Во второй половине ноября 1941 года неизбежность войны в течение ближайших недель стала очевидной. 1-ю эскадрилью перебросили на Борнео, а летную школу закрыли, сформировав из ее инструкторов и курсантов еще две эскадрильи — 3 VLG-V и 3 VLG-IV. Эти эскадрильи также получили истребители «Баффало».

3 декабря 1941 года из резерва направили на остров Амбон. Командовал этим звеном лейтенант Ф.Э. Брурс из 1 VLG-IV. Уже на следующий день сержант ван Берс погиб в море из-за плохой погоды. На острове сформировали нечто наподобие службы раннего оповещения, но эффективность службы была ниже всякой критики. Вскоре разбился второй «Баффало». Его пилота — лейтенанта Брувера — отправили на Яву.

Когда 8 декабря японцы начали наступление, 9 машин из состава 2 VLG-V перебазировалась в Сингапур. Используя английские запасные части, техники эскадрильи оборудовали самолеты бронестеклами. Эскадрилья участвовала в обороне Сингапура до 18 января 1942 года, когда оставшиеся машины части эвакуировали на Яву. Затем эскадрилью перебросили на Борнео, где она действовала вместе с 1 VLG-V, пытаясь остановить приближавшийся японский флот вторжения.

Тем временем японцы провели серию массированных налетов на голландские базы, готовя почву для предстоящего десанта. На этом этапе войны стратегическая инициатива была полностью на стороне агрессора.

Самолет, представляющий собой гибрид двух или более планеров. Законцовки крыла и руль направления взяты от самолета, целиком окрашенного в светло-серый цвет. Правый элерон позаимствован от самолета с менее выгоревшей окраской. Задняя часть фонаря закрашена, чтобы кабина не перегревалась на солнце.

28 декабря 3-й кокутай нанес второй удар по Таракану. В этот раз голландцы успели поднять истребители в воздух. Против семи А6М2 вылетела 1 VLG-V. В ходе боя голландцы заявили две победы, потеряв три машины. Погибли лейтенант Й.Н. Дрог и фельдфебель Г. Ольсен, а фельдфебель К.А. Вонк выпрыгнул над морем с парашютом. Проведя в воде 12 часов, он все же был спасен местными рыбаками. Четвертый «Баффало» получил повреждения и совершил вынужденную посадку.

15 января 1942 года 18 А6М2 из 3-го кокутая, действуя с новой базы в Мена-до, появились над островом Амбон. Предварительно над островом покружил разведывательный С5М. Целью японцев была база на Амбоне, где базировались австралийские «Гудзоны», угрожавшие японскому десанту на Сулавеси. На их перехват взлетели два «Баффало», остававшиеся в звене лейтенанта Брурса. Сам Брурс был почти тут же сбит и выскочил с парашютом из горящего самолета. Обоженный пилот упал в море, откуда его выловили и отправили в госпиталь. Второй самолет, который пилотировал сержант Бланс, какое-то время продолжал бой. Но затем японцам удалось отстрелить самолету крыло, и Бланс также выпрыгнул с парашютом.

Следующий японский десант высаживался на Борнео. 23 января 1942 года базировавшиеся на аэродроме Самаринда II самолеты участвовали в попытке отразить десант. 2 бомбардировщика «Гленн Мартин 139WH-3» и 20 истребителей «Брюстер 339» из 1 VLG-V и 2 VLG-V, каждый оснащенный двумя 50-кг бомбами под крыльями атаковали в проливе Макассар японский конвой с десантными войсками, шедший на Баликпапан. Удалось добиться восьми попаданий по четырем кораблям, из которых транспорт «Нана-мару» водоизмещением 6764 тонны затонул. Один «Баффало» из 2 VLG-V был сбит, его пилот — фельдфебель Р.А. Роткранс — погиб. Несмотря на эту акцию, японцы следующим утром высадили десант.

24 января аэродром Самаринда II атаковали 6 А6М2 из тайнан-кокутая. На перехват вылетели «Баффало» из 1 VLG-V. Лейтенант Андриас ван Реет (уже имевший на счету сбитый ранее японский гидросамолет) и лейтенант Питер Бенъяминс заявили по одному «Зеро». Голландцы также потеряли два истребителя. Погибли лейтенант Т.У. Кюрц и сержант Т.П. де Ваардт. Японцы заявили только одну победу, записанную на счет Сизуёси Нисиямы. Их фактические потери составили один самолет, который пилотировал Харуо Фудзибаяси. Японский пилот получил тяжелое ранение и приводнился, но был позднее подобран японским кораблем.

28 января два А6М2 из тайнан-кокутая снова навестили аэродром Самаринда II, уничтожив на земле два «Баффало».

До конца января японцы окружили аэродром, заставив эвакуировать его на Яву.

Оставшиеся на Яве «Баффало» из 3 VLG-IV и 3 VLG-V участвовали в попытке отразить японский десант на Суматре. После того, как японские парашютисты захватили нефтеперегонные заводы в Палембанге, «Баффало» использовались в качестве бомбардировщиков для уничтожения оставшихся там запасов топлива. 9 февраля 1942 года 3 VLG-IV подвергся удару японских бомбардировщиков, когда самолеты стояли на земле. После налета эскадрилью расформировали, а три уцелевших «Баффало» передали в 2 VLG-V.

После перегруппировки самолеты сконцентрировались на западе Явы с задачей оборонять базы Танджонг-Приок, Бандунг и Битеноцорг. В начале февраля эскадрильи имели следующую численность:

1 VLG-V -15 «Брюстер 339» в Андир, командир капитан А.А.М. ван Реет;

2 VLG-V — 8 «Брюстер 339» в Тжисаук, командир капитан Й.П. ван Гельсдинген;

3 VLG-IV — 11 «Брюстер 339» в Тджилилитан, командир лейтенант А.Й. де Вриес.

В четверг 19 февраля японцы провели массированный налет на западную Яву. Первый налет на Битенцорг совершили в 9:30 силами 5 Ки-48 из 90-го сентая, сопровождаемых 19 Ки-43 из 59-го и 64-го сентаев. Командовал авиагруппой майор Татео Като. На перехват противника в воздух поднялось восемь «Баффало» из 1 и 2 VLG-V. В районе Семплака голландцы доложили о появлении группы из 35 самолетов противника, из которых два, идентифицированных как «Зеро», были сбиты. Битва была тяжелой. Сержанты Шеффер и Харт дали себя втянуть в круговой бой с более маневренными истребителями Ки-43. Вскоре обоим пилотам пришлось искать спасения в прыжке с парашютом. Менее удачливыми оказались лейтенант Кепер и сержант де Гроот, которые погибли вместе со своими самолетами. Лейтенант Август Дибель дважды открывал огонь по одному из японских самолетов, но вскоре сам получил попадание, при этом был ранен осколком и совершил вынужденную посадку на аэродром. Японцы определили своего противника как семь истребителей «Кертисс», заявив все семь побед.

Во второй половине того же дня — около 16:00 — состоялся налет на Бандунг. Над целью появились 28 Ки-43 из 59-го и 64-го сентаев, сопровождавших 9 Ки-48. На их перехват вылетело 12 «Баффало» из 3 VLG-V, ведомых капитаном Питером Тидеманом. Голландцы идентифицировали противника как 12 бомбардировщиков в сопровождении 36 истребителей «Зеро». Японцы, в свою очередь, идентифицировали голландцев как 20 истребителей Р-43, заявив семь подтвержденных и три вероятные победы. В бою голландцы не смогли даже прорваться к бомбардировщикам. Маневренные Ки-43 навязали «Баффало» бой на виражах. В его ходе лейтенант Туккер был сбит и погиб, а сержант ван Даалан сумел выпрыгнуть с парашютом из горящего самолета. При этом летчик получил тяжелые ожоги лица и рук. Сержант И. Адам в горячке боя таранил оказавшийся на его пути Ки-43. Японский самолет рухнул на землю, но и «Баффало» Адама потерял половину крыла, так что сержанту пришлось прыгать с парашютом. Парашют спас жизнь и лейтенанта де Гааса, бывшего гражданского пилота, добровольцем пошедшего служить в 3 VLG-V. Де Гаас был сбит в тот момент, когда у него заклинило пулеметы.

F2A-2 (Bu№ 1431, белая «24») уткнулся носом на аэродроме в Майями, июль 1942 года. Самолет удалось отремонтировать и он продолжал летать до 1944 года. На этом истребителе оставили устаревший телескопический прицел.