Жилой комплекс для семейных служащих отряда носил название «деревня Того». Здесь же находились общежитие для холостяков и построенный отрядом синтоистский храм Того.

В ведении 2-го отдела отряда № 731 были метеогруппа и авиагруппа. Последняя имела в своем распоряжении аэродром.

Взлетно-посадочная полоса аэродрома примыкала к взлетно-посадочной полосе авиаотряда 8372. В углу аэродрома, удаленного приблизительно на один километр от блока «ро», находилось два ангара, в которых стояло одиннадцать самолетов.

Самолеты авиагруппы были следующих типов: бомбардировщик «Донрю» («Дракон»), тяжелый бомбардировщик 97, тяжелый бомбардировщик 97 модель 2, легкий двухмоторный бомбардировщик 99, легкий одномоторный бомбардировщик 99, учебный бомбардировщик, истребитель, учебный транспортный самолет, санитарный самолет, пассажирский самолет AT и неисправный самолет «Айкоку» («Патриот»). В авиагруппе состояло около 60 человек, включая сотрудников метеослужбы, связистов и авиатехников. Среди самолетов преобладали бомбардировщики. Они предназначались для проведения экспериментов и практического применения бактериологического оружия.

К шестому блоку относилось здание госпиталя (так называемый 7-й отряд Квантунской армии) с двумя примыкающими зданиями. Одно, похожее на склад, обычно называли Южным корпусом, другое принадлежало 3-му отделу. Все они располагались в районе Биньцзян-ского вокзала города Харбина. По воспоминаниям бывших сотрудников отряда, Южный корпус имел просторный полуподвал. Здесь с 1933 г. и до ввода в строй комплекса в Пинфане размещалась специальная тюрьма для «бревен». Так что эксперименты над живыми людьми начались еще со времен «небольшой лаборатории». Эти жертвы не вошли в число тех трех тысяч человек, которые погибли во внутренней тюрьме блока «ро».

Начальником отряда в 1936—1942 гг. и с марта 1945 г. до конца войны был генерал-лейтенант Сиро Исии; в период с 1942 по февраль 1945 г. — генерал-майор Масадзи Китано. Структурно отряд был разбит на несколько подразделений (отделов).

Хозяйственное управление (общий отдел). По показаниям возглавлявшего его в 1941 г. Кавасимы Киоси, этот отдел кроме вопросов распределения кадров, финансов, планирования работ отряда, занимался организацией обеспечения «бревнами» экспериментальной деятельности отряда. Начальник — майор Накатомэ (затем его сменил полковник Оота).

1-й отдел. Бактериологические исследования. Специально занимался исследованием и выращиванием для целей бактериологической войны возбудителей: холеры, газовой гангрены, сибирской язвы, брюшного тифа, паратифа и других. Сотрудниками отдела проводились опыты не только над животными, но и над людьми. Их результаты иногда публиковались в научных журналах.

Моримура Сэйти (1983) привел описание эксперимента с возбудителем клещевого энцефалита, обнаруженного им в «Журнале японского научного общества патологической физиологии» за 1944 г., № 34 за авторством Масадзи Китано, Сай Кикути, Сиро Касахара, Мотодзи Сакуяма, Кэнъити Канадзава, Наомицу Нэдзу, Ясуо Ио-симура, Тадао Кудо (научный руководитель Масадзи Китано). Все они из исследовательского персонала отряда № 731. Он приводит следующий фрагмент статьи: «...Если взять 8 мл препарата эмульсии мозга заболевших мышей и ввести каплями через нос — для эксперимента брались тайваньские обезьяны, — то после недельного инкубационного периода у подопытных поднималась температура до 39,8°С, которая на четвертый день заболевания достигала 40,6°С. Заболевание протекало следующим образом: на третий день появлялся парез верхней правой конечности, на пятый — начинались судороги всех четырех конечностей, вплоть до опистотонуса. Приступы наблюдались в течение трех дней. На пятнадцатый день после прививки температура падала до 37°С, наутро наступала смерть. При вскрытии, кроме кровенаполнения головного и спинного мозга, других изменений, в том числе и увеличения селезенки, не наблюдалось...» Но о подобных экспериментах ниже.

100. Сотрудники исследовательских групп 1-го отдела отряда №  731 в начале1980-х гг. Слева направо: Иосимура, Танака, Исикава  (фотографии изкниги Williams P., Wallace D., 1989)

Второй соавтор статьи, генерал-майор Кикути, был в то время начальником первого отдела.

2-й отдел. Так называемый экспериментальный. Начальник отдела — полковник Акира Оота (по совместительству). Осуществлял проверку бактериологического оружия в условиях полигона и боевой обстановке. Ему подчинялась специальная авиационная часть с самолетами, оборудованными диспергирующей аппаратурой, и полигон на станции Аньда. Этому отделу подчинялось отделение по культивированию и размножению паразитов, предназначенных для распространения эпидемий чумы. Отдел разрабатывал специальные виды вооружений для распространения бактерий: распылители в виде автоматических ручек, тросточек, фарфоровые авиационные бомбы и т.п. Из обнаруженного компетентными советскими органами в японских архивах табеля вооружения диверсионных групп видно, что авторучки-распылители были приняты японцами на вооружение.

3-й отдел. Изготовление фильтров для воды. Начальник отдела — подполковник Эгути. Это был единственный отдел, который занимался вопросами водоснабжения. Однако в нем были организованы производственные мастерские, вырабатывавшие корпуса для «авиабомб системы Исии».

4-й отдел. Производство бактерий для целей бактериологической войны. Начальник отдела — генерал-майор Киоси Кавасима (предстал перед военным трибуналом Приморского военного округа в 1949 г.). Об этом отделе ниже.

Учебный отдел. Обучение служащих отряда. Готовил для боевых подразделений японской армии и диверсионных групп специальные кадры, умеющие обращаться с биологическим оружием. Начальник отдела — полковник Сонода (затем его сменил подполковник Тосихидэ Ниси).

Отдел материального снабжения. Начальник отдела — генерал-майор Ооя.

Лечебный отдел. Отрядная лечебница. Начальник — полковник На-гаяма.

Помимо этого, отряд № 731 имел четыре филиала, расположенных вдоль советско-маньчжурской границы, и один полигон для испытаний БО. Филиалы дислоцировались в Хайларе, Линькоу, Суньу и Мудань-цзяне, а испытательный полигон-аэродром находился на станции Аньда.

Кроме того, в Дальнем (Далянь) располагался Научно-исследовательский центр санитарной службы Южно-Маньчжурской железной дороги, которым руководил ученый-специалист Андо в чине генерала. Этот центр подчинялся непосредственно Квантунской армии и работал в тесном контакте с отрядом № 731, изготовляя чумную вакцину и проводя эксперименты по массовой иммунизации китайского населения различными типами чумных вакцин. Фактически это тоже был его филиал. Его специалисты не бежали в Японию в августе 1945 г., а вполне легально находились в Маньчжурии после войны и даже наблюдали в 1947 г. за действиями советских военных бактериологов из НИИЭГ (г. Киров), исследовавших эффективность стрептомицина при лечении легочной чумы (см. очерк XXXV).

Ветеринарная служба имела в районе местечка Могатон в 10 км южнее города Чанчунь свой отряд аналогичного назначения, зашифрованный как отряд № 100 (начальник отряда — генерал-майор ветеринарной службы Вакамацу). Он также имел сеть своих филиалов.

После завершения в 1939 г. строительства первой очереди сооружений в отряде научно-исследовательской работой по подготовке и ведению бактериологической войны было занято более 2600 человек. Значительную часть их составляли научно-исследовательские работники и ученые, присланные с медицинских факультетов высших учебных заведений, из медицинских институтов и гражданских научно-исследовательских учреждений Японии. Их официальный статус — «вольнонаемные японской армии» и «ученые-специалисты».