22 июня 1940 г. майор Хаген назначен командиром эскадры StG1. Он сменил на этой должности оберст-лейтенанта Эберхарда Байера, который был командиром StG1 с момента ее формирования. 21 июля 1940 г, майор Хаген был награжден Рыцарским Крестом. В апреле — мае 1941 г. StG1 действовала на Балканах, а затем с самого первого дня воевала на Восточном фронте. 17 февраля 1942 г. оберст-лейтенант Хаген был награжден Рыцарским Крестом с Дубовыми Листьями. 10 января 1943 г. оберст Хаген передал командование над StG1 оберст-лейтенанту Густаву Пресслеру и получив звание контр-адмирала начал исполнять обязанности командующего авиацией Люфтваффе на море (Fliegerfuhrer Marine). С начала февраля по конец марта Вальтер Хаген возглавил делегацию морских авиаторов в Японии.

В апреле, по возвращении из Страны восходящего солнца, контр-адмирал восстановил структуру Flugzeugträgergeschwader 186 из четырех групп: (Stuka)/Tr.Gr.186; (Jagd)/Tr.Gr.186, (Schule)/Tr.Gr.186 и (Cheli)/Tr.Gr.186 — бомбардировочно-торпедоносной, истребительной, учебной и вертолетной. В эскадру правдами и неправдами возвращали лётчиков прошедших когда-то через летно-испытательный центр Люфтваффе в Травемюнде. 5 июня на аэродромный узел Хебугтен (Киркенес) начали перебрасывать истребительную и бомбардировочную группы 186-й эскадры под общим командованием майора Хельмута Малке.

К началу операции «Цитадель» немецкие воздушные силы на Севере оказались сокращены почти вдвое. Для противодействия «Торч» в Северную Африку перебазированы подразделения бомбардировочно-торпедных 26-й и 30-й эскадр вместе с двумя истребительными группами JG/5. Из всего состава ударной авиации на Севере сохранились только 9 Ju.88.D 1-й эскадрильи дальней разведки Aufkl.Gr.124; 28 бомбардировщиков из II./KG30 «Адлер» майора фон Бломберга и 23 пикирующих бомбардировщиков Ju.87B/R I./StG5 гауптмана Хорста Каубиша. Истребителей представляли 32 Bf.109 из II/JG5 «Айсмеер»; 16 Bf.110 13.(Z)/JG5 и 12 FW-190A 14.(Jabo)/JG5. Появление четырёх десятков Bf.109T и Ме.155 вместе с таким же количеством Ju.87D/Е-1 палубной авиации давало шансы завоевать превосходство в воздухе.

Утром 14 июня 1943 г. Люфтваффе нанесли удар по главной базе Северного флота Полярный. Сначала с горизонтального полета атаковали двухмоторные «Мессершмитты», потом бомбы с пикирования сбросили семь FW-190A из 14. (Jabo)/JG5. Первый удар наносился по позициям 110-го зенитного полка ПВО. Затем появились Ju.87 и Ju.88 под прикрытием «Мессеров». В результате близкими разрывами оказались повреждены прибывшие из Владивостока подводные лодки «С-51», «С-54», «С-55», «Л-15» и лидер эсминцев «Баку». Минный заградитель «Мурман» и лодка «С-56» были потоплены. Серьёзно пострадали причалы, мастерские, склады, но вице-адмиралу Головко было не до этого.

Ещё до начала налёта сторожевой корабль «Гроза», находившийся в дозоре северо-западнее мыса Сеть-Наволок, сообщил, что атакован эсминцами типа «Нарвик». Такого, чтобы немецкие корабли появлялись вблизи горла Кольского залива не было с 41-го года. Тогда, 9 августа эсминцы напали на сторожевой корабль «Туман», несший дозор на линии м. Цып-Наволок — о. Кильдин. «Туман» дал по радио оповещение о появлении противника и, поставив дымзавесу — довольно неудачно, так как она не закрыла корабль, — стал отходить к берегу, но был накрыт уже вторым залпом, потерял ход и управление. В 04:50, пораженный 11 снарядами сторожевик, затонул. Из 52 членов его экипажа на шлюпках спаслось 37 человек.

Потопление «Тумана» происходило в зоне действия советских береговых батарей 1-го и 2-го отдельных артдивизионов, молчавших все это время, только потому, что артиллеристы не имели связи с дозорными кораблями и не могли открыть огонь без приказа из штаба Мурманского укрепрайона. Лишь в 04:08 береговая артиллерия начала стрелять по отходящему неприятелю с дистанции 120–180 кабельтовых. Залпы ложились недолетами. Германские эсминцы ушли, увеличив скорость до 31 узла и сбросили на воду плотики с дымовыми шашками.

Урок был учтён и теперь сторожевые корабли имели устойчивую связь с береговой артиллерией. Батарея из двух двухорудийных 180-мм артиллерийских установок МБ-2-180 из состава 1-го отдельного артиллерийского дивизиона в этот раз открыла огонь без согласования с штабом МУР. Правда «Грозе» это помогло мало, немцы действовали напористо и нагло. Три церстрёрера, вывалившиеся из утренней дымки, засыпали снарядами маленький кораблик. Тот только и успел передать сигнал по радио, а после этого замолчал, видимо была сбита антенна. Горящий сторожевик был всего в трёх милях и служил прекрасным ориентиром, снаряды первого залпа батареи легли среди эсминцев. Второй залп накрыл «Пауль Якоби», который вместе с «Эрих Штайнбринк» и «Карл Гальстер» продолжали расстреливать «Грозу». От близких падений снарядов эсминцы заливало водой, поднимавшейся при взрывах. В 04 ч 32 мин 180-мм снаряд попал в носовую часть правого борта «Гальстера». К счастью для немцев, он не взорвался, и оставив аккуратную дырку, улетел за борт. Но это был плохой знак и церстрёреры, поставив дымовую завесу, резко отвернули мористее, исчезнув из виду. Спустя полчаса, превращённый в обгорелую руину СКР «Гроза», затонул. Выжившие члены экипажа добрались до берега на подручных средствах.

Одновременно с эскадренными миноносцами над мысом Сеть-Наволок появился «лаптежник» и начал накручивать круги, все время снижаясь. Его, чтобы не наглел, пугнули зенитки, жаль что не попали, а потом началось…

Вице-адмирал Фрике большое значение предавал советской военно-морской базе Полярный. Пока цела база, подводные лодки будут получать снабжение и атаковать корабли и суда десанта. Это сулило дополнительные хлопоты и могло привести к неоправданным потерям. Базу необходимо нейтрализовать комбинированным ударом — авиация и орудия тяжёлых кораблей. Разведка очень четко описала будущего противника. На подходах к Кольскому заливу (мыс Сеть-Наволок, остров Кильдин, берега Кольского залива к северу от Полярного) находились 2 башенные 180-мм батареи (8 орудий), 2 152-мм батареи (7 орудий), 130-мм батарея (4 орудия), 120-мм батарея (4 орудия), 100-мм батарея (4 орудия), 3 45-мм батареи (12 орудий) и 122-мм батарея войсковой артиллерии (4 орудия) — всего 43 орудия в 11 батареях. Для крейсеров и эсминцев эти силы могли представлять известную опасность, но не для линкоров.

Основу ударного соединения составили: «Тирпиц», под флагом адмирала Кюметца, «Шарнхорст» и их сопровождение — 6-я флотилия эсминцев под брейд-вымпелом капитана-цур-зее Коте. Противолодочную оборону обеспечивают геликоптер-трегеры «Нюренберг» и «Кёльн» вместе с 5-й флотилией миноносцев. Прикрытие с воздуха — II.(J)/Tr.Gr.186.

В 04 ч 45 мин по мысу Сеть-Наволок из 38-см пушек начал бить линкор «Тирпиц». Четвертым залпом корабль точно накрыл батарею. С самолета-корректировщика попросили открыть беглый огонь. «Тирпиц» послал в цель еще 8 снарядов, после чего корректировщик сообщил, что видит попадание в одну из башен. К обстрелу присоединился «Шарнхорст», казалось, что на месте батареи разверзся вулкан. Через семь минут с самолета доложили, что не находят необходимости продолжать обстрел. Линейные корабли сблизились с мысом на две мили и направились вдоль берега к губе Пушка — горлу Кольского залива. В этот момент батарея ожила, четыре залпа в упор и только одно попадание в «Шарнхорст». Судя по всему дальномерный пост поврежден, поэтому выдавал неправильную дистанцию. В ответ загрохотали все орудия линкоров, было выпущено 85 крупных и 252 — 15-см снаряда. На несколько десятков метров вокруг 1-й батареи отдельного артдивизиона земля была выжжена и изрыта, железобетонные казематы и бронированные башни покрывали выбоины и трещины. Как потом выяснилось, необратимо удалось вывести из строя лишь одно орудие — результат попадания с «Тирпица» в начале боя, остальные имели различные повреждения. После такого обстрела 180-мм орудия вели только спорадический, не точный огонь, на который немцы не обращали внимания. Зато к бою подключился 2-й артдивизион с острова Кильдин. Опять вокруг линкоров поднялись фонтаны воды, пришлось начать усиленно маневрировать, а эсминцы поставили дымзавесу, так что всем кораблям пока удавалось избегать повреждений. В 06.15 над островом появились девять Ju.87, после их атаки стрельба временно прекратилась. В 06.45 «Тирпиц» и «Шарнхорст» вышли в район маневрирования вблизи пролива Торос, сбавили скорость до 8 узлов и начали левый разворот, показавшись из полосы дымовой завесы. Этим воспользовались несколько 130-мм и 152-мм батарей, открыв огонь. Им ответила вспомогательная артиллерия линкоров и эскадренные миноносцы, а главный калибр взял под обстрел Полярный. В течении 10 минут по городу было выпущено 163 28-см и 109 38-см снарядов. «Юнкерс»-корректировщик доложил: — «Хороший огонь. Ваши снаряды накрывают их», а чуть позже: — «Внизу только куча обломков». Это была правда, после авианалета и артобстрела город был полностью разрушен и у Северного флота не стало базы.