Поскольку первоначально вопрос о силовой операции даже не стоял (могли пострадать дети), террористам передали оружие и боеприпасы. После этого начальник гарнизона контр-адмирал Шевченко предложил себя в качестве заложника в обмен на детей. Бандиты взяли его в заложники вместе с водителем, но детей освобождать не стали. Лишь войдя в автобус, они все же отпустили 23 школьника и вместе с остальными заложниками вновь поехали на аэродром, где их ждал все тот же Ан-26.В это время в Москве на Лубянке уже разрабатывался план по обезвреживанию террористов. На Новую Землю прилетели бойцы подразделения Департамента по борьбе с терроризмом УФСБ по Мурманской области (незадолго до ЧП сотрудники этой группы проводили учения по ликвидации террористов, захвативших ядерный объект). Один из офицеров УФСБ вступил в переговоры с бандитами. Те пообещали, что отпустят заложников, когда им беспрепятственно дадут погрузиться в самолет. Это условие было выполнено. Через несколько минут по трапу самолета действительно спустились оставшиеся 25 человек. Среди них оказался и один из террористов, решивший сдаться. Таким образом, на борту Ан-26 остались трое террористов и четверо членов экипажа. Когда люк за последним заложником захлопнулся, экипаж попытался запустить двигатели. Однако из этого ничего не вышло. Террористы стали кричать: «Взлетайте! А то всех убьем». Но командиру группы захвата удалось их успокоить. «К сожалению, самолет неисправен», – объяснил он и предложил пересесть в другой, который уже выруливал на взлетную полосу.Когда террористы стали спускаться по трапу, началась операция по их захвату. Один из бандитов, заметив бросившихся к трапу спецназовцев, вскинул автомат, но выстрелить не успел. Пуля снайпера попала ему в руку. Остальные преступники тут же упали на землю и не оказали никакого сопротивления.

11 сентября 1998 года произошло еще одно мятежное событие на Северном флоте России. На одной из атомных подводных лодок (АПЛ) типа «Акула» матрос Кузьминых расстрелял восьмерых своих сослуживцев и тяжело ранил одного офицера, после чего забаррикадировался в торпедном отсеке, угрожая взорвать боезапас. 19-летний матрос Александр Кузьминых был призван Приморским военкоматом города Санкт-Петербурга в ноябре 1997 года. Мать, брат, священник и психолог безуспешно пытались заставить его сдаться. В ответ на уговоры матрос пригрозил взорвать одну из торпед в отсеке, где он забаррикадировался. После 23 часов осады матрос был убит бойцами спецподразделения ФСБ.

Глава пресс-службы Северного флота заявил, что на борту АПЛ ядерного оружия не находилось, а у Кузьминых не было возможности произвести взрыв или потопить подлодку. Однако прочие корабли, находившиеся вблизи захваченной лодки, были переведены в другой район. Несмотря на заверения официальных лиц Северного флота о невозможности подрыва торпеды без специальных знаний, в 1995 году двое матросов срочной службы лишились жизни, когда, орудуя лишь одной кувалдой, пытались извлечь цветной металл из украденной боеголовки. Тот факт, что были эвакуированы другие АПЛ и суда вблизи захваченной лодки, означает, что никто не мог гарантировать, что обезумевший матрос не взорвет одну из 40 торпед «Акулы». Взрыва в торпедном отсеке было бы достаточно, чтобы повредить ядерную энергетическую установку АПЛ. Норвежские службы радиационной безопасности находились в полной готовности в течение всего происшествия, которое происходило в 120 км от норвежской границы.

Через год военная прокуратура Северного флота рассекретила уголовное дело, возбужденное по факту захвата матросом Кузьминых атомной подводной лодки на базе в поселке Гаджиево (Мурманская область). Стали известны некоторые подробности. Находясь на подводной лодке, стоявшей в боевом дежурстве, Кузьминых поднялся наверх в четвертом часу ночи, прихватив с собой кузнечное зубило на длинной ручке, которым вскоре он убил вахтенного матроса на пирсе. Но в это время неожиданно появился на трапе соседней лодки дежурный по живучести соединения подводных лодок капитан 3-го ранга Беседин, который проводил плановый обход кораблей. Он увидел в полутьме, что возле трапа «Вепря» кто-то лежит, а над ним стоит какой-то матрос. Беседин подошел к ним и склонился над лежащим. Тут же он получил удар зубилом по голове, но спас его поднятый цигейковый воротник. Поэтому он попытался оказать матросу сопротивление. Однако тот был проворнее и, схватив автомат, дал по офицеру короткую очередь. Решив, что рухнувший за короб ограждения кабельных трасс Беседин мертв, Кузьминых двумя выстрелами добил вахтенного и, опасаясь, что выстрелы могли услышать, бросился на свой корабль.

Увидев, что матрос с автоматом скрылся в ограждении рубки, капитан 3-го ранга Беседин добрался до переговорного устройства и стал кричать через него в центральный пост «Вепря», что на лодке вооруженный убийца. Но дежурная служба не приняла необходимых мер. Во втором отсеке, куда прошел Кузьминых, располагались жилые помещения всего экипажа. Он откатил в сторону дверь кубрика, где в это время отдыхали шесть моряков, и одиночными выстрелами методично и целенаправленно расстрелял пятерых. В шестого он просто не попал в полутьме.

После бойни в матросском кубрике Кузьминых перебрался в первый, торпедный, отсек. Задраив переборочную дверь, он приготовил к работе систему лодочного объемного химического пожаротушения и подал ЛОХ во второй отсек.

Принудив всех заниматься антифреоновыми меропрятиями, матрос Кузьминых полностью загерметизировал торпедный отсек. Специалист он был грамотный, поэтому сделал все достаточно надежно. Осматривая отсек, он неожиданно для себя обнаруживает в нем своих одногодков Алексея Оконешникова и Владимира Жигалова, с которыми был знаком еще по северодвинской «учебке». Алексей Оконешников считался единственным товарищем молчаливого и малообщительного Кузьминых. Несмотря на это, он расстрелял обоих…

Переговоры с матросом-убийцей начались в 6.25 утра. Кузьминых не говорил ни о причинах содеянного, ни какова его конечная цель, не предъявлял каких-либо претензий ни к сослуживцам, ни к командованию. Он не выдвигал никаких ультимативных требований. Просил только еды, сигарет (хотя, по словам сослуживцев, никто не видел раньше, чтобы он курил), а также вина и междугородных переговоров. В случае штурма угрожал взорвать лодку. На какое-то время он загорелся идеей улететь с места происшествия на вертолете, но потом отбросил ее. В 11 часов матрос вдруг заявил, что ему необходимо поспать, и прекратил выходить на связь.

Когда через четыре часа связь с ним возобновилась, командующий флотом тщетно пытался уговорить моряка сдаться. Позже в Гаджиево прилетел главком ВМФ, а из Питера военным бортом доставили мать Кузьминых и его брата. В 23.45 Кузьминых согласился открыть отсек, чтобы принять затребованную им еду и телефонную трубку для разговора с матерью. Для выполнения этой задачи был отправлен переговорщик – молодой сотрудник ФСБ. Когда Кузьминых поднес к уху телефонную трубку, направленный взрыв разрушил ему череп с повреждением мозга.

По заключению комплексной военно-технической экспертизы, резкое воспламенение находящихся в первом отсеке регенеративных веществ, которое легко осуществить, привело бы к взрыву всего боезапаса. Минимальные последствия такого взрыва: уничтожение «Вепря» и соседних лодок, разрушение казарменного городка и повреждение ближнего к базе жилого района поселка Гаджиево. Усугубляли положение расположенные поблизости склад горюче-смазочных материалов и торпедная база. О последствиях разрушения ядерного реактора страшно даже подумать. Со всеми этими угрозами приходилось считаться, так как матрос Кузьминых достаточно хорошо знал, как обращаться с регенерацией и торпедами.

Согласно заключению посмертной психолого-психиатрической экспертизы, до и во время совершения преступления Кузьминых был психически здоров и абсолютно вменяем. Однако, несмотря на внешнее спокойствие и невозмутимость, которые демонстрировал матрос, его замкнутость и неразговорчивость скрывали крайне обостренные самолюбие и чувство собственного достоинства, абсолютную нетерпимость к любому вмешательству в его внутренний мир и одновременно чувство ненужности и беспомощности. Глубокая ранимость сочеталась у Кузьминых с постоянным зацикливанием на всех неприятных или непривычных для него ситуациях. Поэтому он страдал от любых обстоятельств, которые считал для себя неблагоприятными, и стремился упорно им сопротивляться…