В конце войны «Пеликан» трансформировался в «Пасториус». Скорцени и помогавшие ему диверсанты Абвера Каппе и Астор планировали взорвать плотину Ниагарского водопада, вызвав колоссальные разрушения в США, а также протаранить ракетой ФАУ с пилотом-смертником небоскребы в Нью-Йорке. Надвигавшееся фиаско рейха не позволило осуществиться этим планам, хотя пилот-смертница Райсс уже прошла соответствующую подготовку. Спустя полвека план Скорцени сумели реализовать исламские террористы Бен Ладена.

Отдел Скорцени координировал свою деятельность с Абвером и в ходе других секретных операций. Например, акция «Француз» в 1942 г., тогда под кураторством Скорцени и Грайфа удалось взбунтовать против агличан часть кочевых племен в Иране, или, скажем, операция поддержки диверсантов Франко в испанской войне, курируемая офицером Абвера Миллибраном.

Внутри Абвера существовал такой же отдел, как у Скорцени в РСХА. Возглавляли его по очереди фон Гиббель (ранее диверсант Абвера в Африке), Каппе, Хертцер, фон Лахонсен (бывший главный диверсант австрийской разведки, после аншлюса Австрии переведен, как и ряд других земляков Кальтенбруннера, в спецслужбы рейха, в 1944 г. участвовал в заговоре против фюрера и конец войны встретил в концлагере). Этому отделу подчинялись специальная группа диверсантов (группа А) во главе со Штольцем и полк диверсантов «Бранденбург-800» под командованием фон Гиббеля, а затем Пфальштеда.

На счету диверсантов Абвера не меньше спецопераций, чем у отдела Скорцени. Акция «Везербунд» по заброске групп Кемпа и Штиллера в Данию и Норвегию перед вторжением вермахта. Заброска групп диверсантов Абвера Мерцига, Леверкузена, Хаммершельда в Иран для взрывов британских нефтепромыслов и организации мятежей кочевников. Такая же группа во главе с Оберсдофером подняла против англичан мятеж пуштунских племен в Афганистане. В Тунисе подобной акцией руководил фон Кениг, в Египте — Луке, отвечавший за операцию «Салам» по организации мятежа арабских националистов «Свободных офицеров» Насера, в Центральной Африке — Ламквет. На восточном фронте террор и диверсии против советских войск курировали спецотдел Абвера «Валли» во главе с Клее и Шмальшлегером, обосновавшийся в оккупированной Эстонии, и «Бюро Целлариуса» в союзной немцам Финляндии. В тыл Советской Армии забрасывались группы германских диверсантов полка «Бранденбург-800» под началом Хертцера, Ланга, Кнака, Каттвица.

Отдельной работой было сотрудничество РСХА и Абвера с различными группами террористов по всей Европе и Азии и вовлечение их в подрывную деятельность. В специально созданных для этих целей приказом Скорцени центрах в Зандберге и Фридентале готовились боевики из украинской ОУН, ирландской ИРА, турецкой группы пантюркистов «Серых волков» Тюргеши, индийцев группы Чаидра Бозе, хорватских «усташей» Павелича, румынской «Железной гвардии» Симы, македонцев ВМРО, арабов, прибалтов, словаков, валлийцев, китайцев, афганцев и др. Работе с этими группами Скорцени придавал особое значение. Руководить лагерем подготовки диверсантов во Фридентале он доверил своему заместителю Дитерихсу. С русскими диверсантами из власовской РОА работали такие специалисты Абвера, как Штрик-Штрикфельд, Хеммильг, Гелен (будующий глава разведки ФРГ после войны), а также диверсанты СД - Аусланд Грайф и Херре. Турок курировал сам фон Папен, затем посол Гитлера в Турции. Фламандских террористов — начальник СД в Бельгии Томас и Гиске из Абвера. Кавказцев из республик СССР — фон Паннвиц, после войны повешенный в Москве. Французов — Райндль, фон Реппель, Блайхор, Барбье. Китайцев — Лисснер из Абвера. Другими словами, задействованы в этой программе были лучшие кадры обеих спецслужб.

С ирландскими террористами ИРА работали сотрудники Абвера Гертц, Карл, Вебер, поддерживавший прямой контакт с руководителями ировцев Райаном и Хелдом в течение всей войны. Ирландцы помогали в высадках немецких агентов на побережье и в проведении терактов в королевстве. Позднее в ходе антибританской акции «Грюн» Абвер втянул в эту работу и валлийских сепаратистов.

С 1944 г. в спецслужбах наступил разлад, усугубляемый взаимной неприязнью начальника Абвера Канариса и руководства РСХА. Внутри Абвера возник начиная с 1942 г. заговор, направленный на устранение Гитлера и сепаратный мир с Америкой и Англией во имя сохранения независимости Германии. Во главе его были Канарис, сменивший его после опалы в начале 1944 г. Гансен, его заместитель Остер, начальник диверсионного отдела фон Лахонсен, а также многие офицеры вермахта и начальник отдела Крипо в РСХА Небе. Поддерживая связь с британцами и американской УСС через своего курьера Мюллера, единомышленников из разведки союзной Венгрии и верхушку Ватикана, эта группа организовала в 1944 г. неудачное покушение на Гитлера в его резиденции Вольфшанце. В результате после подавления выступления верными фюреру част ями армии и СС почти все руководство Абвера было арестовано. Канарис, Гансен, Остер, фон Догнан, начальник Крипо Небе были повешены. Немногие, как фон Лахонсен, дожили в лагерях до поражения Германии, причем некоторых из них прямо при освобождении арестовал советский СМЕРШ и вывез для допросов в Москву, Так, пропал в застенках НКВД известный воеиный разведчик, резидент Абвера еще в довоенном Советском Союзе Нидермайер, видный участник заговора Канариса. Абвер в 1944 г. за измену расформирован как отдельная спецслужба, многих его офицеров в 1945 г. это спасло от суда, например Гелена: Нюрнбергский трибунал не посчитал Абвер преступной организацией в отличие от РСХА. Остатки Абвера в 1944 г. придали в СД-Аусланд к Шелленбергу как отдел военной разведки «Курфюрст» во главе с Буртоком.

Сам Шелленберг в последние дни рейха предпринял попытку вместе с вождями СС Гиммлером и Вольфом заключить секретное соглашение с союзниками из США и Великобритании. Скорцени же до конца оставался верен фюреру, пытаясь в последние дни перед капитуляцией создать подпольные группы террористов «Шпинне» («Паук») и «Вервольф» («Оборотень») для партизанской войны. Скорцени и Ванк сменили Шелленберга в последние дни войны на посту главы СД-Аусланд. Тем не менее после ареста и суда в 1945 г. и Шелленберг, и Скорпени за предоставленную американской разведке ценную информацию получили право на жизнь. Выйдя из заключения, оба опубликовали свои мемуары.

История спецслужб ФРГ в 1949–1990 гг. органично вплетена в великое противостояние западных и восточных разведок, в этой войне западногерманские разведчики сталкивались с соотечественниками из ГДР.

Начало западногерманской разведке было положено еще до формального создания ФРГ. Под патронажем спецслужб западных союзников, прежде всего американской УСС, в местечке Пуллах под Мюнхеном создана «Организация Гелена». В нее вошли наименее запятнавшие себя в нацистский период профессионалы РСХА, Абвера, вермахта и полиции, а возглавил организацию бывший офицер Абвера Рейнхард Гелен, давший службе свое имя и ставший отцом разведки ФРГ. В XX веке это был единственный случай наименования официальной спецслужбы по фамилии ее начальника. В уже признанном государстве «Организацию Гелена» переименовали в БНД (Федеральная служба разведки, BND — Bundes Nachrichten Dienst) в 1956 г. Ее штаб остался в Пуллахе, а Гелен возглавлял БНД до 1968 г. В эпоху его долгого правления БНД делилась на отделы (дивизии) сбора информации, контрразведки, аналитики, внешней разведки, технического шпионажа и внутренней безопасности.

Почти одновременно с БНД созданы и две другие западногерманские спецслужбы: военная разведка — МАД (Военная служба безопасности, MAD — Militaricher Abechirm Dienst) и контрразведка — БФВ (Федеральное ведомство охраны конституции, BFV — BundesAmt Fur Verfaussungschutz). БФВ располагалось в Кельне и имело в своей структуре отделы контрразведки, антитеррора, госохраны, контроля за политическими партиями, надзора за иностранцами, борьбы с экстремизмом и противостояния коммунистическим странам (особенно ГДР). Первым начальником БФВ стал в 1949 г. Отто Йон, известный тем, что сам в 1954 г. перебежал в ГДР, а затем вернулся на Запад и утверждал, что его похитила «Штази». Эта темная история, так и не распутанная до сих пор, стала первым серьезным скандалом вокруг спецслужб ФРГ.