Суть конфликта весьма поучительна, поскольку полностью развенчивает легенду о якобы существовавшем между членами ордена духовном единстве и межнациональном братстве. Первыми восстали испанские рыцари (1581 г.), считавшие, что их роль в делах ордена была сильно принижена. Рассуждения их базировались на том, что на протяжении почти полувека Испания являлась наиболее верным и могущественным покровителем Мальтийского ордена, а потому и его глава должен избираться из испанцев. Обвинив «сюзерена Мальты» во всех смертных грехах, включая сговор с «врагами веры», арагонские и кастильские иоанниты подняли бунт, закончившийся выборами еще одного великого магистра — в противовес первому.
Нашлись на острове и просто авантюристы, которые поддерживали арагонский и кастильский языки в расчете половить рыбу в мутной воде. Конфликт грозил обернуться своего рода гражданской войной. И тогда в него решил вмешаться папа Григорий XIII, который выслал на Мальту своего нунция-инквизитора Висконти.
Следует отметить, что в задачу последнего, в отличие от инквизиторов в других католических странах, не входило выявлять еретиков и устраивать аутодафе на устрашение богобоязненному населению. Нет, в данном случае его функции были значительно проще и вместе с тем деликатнее. Фактически он представлял собой полномочного представителя и соглядатая папы, воспользовавшегося, как и его далекий предшественник Григорий XI, трудностями ордена для укрепления своего влияния.
По требованию нунция в 1581 г. оба великих магистра — «законный» де ла Кассиер и выбранный параллельно Мартин Леку де Ромегас — отбыли в Рим, где «наместник Петра» должен был разрешить их спор. Конечно же, Григорий XIII поддержал ла Кассиера, да и иначе и быть не могло. По мнению римской курии, следовало прежде всего подавить в зародыше самую мысль о возможности бунта против существовавших статутов ордена. Мальтийские рыцари устраивали «святой престол» только в качестве монолитного, спаянного железной дисциплиной, послушного его воле войска; следовательно, никаких брожений среди них глава католической церкви допустить не имел права.
Однако ла Кассиеру недолго удалось торжествовать победу над соперником: в конце того же года он скончался в Риме, так и не успев вернуться на мальтийскую землю. По весьма странному совпадению там же еще раньше умер «узурпатор» Ромегас. Тогда-то папа и решил окончательно подмять орденскую братию под себя. Вместо того чтобы назначить выборы нового великого магистра, как это было принято по уставу ордена, он неожиданно объявил о том, что отныне главу иоаннитов он будет назначать сам. Готова была и мотивировка: Мальтийский орден — объединение духовное, а раз так, то римский папа для него — высшая инстанция.
Можно себе представить, какое недовольство вызвала эта попытка Григория XIII у членов ордена, и без того добивавшихся большей свободы. Папе пришлось пойти на попятный: он позволил провести «свободные» выборы, но только из трех предложенных им кандидатур. Одновременно он отобрал некоторые другие привилегии ордена. В частности, начиная с 1584 г. иоаннитам не разрешалось занимать два высших церковных поста на Мальте — епископа и приора кафедрального собора св. Иоанна. Кроме того, под предлогом необходимости наблюдать за порядком в Ла-Валлетте учредили постоянную резиденцию инквизитора, назначаемого Римом.
Отныне эти два фактора — независимый от великого магистра епископ и папский ставленник инквизитор — стали постоянным источником раздоров на острове. Каждый из трех высокопоставленных сеньоров — глава ордена, глава церкви на Мальте и личный представитель папы — претендовали на верховную власть, чрезвычайно болезненно воспринимая любую попытку вмешательства в свою епархию. Третейским судьей практически во всех разногласиях был папа, что давало ему возможность утверждать на острове свой диктат.
С высоты сегодняшнего дня часть причин, вызывавших в свое время бурные сцены и скандалы, кажется нелепой и несерьезной. Однако, даже отставив в сторону весомые разногласия, следует признать, что для XVI века, когда придворный этикет и формальный престиж имели громадное значение, такие вопросы, как, например, кому уступать дорогу на узких улочках Ла-Валлетты или кому первому являться с визитом, могли сами по себе вызывать постоянные споры и раздоры.
Бесконечная вражда трех высших должностных лиц прежде всего неблагоприятно отражалась на местном населении, которое подвергалось нещадной эксплуатации и постоянно втягивалось в никому не нужные конфликты. При великом магистре Хьюге Лубенксе де Вердале (1582—1595) — первом избранном на этот пост с подачи Рима — были упразднены все органы самоуправления, существовавшие на Мальте. Его преемники в начале XVII в., следуя примеру монархов таких великих держав, как Англия и Франция, пытались подчинить себе мальтийскую церковь.
Роскошный образ жизни Вердаля, его стремление утвердить себя в качестве полноправного властителя не могли не вызвать нарекания как среди простых мальтийцев, так и среди средних священнослужителей. Апогеем безрассудного поведения главы ордена явились пиршества в его новом поистине царском дворце, где его слух услаждали отборные музыканты, а вкус — изысканные яства, в тот момент, когда на острове свирепствовала чума (1592 г.), а затем — голодные годы. Трудно сказать, чем бы закончилось все это для потерявшего голову от чувства безнаказанности великого магистра, если бы он не умер практически сразу после этих мрачных событий, причем не дома в Ла-Валлетте, а в резиденции папы в Риме.
В борьбе с орденом епископ Мальты тоже не сидел сложа руки. В 1592 г. он пригласил на остров в качестве союзника орден иезуитов, уже достаточно «зарекомендовавший» себя в других странах. Беспринципные, ловкие, умные и хитрые иезуиты вскоре заняли на Мальте те же позиции, что и во всех остальных местах, где они внедрялись. Остров все больше опутывался цепями католицизма.
Беспристрастно шаг за шагом анализируя историю ордена св. Иоанна, можно увидеть очевидный факт — где бы он ни появлялся, какой бы статус ни приобретал, вокруг него постоянно вспыхивали склоки. В Палестине он поочередно перессорился со всеми феодалами и с орденом тамплиеров, с Кипра его просто попросили, на Родосе он враждовал с греками и римской курией, на Мальте рыцари вообще заняли круговую оборону против светских владык и простого люда, епископа и папского трибунала, вице-короля и иезуитов.
Шестьдесят три инквизитора сменилось на острове за время пребывания там госпитальеров, и абсолютно со всеми орденская верхушка сумела испортить отношения, которые колебались от легкой неприязни до открытых схваток. Между тем именно с теми, кто занимал этот пост, великим магистрам меньше всего следовало вступать в коллизии: двадцать пять из этих шестидесяти трех мальтийских инквизиторов впоследствии стали кардиналами, а двое даже римскими папами, остальные же получили сан епископов. Иными словами, это все были люди, высоко стоявшие на иерархической лестнице католической церкви, которые могли или содействовать, или мешать ордену иоаннитов.
Если впоследствии мальтийские рыцари опять набрали силу и пользовались определенной независимостью в европейских делах, то во второй половине XVI в. им приходилось действовать с большой оглядкой. Борясь за престиж, отступая перед натиском папской курии или доказывая свои права, они не смели ни на минуту забывать о своей основной миссии, под предлогом которой орден утвердился на Мальте. Поэтому на протяжении 1565—1595 гг. флот госпитальеров неоднократно принимал участие в военных кампаниях европейских государств против турецкой экспансии. Участвуя в битвах с турками, в каком бы районе Средиземноморья они ни происходили, орден тем самым ограждал и свои владения от новых нашествий. Каждый умелый удар, нанесенный по врагу, увеличивал шансы иоаннитов отстоять Мальту и уменьшал возможность непосредственной прямой атаки османского флота, как это было в 1565 г.
Большой резонанс в Европе получило морское сражение при Лепанто (старинное название греческого города Навпактос) в 1571 г., в ходе которого объединенная эскадра антитурецкой коалиции Священной лиги нанесла сокрушительный удар флоту Османской империи, надолго похоронив мысль превратить Средиземное море в «султанов пруд». В Священную лигу входили Испания, Рим, Венеция, Генуя, Неаполь, Парма и другие мелкие итальянские государства, а также иоанниты. Правда, последние выставили всего три галеры, однако сражались они, как всегда, достаточно самоотверженно, подтвердив высокую воинскую репутацию ордена.