С XIII и особенно в XIV в. начинается эпоха расцвета японских городов, а также ремесла и торговли. Этому способствовало несколько факторов. Во-первых, увеличение количества ставок крупных аристократов, при дворах которых жило большое количество самураев и челяди, обслуживавших их лиц, включая ремесленников. Во-вторых, увеличение количества буддийских сект и соответственно различных монастырей, неподалеку от которых часто селился обслуживавший нужды монастыря и паломников персонал, опять-таки включая многочисленных ремесленников и торговцев. В-третьих, появилось и некоторое количество автономно существовавших больших городов, прежде всего портовых, тоже становившихся центрами ремесла, торговли и городской культуры.
На первых порах расцвету портовых городов содействовали японские пираты, возникшие как заметная самостоятельная сила именно в XI—XII вв. Позже, однако, главную роль в их процветании стала играть регулярная торговля с Китаем, Кореей и странами Юго-Восточной Азии. В городах возникли профессиональные корпорации ремесленников и торговцев (дза), а некоторые из них, правда, очень немногие, как, например, Сакаи, Хаката, имели даже определенную автономию и самоуправление. Но самым главным результатом появления городов (в XIV в. их было 40, в XV – 85, а в XVI – уже 269) был заметный рост товарно-денежных отношений, что сыграло немаловажную роль в последующей эволюции структуры японского общества.
Речь идет в первую очередь о самураях. Сословие это с его высокими запросами и весьма в целом невысоким уровнем дохода (его можно сравнить с русским дворянством, скажем, XVII—XVIII вв.) уже в XIII—XIV вв. оказалось в состоянии кризиса. Чтобы поддержать воинскую честь и достойный уровень существования, самурай нередко залезал в долги, а то и вынужден был продавать свой лен. Это вело к разорению его и его потомков, что было весьма невыгодно для его патрона, а также и для государства (не следует забывать, что большинство самураев было на службе сёгуна, т. е. государства). Следовали один за другим указы, предписывавшие выкупать, а то и просто возвращать самураям их земли. Но процесс шел своим чередом, так что указы мало помогали. Нужны были иные меры, и самураев начали переводить на положение воинов-рыцарей, дружинников, живущих при дворе хозяина и получающих за это жилье, снаряжение и натуральный паек от господина или государства. Соответственно в очередной раз стали меняться и аграрные отношения: все большее количество земли начало концентрироваться в руках крупных феодальных домов, князей-даймё, которые также стали контролировать значительную часть японских городов с их ремеслом и торговлей. Возвышение князей сыграло свою роль в падении сёгунов из дома Минамото и их фактических правителей из дома Ходзё: в результате длительных усобиц верх взял бывший вассал Ходзё Асикага, который в 1335 г. провозгласил себя сёгуном и потомки которого управляли Японией до 1573 г.
Сёгунат Асикага не был периодом мира и процветания. Напротив, усилились феодальные междоусобицы, особенно с начала XV в. Против Асикага восставали то один, то другой из влиятельных домов, а в 1467—1477 гг. разгорелась в стране настоящая война (война годов Онин), в ходе которой укрепили свое положение некоторые даймё, занявшие ключевые позиции в Японии (всего таких домов до начала войны годов Онин насчитывалось 260; многие из них в ходе усобиц погибли). Власть сёгунов практически стала номинальной, а Япония на рубеже XV—XVI вв. практически распалась на несколько частей. В этих условиях почти постоянных войн и сопровождавшей их разрухи усилился экономический кризис. Резко возросло количество крестьянских восстаний, причем к крестьянам теперь нередко примыкали разорившиеся самураи (их низшая прослойка – кокудзин) или странствующие рыцари, самураи-ронины (не имевшие господина), а порой и городская беднота. Все это привело к тому, что в середине XVI в. в Японии, практически не было центрального правительства, ни сёгунского, ни императорского. В этих-то сложных условиях вновь встал нелегкий вопрос об объединении страны.
Реализация этой задачи связана с именами едва ли не наиболее известных исторических деятелей Японии – Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу. В обстановке всеобщих усобиц честолюбивый Ода сумел одного за другим одолеть нескольких даймё и в 1573 г. свергнуть последнего сёгуна из дома Асикага. Одним из наиболее ожесточенных противников Ода в этой борьбе оказались буддийские монастыри, что сыграло немалую роль в определении политического курса Ода по отношению к христианству.
Первые христиане появились в Японии в 40-х годах XVI в. вместе с португальскими купцами. Затем в Японию прибыли миссионеры-иезуиты, в том числе знаменитый Франциск Ксавье. Их усилиями христианская религия в крайне выгодных для укоренения на островах Японии условиях ожесточенных междоусобиц стала распространяться довольно быстрыми темпами: уже в 1580 г. в стране было около 150 тыс. христиан, а также 200 церквей и 5 семинарий; к началу XVII в. христиан было около 700 тыс. Этому способствовала, в частности, и политика южных даймё, заинтересованных в португальской торговле и, главное, в обладании огнестрельным оружием, доставка, а затем и производство которого в Японии были налажены именно католиками-португальцами.
В 80-х годах XVI в. Ода овладел уже половиной провинций страны, включая столицу Киото, и провел ряд реформ, направленных на ликвидацию политической и экономической раздробленности, на развитие городов и торговли, но под верховным контролем власти (в частности, в 1568 г. был лишен своей автономии торговый город Сакаи). После убийства Ода в 1582 г. власть попала в руки его помощника Тоётоми Хидэёси, выходца из крестьян. Хидэёси сумел завершить дело объединения страны и даже лелеял мечту расширить свою власть за счет завоеваний на континенте. Неудачи экспедиции в Корею похоронили эти мечты. Однако внутренние реформы дали немалый эффект. Была усилена централизованная власть, укреплен контроль за городами и торговлей, уделено внимание земельной реформе, целью которой было закрепить земли за крестьянами, способными исправно платить налоги в казну государства. В отличие от Ода новый правитель выступил против чрезмерно усилившихся, по его мнению, иезуитов и вообще христиан. В 1587 г. он даже издал было указ об изгнании иностранных миссионеров, португальцев и испанцев, и организовал преследование японцев-христиан, включая уничтожение церквей и издававших церковную литературу типографий. Но успеха это не дало, ибо преследуемые укрывались под надежной защитой принявших христианство мятежных южных даймё. После смерти Тоетоми Хидэёси в 1598 г. власть оказалась в руках одного из его сподвижников Токугава Изясу, который сумел одолеть соперников и в 1603 г. провозгласил себя сёгуном. Началась длительная эпоха нового, третьего по счету после Минамото и Асикага, сёгуната, токугавского, продолжавшегося вплоть до реставрации 1867 г., «Мэйдзи исин».
В классической формуле «начал, продолжил, завершил», обычно относимой к оценке деятельности всех трех выдающихся объединителей страны в XVI в., на долю Токугава Иэясу приходится заключительная фаза. Суровой рукой окончательно покорив всех мятежных даймё и объединив страну под своей властью, дом Токугава и прежде всего сам Иэясу приступили к серии реформ, направленных на закрепление успеха. Даймё, которых к тому времени насчитывалось около 200, сохранили некоторые традиционные права, включая суд и административную власть в пределах своего владения, при них остались и их самураи, находившиеся в основном на натуральном довольствии. Однако за это они не только должны были признать авторитет сёгуна, но и в знак этого признания каждый второй год вместе с семьей, челядью и даже частью дружины проводить в специально построенной для этого дворцовой усадьбе в Киото. Это своего рода заложничество сыграло важную роль в укреплении власти центра. Кроме того, дом Токугава позаботился о том, чтобы враждебные ему даймё (посторонние – в отличие от тех, кто был родней или вассалом сёгуна), именовавшиеся тодзама, не проживали компактно, но были бы территориально оторваны друг от друга. Ремесло и торговля в тех городах, где прежде осуществляли свою юрисдикцию даймё, были переданы в подчинение центру вместе с самими городами. Все это значительно подорвало могущество князей и укрепило власть сёгунов, т. е. государства.