Вслед за Государственным советом преобразованы были по плану Сперанского министерства, учрежденные манифестом 8 сентября 1802 г. Сперанский находил двойной недостаток в этих министерствах: отсутствие точного определения ответственности министров и неправильное распределение дел между министерствами. Они были преобазованы двумя актами — манифестом 12 июля 1810 г. о разделении государственных дел на особые управления и «Общим учреждением министерств» 25 июня1811 г. По новому распорядку упразднялось одно из восьми прежних министерств, именно коммерции, дела которою распределялись между министерствами финансов и внутренних дел; зато из ведения последнего выделены были дела о внутренней безопасности, для которых образовалось особое министерство полиции. Кроме того, учреждено было несколько особых ведомств под названием «главных управлений» со значением отдельных министерств: «главное управление ревизии государственных счетов» (или государственный контроль), «главное управление духовных дел иностранных исповеданий» и, наконец, еще раньше, в 1809 г., «главное управление путей сообщения». Таким образом, отдельных центральных ведомств, между которыми были распределены дела в порядке исполнительном, т.е. административном, явилось всех одиннадцать вместо прежних восьми. В «Общих учреждениях» определены были состав и делопроизводство министерств, пределы власти министерств, их ответственность и другие подробности министерского управления. Оба акта, которыми преобразованы были министерства и особые главные управления, по стройности плана, логической последовательности его развития, по своеобразности и точности изложения доселе признаются образцовыми произведениями нашего законодательства, которыми не без основания гордился сам автор, и административный порядок, им установленный, даже в подробностях доныне продолжает действовать.

Предположено было преобразовать и Сенат. Проект преобразования приготовлен был к началу 1811 г. и в июне внесен в Государственный совет. Этот проект был основан на строгом разделении дел административных и судебных, которые смешивались в прежнем устройстве Сената. Согласно с этим Сенат было предположено преобразовать в два особых учреждения, из которых одно, названное Сенатом правительствующим и сосредоточивавшее в себе правительственные дела, должно было состоять из министров с их товарищами и начальниками особых (главных) частей управления, это прежний комитет министров; другое под названием Сената судебного распадалось на четыре местных отделения, которые размещены по четырем главным судебным округам империи: в Петербурге, Москве, Киеве и Казани. Особенностью этого судебного Сената была двойственность его состава: одни члены его назначались от короны, другие выбирались дворянством. В этом особенно блеснула искра тех идей, на которых построен был общий преобразовательный план Сперанского. Этот проект вызвал резкие возражения в Государственном совете; сильнее всего, разумеется, нападали на право выборов дворянством членов Сената, видя в этом ограничение самодержавной власти. Несмотря на то что при подаче голосов большая часть членов Совета высказалась за проект и государь утвердил мнение большинства, но различные препятствия, внешние и внутренние, помешали осуществлению новой реформы, и сам Сперанский советовал ее отсрочить. Благодаря тому Сенат сохранил прежнее смешение ведомств, внося некоторую нестройность в общий склад центрального управления. Значит, из трех отраслей высшего управления — законодательной, исполнительной и судебной — были преобразованы только две первые; третьей не коснулась реформа. К преобразованию губернского управления не было и приступлено.

По разным причинам, которые имели более биографическое, чем политическое, значение, Сперанский был уволен от должности, едва только начали вводиться преобразованные им учреждения. Он получил отставку в марте 1812 г. и, сверх чаяния, сослан был в Нижний, напутствуемый самой искренней бранью со стороны высшего общества и ожесточенной озлобленностью со стороны народа. Причины ненависти первого легко понять; менее понятен был ропот, поднявшийся против Сперанского в народе. Главной причиной этого недовольства был еще один преобразовательный план, составленный Сперанским. В удивительно разнообразную деятельность этого дельца входило и устройство финансов, которые находились в печальном положении вследствие войн и затруднений торговых, причиненных континентальной системой. По смете 1810 г. всех выпущенных в обращение ассигнаций считалось 577 млн; внешнего долгу — 100 млн. Смета доходов на 1810 г. обещала сумму в 127 млн ассигнациями, смета расходов требовала суммы в 193 млн, итак, дефицит — 66 млн, что составляло более половины всей суммы государственных доходов. Это положение и хотел устранить Сперанский составленным им широким планом финансовых реформ. План этот основан был на двух началах — на совершенном прекращении выпуска новых ассигнаций и постепенном изъятии из обращения старых; далее, на возвышении всех налогов, прямых и косвенных. Законами 2 февраля 1810 г. и 11 февраля 1812 г. и возвышены были все налоги — иные удвоены, другие более чем удвоены. Так, цена пуда соли с 40 коп. поднята была до рубля; подушная подать с 1 руб. возвышена была до 3 руб. Любопытно, что в этот план входил и новый, небывалый прежде налог — «подоходный прогрессивный»; им обложен был доход помещиков с их земель. Низший налог взимался с 500 руб. дохода и составлял 1% последнего; высший налог падал на имения, дававшие больше 18 тыс. руб. дохода, и составлял 10% последнего. Возвышение налогов и было главной причиной народного ропота против Сперанского, чем успели воспользоваться его враги из высшего общества.

1812-м начался новый перерыв во внутренней деятельности этого царствования. Внешние события надолго отвлекли внимание правительства и общества от внутренних дел. Когда бури военных лет пронеслись, правительство не возвратилось к деятельности в прежнем направлении. События этих лет неодинаково подействовали на общество и на правительство: в первом они вызвали необычайное политическое и нравственное возбуждение; общество непривычно оживилось, приподнятое великими событиями, в которых ему пришлось принять такое деятельное участие. Это возбуждение долго не могло улечься и по возвращении русской армии из-за границы. Силу этого возбуждения нам трудно теперь себе представить; оно сообщилось и правительственным сферам, проникло в официальные правительственные издания. Печатались статьи о политической свободе, о свободе печати; попечители учебных округов на торжественных заседаниях управляемых ими заведений произносили речи о политической свободе как о последнем и прекраснейшем даре божьем. Частные журналы шли еще дальше: они прямо печатали статьи под заглавием «О конституции», в которых старались доказать «доброту представительного учреждения». Возбуждение сообщилось и, может быть, даже поддерживалось военными людьми, возвратившимися из заграничных походов. В офицерских кругах образовывались общества, в которых читались речи о недостаточности специального военно-технического образования для военных людей, о необходимости для них чтения, ученых упражнений общего образования.

Совсем иначе подействовали внешние события на правительство, прежде всего на самого императора: оно вышло из тревог военных лет с чувством усталости, с неохотой продолжать преобразовательные начинания первых лет, даже с некоторым разочарованием в прежних своих политических идеалах. Различные причины вызвали эту перемену в настроении правительства; из них одной можно признать оказавшиеся результаты исполненных преобразований. Эти результаты не оправдали ожиданий, не внесли заметного улучшения в государственную жизнь, не устранили старых многочисленных злоупотреблений. Правительство пришло в уныние от этих неудач; притом и внешняя политика начала оказывать давление на ход внутренних дел. Внешние события поставили Россию в борьбу с последствиями французской революции; русское правительство как-то самым ходом дел стало консерватором в международных отношениях, охранителем законности, следовательно, поборником восстановления старины. Такое направление из международных отношений невольно переносилось на внутреннюю политику. Нельзя же было в самом деле одной рукой поддерживать охранительные начала на Западе, а другой продолжать преобразовательные предприятия дома.