Штабы партизанского движения располагали мощными радиоузлами для оперативной связи с партизанскими соединениями, отрядами и разведывательно-диверсионными группами и с подпольными партизанскими организациями. Кадры ШПД в основном укомплектовывались кадровыми офицерами Красной Армии, войск и органов НКВД и возглавлялись партийными работниками. Для этого еще 16 июня 1942 г. постановлением ГКО на Военные советы фронтов были возложены обязанности не только по формированию штабов и оперативных групп, но и подвижных радиоузлов. Задача обеспечения их кадрами была поручена Главному управлению (ГУ) кадров НКО СССР, а вооружение, снабжение всеми видами имущества и транспорта — ГУ тыла НКО СССР.
ЦШПД осуществлял общее руководство партизанской борьбой, создавал партизанские отряды и соединения, координировал их действия, обобщал и распространял опыт партизанских действий, готовил кадры, организовывал взаимодействие партизанских формирований с войсками Красной Армии. Он работал в тесном контакте с Генеральным штабом РККА. Фронтовые ШПД несли ответственность за руководство партизанскими формированиями и дальнейшее развитие партизанского движения на всей оккупированной территории, определяемой линией и глубиной направления данного фронта с границами областей. На штабы партизанского движения всех рангов были возложены следующие основные задачи: развитие партизанского движения, руководство боевыми действиями партизан, установление связи с партизанскими формированиями, обеспечение партизан всем необходимым для борьбы с оккупантами, политическое обеспечение, подготовка специалистов. А основными разведывательно-боевыми задачами партизанского движения стали: дезорганизация тыла противника, разрушение коммуникаций и связи, уничтожение складов, нападение на штабы и войсковые части противника, разрушение материальной части на аэродромах, осведомление Красной Армии о противнике.
1. Разведка противника стала приоритетной задачей партизанских соединений с 24 августа 1942 г. ЦШПД потребовал активизировать разведку в тылу противника в интересах Красной Армии. Постановлением № 00189 от 5 сентября 1942 г. ГКО определил, что ЦШПД и его разведотдел должны обеспечить руководство разведывательной деятельностью республиканских и областных ШПД и отдельных партизанских соединений, наладить как информационно-разведывательную, так и агентурно-разведывательная деятельность. В результате была резко усилена разведывательная деятельность по выявлению направляемых на советско-германский фронт новых войсковых соединений, передислокации войск противника, состояния коммуникаций противника, подготовки оборонительных рубежей, дислокации и перебазированию аэродромов и складов, готовности немцев к химической войне, численности и боеспособности полевых и охранных частей противника. Особое значение придавалось сбору данных о политико-экономическом положении на временно оккупированной территории СССР.
Организационная структура партизанской разведки по мере накопления опыта превратилась в специальную службу. На первых порах она столкнулась с множеством трудностей. Нехватка квалифицированных кадров, незнание методов конспирации и отсутствие специальных знаний часто приводили к досадным ошибкам, непоправимым просчетам и утратам. Опыт накапливался по крупицам. Положение несколько улучшилось после организации Центрального и фронтовых штабов партизанского движения. Потребовалось введение в партизанских формированиях должности заместителей по разведке. И в июле 1942 г. такие должности были установлены. Создание штабных разведслужб в партизанских формированиях и обеспечение их квалифицированными специалистами и разведаппаратурой значительно повысило уровень партизанской разведки. На оккупированной территории Белоруссии к концу 1942 г. действовало 5150 разведчиков, 68 радиостанций, с помощью которых 329 партизанских соединений и отрядов поддерживали постоянную радиосвязь с ЦШПД и ШПД Белоруссии. Большую роль в укреплении разведорганов партизанских формирований и расширении сферы их деятельности сыграл приказ наркома обороны от 5 сентября 1942 г. № 00189 «О задачах партизанского движения». В нём особо подчеркивалась необходимость усиления войсковой разведки. Этот приказ лег в основу всей работы разведорганов партизанских формирований в тылу противника. А создание штатных разведслужб в ШПД и партизанских соединениях и обеспечение их квалифицированными специалистами и радиоаппаратурой значительно повысило эффективность партизанской разведки. Этот приказ стал программой действий партизан в период перехода Красной Армии от стратегической обороны к стратегическому наступлению, приведшему к коренному перелому в войне. Он требовал значительно усилить разрушение растянутых коммуникаций врага и его линий связи, лишить противника свободы маневра и пополнения его живой силой, боевой техникой, горючим и боеприпасами, парализовать его стремление использовать рабочую силу промышленных предприятий и продукции сельского хозяйства на оккупированной территории, а также вывозить награбленное добро в Германию.
К началу 1943 г. партизанская разведка приобрела устойчивые и стройные организационные формы. От получения достоверных разведданных зависел успех войсковых и партизанских боевых операций. Однако основные сведения о противнике собирались агентурной разведкой партизан. Они велись главным образом в интересах Красной Армии и были направлены на оперативное и боевое обеспечение её войск. Агенты-подпольщики не входили в состав партизанских формирований. Связь с ними осуществлялась через широко развитую систему «почтовых ящиков», явочных квартир, условных сигналов, связников-маршрутников и другими способами. В апреле — июне 1943 г. партизаны-разведчики собрали такие сведения, которые помогли ВГК Красной Армии разгадать замыслы врага на предстоящие кампании, определять места сосредоточения его наступательных группировок и направление готовящихся ударов. Они выявили дислокацию многих штабов, соединений, аэродромов, баз снабжения, объектов строительства оборонительных рубежей. Партизанская разведка выявила подготовку немцев к химической войне и определила отравляющие вещества и пункты их размещения. Особое внимание нарком обороны придал организации разведки в тылу противника в интересах Красной Армии. 19 апреля 1943 г. Сталин издал приказ № 0073 «Об улучшении разведывательной работы партизанских отрядов», предписывавший назначать заместителями начальников республиканских и фронтовых ШПД по разведке командиров Разведывательного управления Генерального штаба Красной Армии. Практика показала, что с этого времени разведывательная деятельность партизанских формирований в интересах регулярных войск стала более результативной и разносторонней. Она приобрела важнейшее значение для принятия военным командованием более обоснованных оперативных решений и достижения успехов в проводимых им боевых операциях. Разведданные о противнике поступали в Разведывательный отдел ЦШПД от подчиненных штабов в виде сводок, спецсообщений, протоколов, допросов пленных, захваченных документов противника и радиограмм от отдельных партизанских соединений и отрядов. Вся полученная информация обрабатывалась и направлялась в Оперативный и Разведывательный отделы Генерального штаба РККА, а также командующим соответствующих фронтов. Имевшие же особую важность разведывательные данные направлялись в ГКО и Политбюро ЦК ВКП(б). В период Сталинградской и Курской битв, операций по освобождению Украины, Белоруссии, Крыма, Ленинградской и Новгородской областей, Прибалтики, Молдавии и Карелии партизаны не только наносили удары по неприятелю, но и собирали разведданные о нем. Это помогало советскому командованию распознавать замыслы врага, правильнее планировать и проводить боевые операции. По данным ЦШПД, осенью 1943 г. партизаны захватили у противника десятки тысяч оперативных карт, схем, отчетов и других документов и более 9 тыс. из них переправили в Москву. Эффективность партизанской разведки в 1943 г. была очень высокой — «партизаны снабжали советское командование разведданными, которые помогали правильно оценить обстановку и замыслы вражеского командования на лето 1943 г.».