Після одержання книги «Акти Барського староства» Сіцінський відгукнувся у листі від 8 лютого 1894 року: «З великим інтересом прочитав Ваш… 1-й том VIII частини «Архива Юго-Зап. России». Дай Бог Вам сили й здоров’я і далі трудитися. Цікаво побачити 2-й том Вашої праці».
З приводу монографії Грушевського «Барське староство» Є. Сіцінський виразився просто й коротко: «Ця робота вельми цінна». У своєму листі від 17 квітня 1892 року він писав: «Дозвольте, перш за все, подякувати Вам за прислану брошуру про Барську шляхту, а за сим звернутися до Вас з уклінним проханням… знайти брошуру «Списки актових книг Центральних архівів». У листі від 2 березня 1893 року Сіцінський відзначає: «В останній час я зайнявся історією Кам’янця і мені необхідно познайомитися з сучасним устроєм міст, а книга, «O городах»… автора я не пам’ятаю… прошу повідомити мені, якщо книга буде знайдена».
У листі від 8 травня 1893 року Сіцінський дякує Грушевському «за вказані статті професора Владимирського-Буданова «Німецьке право».
Таким чином, ми бачимо, що Сіцінський неодноразово звертався до Грушевського за допомогою у пошуках необхідних джерел. Грушевський подарував Кам’янецькому історичному музею книгу «Нарис історії Київської землі від смерті Ярослава на кінця XIV ст.» (1891 р.). Крім того, Михайло Сергійович надіслав книги і відбитки статей «Опис подільських замків 1434 року», «Королівський дозвіл на викуп Камінецького староства 1456 року», «Барське староство», ряд томів своєї книги «Історія України-Руси».
Пізніше у листі до Грушевського від 16 листопада 1927 року Сіцінський написав: «Одержав… новий випуск Вашої велетенської праці «Історія української літератури», т. 5… я щиро дякую за присилку цієї книги… за пам’ятування про мене».
На жаль, всі твори Грушевського протягом 30—60-х років XX століття були вилучені радянськими адміністративними органами з бібліотек Сіцінського і Кам’янецького музею. Сьогодні ця унікальна колекція вважається втраченою для сучасників.
Але повернемось до навчання майбутнього історика в університеті. Наступним важливим етапом в житті Михайла мав стати магістерський іспит, без успішного складання якого мрія про кафедру української історії залишилася б лише мрією. Це були найважчі з усіх студентських років Грушевського. Професор В. Антонович, який залишався науковим керівником Грушевського, обрав для нього тему «Барское староство. Исторические очерки», присвячену історії окремої адміністративно-територіальної одиниці Польщі XV—XVI століть з переважно українським населенням.
Щоб виконати цю роботу належним чином, Грушевський провів багато годин в архівах Києва. Як згадує Михайло Сергійович в автобіографії: «[…] тема – піддана мені тим же В. Б. Антоновичом – була вибрана досить нещасливо. Прийшлося вложити масу праці, щоб зробити з неї щось відповідне, і хоч в результаті вийшла книга досить цінна (хоч і дуже спеціяльна)…»
В цей час молодий Грушевський майже зовсім перестав спілкуватися з друзями, присвятивши свій вільний час магістерській роботі. Було дуже складно здобувати необхідний матеріал, бо суспільно-національна історія Поділля XIV—XVIII століть не була описана повною мірою. Окрім основного тексту роботи, Грушевський ще склав два томи актових матеріалів. Часто він почував себе знесиленим і обуреним тим, що результати роботи у порівнянні з потраченими на неї силами і часом майже мізерні. Але ще за малих літ Михайло привчив себе не покидати роботи посеред дороги, тому він ретельно перебирав сотні книг у архівах Києва, Варшави і Москви.
У1893 році Грушевський здав магістерський іспит, а в травні 1894-го він захистив свою працю, як дисертацію на степінь магістра. У тому ж році «цісарським рескриптом» у львівському університеті була заснована кафедра всесвітньої історії з спеціальним оглядом на історію Східної Європи. Михайло Сергійович дещо засмутився цим фактом: було змінено первісний план заснування кафедри української історії, і це вже йшло в розлад з його метою. Зміну було мотивовано тим, що українська історія не може вважатися конкретною наукою.
У листі від 12 грудня 1894 року з приводу призначення Грушевського на посаду завідувача кафедрою Львівського університету Сіцінський писав: «Перш за все…хоч і пізно – вітаю Вас на новій ниві. Сердечно бажаю Вам щастя. Дай Бог Вам здоров’я і сім’ї у Вашій важкій, але великій праці».
Грушевський писав у автобіографії: «Я кинувся в сю роботу з молодечим завзяттям, не передчуваючи ще тих розчарувань і трудного положення, яке чекало мене в Галичині. […] Ще прикріше було переконатися, що ті надії на прихильні обставини для українського культурного й спеціяльно-наукового розвою, на прихильність до національної української ідеї зі сторони правительства й Поляків, з яким я йшов до Галичини, покладаючися на запевнення ліпше обізнаних з галицькими обставинами Киян старшої генерації, – опираються на фальшивих запевненнях зі сторони Поляків, які дорогою «угоди» і ціною деяких подачок на культурно-історичному полі хотіли задавити всякий опозиційний, свободолюбний рух серед «галицьких Русинів». Скоро прийшлося переконатися, що мої київські приятелі глибоко помилялися в своїх симпатіях до «угоди» й «угодовців», що Поляки нічим не хочуть поступатися в своїм пануванню й не розуміють інших відносин до Русинів, як відносини пануючої народности до служебної. На сім пункті прийшлося мені більше або менше різко розійтися навіть з найближчими приятелями, зблизившись з кругами різко опозиційними. З другого боку, відносини до польської університетської колегії, які хотіли мати в мені покірного послушника польського панування, скоро зіпсувалися вповні і давали чимало прикростей. Я сильно з того всього захворів, так що ледве міг працювати».
Але навіть різко виступивши проти «угодовців» і зблизившись з радикальними елементами, Грушевський разом з ними взяв участь в реформі галицького народовецтва в дусі радикально-поступовім. Реформа була проведена у кінці 1899 року, і разом з кількома відомими радикалами Грушевський увійшов в екзекутивний комітет реформованої партії, як місто-голова (головою зістався старий проводир народовців Романчук). Однак скоро переконавшись, що проведена реформа не звільнила народовецьку партію від її старих прикмет, він через кілька місяців вийшов з комітету, разом з д-ром Франком, відмовившись від участі в партійній діяльності народовців і не раз виступав проти похибок їх політики.
Становище Михайла Сергійовича в університеті, його близькість до української університетської молоді і рішучість, з якою він проводив ідею національної рівноправності українців з поляками (і росіянами), викликали в польських кругах негативне ставлення до Грушевського. У 1901—1903 роках польські націоналісти влаштували справжню травлю Грушевського в вуличній пресі, жадали його усунення з університету та віддання під суд.
У 1904 році в Росії вийшов «Очерк истории украинского народа» і статті Грушевського по українському національному питанню. Після цього його знайомі з офіціальних російських кіл попередили Грушевського, що йому не можна приїздити до Росії.
«В такій тривожній войовничій атмосфері не легко було вести наукову роботу, що вимагає спокою й скуплення, – писав Грушевський. – Тим часом її не убувало, а прибувало». Читаючи лекції студентам, молодий вчений водночас почав працювати над своєю головною історичною працею – «Історією Украини-Руси». До того часу ще ніхто не видавав подібної наукової праці, тому відповідальність автора була дуже високою.
Спочатку Грушевський планував видати тритомний твір. Але поступово він переріс у десятитомник, до того ж незакінчений, бо Михайло Сергійович хотів закінчити кінцем XVIII століття, а довів тільки до 1658 року.
Грушевський узагальнив у своїх працях результати досліджень попередників та своїх власних спостережень. Головною метою його роботи було довести, що першою самостійною українською державою була Київська Русь. На підтвердження тези про походження української держави Михайло Сергійович навів велику кількість історичних даних з археології, етнографії та філології, що були взяті з архівів трьох земель: української, руської та польської.
