Кубинское посольство, убедившись, что своими силами ему не справиться с Фиделем, решило навести на него мексиканскую секретную полицию — федеральное управление безопасности. Среди сотрудников этого ведомства было много авантюристов, вымогателей, лиц с сомнительным прошлым, поэтому представителям Батисты не составило труда найти среди них за приличную сумму людей, готовых взяться за нейтрализацию Фиделя и его соратников.
21 июня 1956 года агенты секретной полиции Мексики захватили квартиру на улице Эмпаран, а вскоре, пользуясь обнаруженными там бумагами, нагрянули и на «Сан-та-Роса». В обоих местах были проведены тщательные обыски. Были найдены кое-какие документы. В частности, в руки полиции попал текст регламента о внутреннем распорядке квартир-общежитий, отдельные тексты политических листовок, манифестов, кое-какие личные письма. На ранчо полицейским удалось обнаружить и захватить небольшое количество оружия.
На улице Эмпаран и на ранчо полиции удалось арестовать около двух десятков экспедиционеров. Фидель был задержан одним из первых. По рассказам Рауля Кастро, на ранчо «Санта-Роса» произошел любопытный случай. В момент захвата ранчо полицейскими Че Гевара сидел высоко на дереве, откуда он с биноклем в руках корректировал огонь своих товарищей. Он сверху спокойно наблюдал всю процедуру ареста и обыска, будучи не в силах оказать друзьям помощь. Сам же он оставался незамеченным. Но, когда арестованных повели к полицейским машинам, он закричал с дерева: «Эй вы, подождите, здесь еще есть один!» С этими словами он спрыгнул вниз и присоединился к товарищам, которых не захотел оставить одних в беде.
За Фиделя и его товарищей вступились влиятельные политические деятели Мексики, в их числе бывший президент страны генерал Ласаро Карденас (1934-1940 гг.), который проявил себя последовательным противником фашизма, был антиимпериалистом и провел в 1938 г. первую в Латинской Америке национализацию мексиканской нефтяной промышленности. Он пользовался огромным политическим влиянием и не поколебался оказать помощь кубинским патриотам. Его вмешательство, да к тому же чрезвычайно скудные доказательства, полученные полицией, из которых никак не удавалось сшить шумного дела, стали склонять чашу весов в пользу Фиделя. Его самого допрашивали несколько раз, но он так умело отвечал на вопросы следователя, что не давал оснований для обвинения его в нарушении миграционных законов.
После 22 дней заключения Фидель и его товарищи вышли на свободу. Стойкость, мужество, принятые своевременно меры конспирации сделали свое дело. Провалился еще один план Батисты и его агентов устранить Фиделя как политический фактор.
Работа по подготовке экспедиции не прерывалась и в период задержания Фиделя. Кстати говоря, в руки полиции попало всего 23 человека, что говорит о действенности разработанной им системы конспирации. Например, Рауль Кастро все время продолжал работать, принимая меры по рассредоточению экспедиционеров по запасным лагерям в других городах Мексики, где полиция не находилась под таким давлением кубинского посольства.
Арест и тюрьма содействовали еще большему обострению политической бдительности экспедиционеров. Конспирация стала еще жестче, меры по обеспечению экспедиции еще скрытнее.
Вторая половина 1956 года отличалась огромной насыщенностью работы для руководителя «Движения 26 июля» и всех его товарищей. Надо было компенсировать потерянное время, чтобы успеть выполнить данное кубинскому народу обещание. Еще сорок человек присоединилось к группе. Все они были немедленно размещены и приступили к тренировкам.
Один из основных руководителей подпольного движения на Кубе Франк Паис Гарсия приехал в августе в Мехико для получения инструкций от Фиделя. В беседе, которая состоялась между ними, они уточнили некоторые части генерального плана, который надлежало выполнить в стране. Договорились не посылать больше людей в Мексику, зато стимулировать развитие внутренних ячеек с таким расчетом, чтобы они были готовы поддержать высадку экспедиции военными действиями по всей территории страны. Одобренный план предусматривал материальное укрепление организации на Кубе, что требовало увеличения финансовых средств. Поэтому было решено, что 80% всех денежных поступлений в фонд Движения, которые раньше посылались в Мексику, теперь должны расходоваться на подготовку боевых операций непосредственно в стране, а остальные 20 % будут поступать в распоряжение Национального руководства.
В письме к Марии Антонии Фигерос, отвечавшей за финансы Движения в провинции Ориенте, от 8 августа 1956 года Фидель высказал свое мнение о Франке Пайсе: «Я полностью убедился в том, что ты была права, когда рассказывала мне о его великолепных качествах организатора, его мужестве и способностях. Мы очень хорошо поняли друг друга. Его приезд сюда оказался очень полезным».
В том же августе 1956 г. руководитель «Движения 26 июля» провел другую важную встречу, на этот раз с руководителем Федерации университетских студентов Хосе Антонио Эчеверрия Бианчи. Еще в июле они несколько раз встречались в предварительном порядке, а теперь состоялись переговоры, результаты которых были изложены в документе, который вошел в историю Кубы под названием «Мексиканская хартия». В совместном заявлении, обнародованном 2 сентября на Кубе и в других странах, обе организации заявляли о своей решимости объединить усилия для борьбы против тирании в соответствии с конкретными планами каждой организации. Обе организации осудили капитулянтские выборы и другие соглашательские сделки, которые предлагались различными течениями среди оппозиционных сил. Одновременно было подчеркнуто, что политические и социальные условия были подходящими для того, чтобы в 1956 году добиться свободы для кубинского народа.
В октябре 1956 года Фиделя постигло личное горе. В Мексику пришло сообщение о том, что скончался дон Анхель Кастро, отец Фиделя и Рауля. Известие было не из легких. Мария Антония, первая узнавшая об этом, немедленно поехала к Фиделю, который обсуждал с самыми близкими соратниками планы операции. Кое у кого на глазах появились слезы, многие, особенно монкадисты, состояли в переписке с отцом Фиделя и уважали его за прямой, открытый характер. Фидель, несколько раз прочитав полученную телеграмму, глубоко вздохнул и сказал: «Ну что ж! Мы не имеем права плакать».
Времени на личные переживания не оставалось, дни бежали, а работы по подготовке операции оставалось много. В тот момент одним из важнейших вопросов, стоявших на повестке дня, было приобретение корабля, на котором можно было бы перебросить отряд революционеров на Кубу. В этом отношении уже предпринимались некоторые попытки. Долгие поиски корабля увенчались наконец успехом. В сентябре во время одной из поездок по району мексиканского города Тукспан, которую совершал Фидель для подбора мест для испытания оружия, его внимание привлекла стоявшая на якоре в устье реки прогулочная яхта. Он поинтересовался, что это за корабль, и узнал, что яхта принадлежала некоему Роберту Эриксону, американскому гражданину, проживавшему в Мехико. Стало известно, что американец был готов продать яхту при условии, что покупатель одновременно приобретет и дом, расположенный на берегу реки Тукспан в местечке Сантьяго-де-лас-Пеньяс.
Дель Конде, которому было поручено вести это дело, не мешкая подписал контракт. Он заплатил 15 тыс. долларов за яхту и 2 тыс. долларов в качестве задатка за дом. Ставшая теперь исторической яхта «Гранма» (по-английски «Бабуся») тогда находилась в плачевном состоянии. Она была спущена на воду в 1943 г., 10 лет спустя она затонула и некоторое время находилась под водой. При длине 13,25, ширине 4,79 и высоте 2,40 метра она имела возможность принять на борт не более 25 пассажиров. «Гранма» имела два шестицилиндровых мотора и четыре бака с горючим емкостью в 8 тыс. литров. Ежечасный расход составлял 20 литров.
Хесус Монтане Оропеса, участник экспедиции «Гранма», вспоминает, что, когда Фидель впервые показал ему фотографию яхты, заметив при этом шутя, что это самый быстрый корабль во всем Карибском море, мы полагали, что речь шла о вспомогательном катере, который будет использован для переброски нас на большой корабль. Но оказалось, добавлял Монтане, что надо было пересекать все море на этой яхте.