В волнующей речи старый заслуженный профессор такими словами прощался с родной ему Медико-хирургической академией: «Из послужного моего Списка можно видеть, что я имел честь служить при сей Академии с 1793 года, следовательно, около 40 лет. Совесть позволяет мне здесь изъясниться, что все сие время я исполнял при оной мою должность со всевозможным усердием и прилежанием до второй половины 1830 года. В продолжении же последней и первой половины 1831 года преподавал вместо меня математику и физику нынешний адъюнкт доктор математики Молчанов по причине катаракты, которая была на обоих глазах моих, но извлечена из них столь удачно, что на них было легкое воспаление только около 2-х недель. После этой операции я стал видеть все яснее и яснее… о чем донес письменно почтеннейшей Конференции 1831 г. 27 Августа. Я окончил сие мое донесение следующими словами: по нынешнему состоянию моего зрения и самих телесных сил я имею вожделенную надежду скоро вступить в исполнение моей должности профессора при Медико-Хирургической Академии, которой я почитаю себя обязанным и желаю служить посильно моими знаниями с прежним усердием до самой крайней невозможности, — я благополучно окончил прошедший курс и нынешний продолжал с Сентября до первых чисел Марта. Не было никакой причины сомневаться об исполнении вышеобъявленного моего желания, но сверх всякого чаяния моего, удостоверился в том печальном для меня событии, что я уволен от службы в сей Академии». Покидая Академию, Петров больше всего заботился об участи основанного им физического кабинета. «Существенная польза учащихся и честь самой Академии требуют, чтобы сей кабинет и впредь был сохранен во всей его целости, о которой я всегда старался не менее, как о моей собственности».

Петрова заботила также участь организованного им преподавания математики и физики. «Ежели по болезни моего преемника, — писал Петров, — и его адъюнкта когда-либо должно остановиться преподавание математики и физики на несколько недель, то я охотно предложу мою готовность к продолжению оных без всякого за сей труд возмездия, а единственно только по моему к сей Академии уважению».

Трогательно звучат последние слова прощальной речи Петрова: «Напоследок обращаюсь к Вам, милостивые государи, бывшие мои почтенные сослуживцы. Я почитаю моею обязанностью сим засвидетельствовать Вам признательную мою благодарность за такое Ваше ко мне внимание, каковым я всегда пользовался с душевным удовольствием. Покорнейше прошу Вас, милостивые государи, и впредь сохранить Ваше ко мне благорасположение, которое будет мне усладительным воспоминанием о совершенном мною подвиге почти сорокалетнего служения при сем общеполезном учебном заведении».

Даже смерть не примирила с Петровым высшего начальства Медико-хирургической академии. Когда в 1834 г. после смерти Василия Владимировича, Конференция ходатайствовала о назначении незамужней дочери Петрова, находившейся в бедственном положении, пенсии, ссылаясь на «исключительно плодотворную и безупречную работу покойного Академика Петрова», президент Медико-хирургической академии в ходатайстве отказал, мотивируя отказ тем, что «во-первых, дочь Петрова совершеннолетняя и, во-вторых, что Академик В. В. Петров последнее время служил не в Медико-хирургической Академии, а при Академии наук», куда президент Медико-хирургической академии и рекомендовал дочери Петрова обратиться. Конечно, дочь Петрова пенсии так и не получила: несмотря на то, что непременный секретарь Академии наук доложил Конференции о действительно бедственном положении дочери академика Петрова и несмотря на ходатайство Конференции о назначении пенсии, президент Академии наук в ходатайстве отказал.

Так кончилась деятельность Петрова в Медико-хирургической академии. В Академии наук она продолжалась до его смерти, но и там Петров встречал на своем научном пути немало трудностей. По-видимому, немалое значение имело тут и то «немецкое засилье», которое царствовало в то время в России не в одной только Академии наук.

Впервые вопрос о привлечении Петрова к работам в Академии наук был поднят в 1802 г. в связи с представлением Конференции акад. Крафтом труда Петрова «Собрание физико-химических новых опытов и наблюдений», когда академики Севергин, Захаров, Озерецковский и Курьев вошли с представлением об избрании Петрова членом-корреспондентом Академии. Интересно заметить, что представление было сделано только русскими академиками. Академик Крафт, хотя и сам представлял Конференции книгу Петрова, представления об его избрании в члены-корреспонденты не подписал. Тем не менее Петров был избран и с этого времени начинается его связь с Академией наук. Однако, эта связь была долгое время чисто номинальной. Сильная немецкая группа академиков принимала все меры для недопущения Петрова к работам в Академии. Академик по кафедре физики Крафт даже не представил Конференции вышедшую в 1803 г. книгу Петрова «Известие о гальвани-вольтовских опытах», и это представление было сделано академиком-математиком Озерецковским. Акад. Крафт настолько игнорировал работы Петрова, что даже в 1805 г. в своей статье «О гальваниевых опытах», описывая известные ему опыты с большим вольтовым столбцом, ни слова не говорит ни о работах Петрова, ни о его книге. Обращая особое внимание на работу некоего механика Меджера [9], он говорит: «живущий здесь английский механик Иосиф Меджер первый сделал вольтов столбец такой величины, какого чаятельно доселе не бывало, и с тем намерением, чтобы действием оного открыть наипаче технические употребления гальванизма, коих в малом вольтовом столбце приметить невозможно». Далее Крафт, рассказав об устройстве столбца (горизонтальное расположение кружков, примененный для смачивания бумаги раствор нашатыря и т. п.), пишет: «Проходя молчанием известные действия гальванизма,… упомяну здесь только о том, что между двумя угольями, соединенными с обоими концами столбца, является продолжительный огонь толщиною в палец»… Кому принадлежит открытие этого явления, акад. Крафт не говорит, об работах Петрова не упоминает, хотя книга Петрова, о которой Крафт не мог не знать, вышла в 1803 г., а цитируемая статья была помещена в «Приложении к технологическому журналу Академии Наук» в 1805 г. Повидимому, целью статьи было именно стремление выставить главным исследователем «гальваниевых» явлений англичанина Меджера, которого Крафт титулует «коллежским асессором Меджером» и про которого пишет «от усердия и рвения г. Меджера, каковые прилагает он дабы посредством больших над гальванизмом опытов открыть употребление оного для ремесел, можно ожидать тем более хорошего успеха, что он при превосходных, особенно механических знаниях, сам практический механик».

На самом деле Меджер был не исследователь, а как можно заключить из представлений Петрова Конференции Медико-хирургической академии, искусный мастер, по некоторым данным служивший, в Академии наук, в Инструментальной академической палате, изготовлявшей по заказам физические приборы и, в частности, строившей их и для Петрова. Приведенная цитата из статьи акад. Крафта интересна тем, что в ней описывается явление вольтовой дуги как уже известное. Этим еще раз подтверждается приоритет Петрова в открытии этого явления. Несмотря на свои научные заслуги, Петрову благодаря противодействию академиков-немцев — Крафта, Фусса и др. долго не удавалось войти в число работников Академии наук. Напрасно он участвовал в конкурсе на открывшуюся вакансию адъюнкта по экспериментальной физике. Под разными предлогами ого отстраняли от конкурса в 1805 и 1806 г. и утвердили адъюнктом только в 1807 г., когда он согласился принять следующие два условия, поставленные акад. Крафтом: «производить метеорологические наблюдения таким образом, как Академия найдет полезными, и вместе с акад. Крафтом иметь смотрение за физическим кабинетом и содержать оный в надлежащем порядке».

После избрания адъюнктом Петров ревностно приступил к исполнению принятых на себя обязательств, встречая все же всяческие противодействия как в делах, связанных с научной работой в физическом кабинете, так и в устройстве личных дел.