и узбеки — переселенцы из Дешт-и-Кипчака вошли в состав сформировавшейся здесь к 11—12 вв. тюркоязычной народности, передав ей своё название «узбек». В связи с появлением новой феодальной знати произошло постепенное перераспределение земельного фонда. Шейбаниды старались укрепить экономику страны, усовершенствовать ирригационную систему, провели в начале 16 в. денежную реформу.
Развитие феодальных отношений в 1-й половине 16 в. вело к распаду державы, созданной Шейбани-ханом. Независимыми от Бухары (столицы государства Шейбанидов) уделами стали Хорезм, Балх и др. Возникло Хивинское ханство . Абдулле-хану II временно удалось объединить страну. С 1599 началось правление новой династииАштарханидов . В 40-х гг. 18 в. Бухара была завоёвана войсками властителя Ирана — Надир-шаха . В 1753 во главе Бухарского ханства стал Мухаммед Рахим — первый эмир и основатель династии Мангыт , правившей до 1920. В 18 и в 1-й половине 19 вв. активизировалась внешняя торговля, особенно с Россией, продолжался рост городов и товарного производства. В Хивинском и Бухарском ханствах происходили постоянные междоусобные распри между областными наместниками в борьбе за власть. В 1826—60 Бухарой правил Насрулла-хан, который к середине 19 в. объединил ханство и установил твёрдую центральную власть.
В начале 18 в. образовалось Кокандское ханство , которое в 1-й четверти 19 в. владело Ташкентом, почти всем бассейном Сырдарьи, частью Семиречья и др. территории. В 1812—13 состоялся обмен послами между Россией и Кокандом. В 1842 Кокандское ханство было захвачено Бухарским ханством, но восстание народа против власти эмира и использование местной знатью поддержки кипчакских племён восстановили в том же году самостоятельность Кокандского ханства. В 1847 против власти Коканда в Ташкенте вспыхнуло крупное народное восстание. В результате Ташкент получил относительную самостоятельность. В Хивинском ханстве в середине 18 — начале 19 вв. произошёл ряд народных восстаний, вызванных недовольством масс непомерными налогами. В 18 — 1-й половине 19 вв. происходили войны между среднеазиатскими ханствами (только из-за Ура-Тюбе кокандский хан воевал с Бухарой 15 раз). Войны и постоянные междоусобицы внутри ханств сопровождались опустошениями, грабежом, подрывали хозяйство и культурную жизнь.
Отсталость и консерватизм характеризуют духовную жизнь узбекских ханств 19 в. Но, несмотря на преследования со стороны реакционных правителей и духовенства, зарождалась национальная прогрессивная интеллигенция. В Коканде в начале 19 в. жили и творили поэты Гази, Махмур , Мухаммед Гульхани и др.; в Хиве — историк и поэт Шир-Мухаммед Мунис Хорезми и его племянник Агахи Мухаммад Риза, в Бухаре — поэт Мирза Садык Мунши и т.д. Развивалась, несмотря на феодальную отсталость, хозяйственная жизнь ханств. Строились и совершенствовались ирригационные сооружения, улучшалось с.-х. производство, возникали новые города.
В 19 в. Средняя Азия стала объектом соперничества Великобритании и России. Россия старалась установить и всемерно укрепить дипломатические и торговые отношения с ханствами Бухары, Хивы и Коканда. Торговля с Россией была весьма выгодна для среднеазиатских купцов.
Присоединение У. к России. Социально-экономическое развитие У. во 2-й половине 19 в.
Царское правительство стремилось завладеть в Средней Азии источниками сырья для русской промышленности и сферами приложения капиталов для растущей буржуазии, а также воспрепятствовать проникновению туда Великобритании. В 1860-х гг. началось наступление русских войск на территорию У. Первоначально военные действия развернулись против Кокандского ханства и завоёванных им ранее земель. Осенью 1862 русские войска вступили в Пишпек, летом 1863 захватили крепость Сузак, весной 1864 — г. Аулие-Ата и г. Туркестан. 22 сентября 1864 штурмом был взят Чимкент. 17 мая 1865 отряд М. Г. Черняева после трёхдневного штурма овладел Ташкентом. Затем были разбиты бухарские войска, двигавшиеся к Ташкенту. Осенью 1866 русские войска захватили часть Бухарского ханства (города Ура-Тюбе и Джизак, крепость Янгикурган). Кокандское ханство оказалось отрезанным от Бухары. В 1867 на территории Туркестана , занятой царскими войсками, было образовано Туркестанское генерал-губернаторство (первым генерал-губернатором был К. П. Кауфман ) с центром в Ташкенте. 23 июня 1868 между Россией и Бухарой был заключён мирный договор, в соответствии с которым территория с городами Ходжент, Ура-Тюбе, Джизак, Каттакурган, Самарканд отходила к России. Из этих земель был образован Зеравшанский округ в составе Туркестанского генерал-губернаторства. 12 августа 1873 заключён мирный договор с хивинским ханом, который признал протекторат России. Аналогичный договор с Бухарой был подписан 18 сентября 1873. После подавления Кокандского восстания 1873—76 было ликвидировано Кокандское ханство, его территория включена в Ферганскую область Туркестанского генерал-губернаторства. К концу 1880-х гг. территория современного У. входила в состав Сырдарьинской, Самаркандской и ферганской областей Туркестанского генерал-губернаторства, а также Хивинского и Бухарского ханств.
