Мягкий, с профессорскими манерами, Ильин пользовался в НКВД большим уважением. В течение пяти лет, до того как началась операция «Монастырь», он «вел» Демьянова и также участвовал в этой радиоигре с немцами на ее начальной стадии. Учитывая личные контакты Ильина с такими писателями, как Алексей Толстой, и прославленными музыкантами и композиторами, его часто принимал у себя Берия. Ильин был также в дружеских отношениях с Меркуловым..

И вот в 1943 году служба Ильина в органах закончилась из-за конфликта с Абакумовым. Еще во время Гражданской войны Ильин подружился с Теплинским, с которым они вместе служили в кавалерийской части. Позднее Ильин начал работать в ОГПУ, а Теплинский перешел в авиацию и сделал неплохую карьеру: в 1943 году он был генерал-майором и получил назначение на должность начальника инспекции штаба ВВС.

Неожиданно повышение Теплинского по службе затормозилось: выяснилось, что против его нового назначения возражают органы. Тогда он обратился к Ильину, пытаясь выяснить, в чем дело. Тому удалось быстро узнать причины: единственная причина, заставившая органы госбезопасности отказать Теплинскому в доверии, заключалась в его присутствии на вечеринке в военной академии в 1936 году, до ареста Тухачевского, где он якобы позволил себе с похвалой отозваться об офицерах и генералах, вскоре павших жертвами репрессий в армии. Ильин предостерег Теплинского, чтобы он был осторожнее в своих высказываниях, но все предостережения сделал по телефону.

Абакумов тут же узнал об их разговоре и, возмущенный, потребовал от Берии, чтобы он отстранил Ильина от работы. Берия вместо этого поручил Меркулову ограничиться простым внушением, притом в дружеском тоне. К тому времени отношения между Абакумовым и Берией сильно испортились. Абакумов принял решение воспользоваться этой историей для того, чтобы скомпрометировать Берию и Меркулова. Он доложил Сталину, что комиссар госбезопасности Ильин срывает проводимую «Смершем» оперативную проверку комсостава ВВС Красной Армии в связи с новыми назначениями. Все это приобрело особую важность, так как одна из причин, побудившая Сталина перевести «Смерш» под свой личный контроль, заключалась в том, что он хотел исключить любое вмешательство бериевского НКВД в вопросы служебных передвижений в армии. Сталин приказал Абакумову немедленно арестовать Теплинского.

На допросе, проводившемся с пристрастием (Абакумов выбил ему два передних зуба в первую же ночь), Теплинский признался, что Ильин советовал ему, как вести себя, чтобы не дать оснований для обвинения в симпатиях к врагам народа. Кроме того, он также признал, что делился с Ильиным своими симпатиями к врагам народа. Неделю спустя Абакумов доложил о признаниях арестованного лично Сталину и получил от него санкцию на арест Ильина.

Явившись к Меркулову на Лубянку, Абакумов потребовал, чтобы вызвали Ильина, напомню, речь шла о руководящем работнике наркомата, комиссаре госбезопасности. И вот этого человека разоружают и сажают во внутреннюю тюрьму на Лубянке. Хотя тюрьма и принадлежала НКВД, чекисты были лишены права допрашивать Ильина, поскольку он находился в ведении «Смерша». На следующий день Абакумов устроил очную ставку Теплинского с Ильиным. Теплинский, избитый накануне, повторил свои «признания», Ильин, возмутившись, влепил ему пощечину, назвав его бабой.

Не найдя свидетелей для подтверждения показаний Теплинского, Абакумов оказался в сложном положении: ведь необходимо было заручиться показаниями двух свидетелей. Поскольку никто из окружения Теплинского в военных верхах даже не знал о существовании Ильина и не мог дать показания против него, найти второго свидетеля для обвинения представлялось проблематичным, а без этого нельзя было передать дело для слушания в Военную коллегию. Ильина избивали, лишали сна, однако он не только отказывался признавать себя виновным, но даже не подписывал протоколы допросов. Для оформления дела их необходимо было предъявить Сталину, чтобы он решил дальнейшую судьбу подследственного, и Абакумов боялся предстать перед Сталиным без убедительного обвинительного заключения. Хотя Абакумов не мог доказать вину Ильина, тот по-прежнему оставался в тюрьме.

На допросы Ильина вызывали в течение четырех лет с 1943 по 1947 год. Его держали в одиночной камере и периодически избивали, чтобы получить признания. Через четыре года на него махнули рукой, но еще целых пять лет он оставался в тюрьме.

Понимая, что является жертвой борьбы за власть, Ильин дал себе слово ни в чем не признаваться и лучше умереть, чем запятнать свою честь. Ему удалось даже сохранить чувство юмора. Однажды он спросил у своего следователя, производившего допрос:

— А что означает орденская ленточка у вас на груди?

Офицер ответил, что это орден Ленина. Ильин заметил:

— Вот какая мне оказана честь — дело поручено человеку, награжденному орденом Ленина. Значит, мое дело очень важное!

В июле 1951 года Ильин был переведен в Матросскую Тишину и помещен в специальный блок тюрьмы ЦК партии. Находившимися там подследственными занимался Комитет партийного контроля, который расследовал дела членов ЦК и офицеров госбезопасности.

Новый следователь, появившийся на очередном допросе в форме военного прокурора юстиции, был заместитель военного прокурора Советского Союза Китаев. К безмерному удивлению Ильина, Китаев потребовал от него показаний о вредительской деятельности Абакумова. В ответ Ильин попросил представить доказательства, что это не провокация. Охранник вывел его в коридор и подтолкнул к глазку камеры, где сидел заклятый враг Ильина Абакумов…

Через полгода начальник комендатуры Министерства госбезопасности (МГБ) генерал Блохин объявил ему: за служебные допущения Особое совещание приговаривает Ильина к девяти годам тюремного заключения. Срок заключения истек — Ильин отсидел девять лет.

Он получил справку об освобождении, временный паспорт и свою старую форму комиссара госбезопасности, теперь генерал-майора, без погон, которая за эти годы порядком обветшала.

Выпущенный на волю поздним вечером, без денег, Ильин решил найти убежище в приемной МГБ на Кузнецком Мосту. Он знал, что война кончилась, но не знал, как она изменила жизнь людей: ему было неизвестно, что в стране произошла денежная реформа и в обращении совсем другие деньги. Он также не знал, где его семья и что с ней. Утром выяснилось, что жена развелась с ним, так как не имела сведений о нем и считала, что он погиб. Она снова вышла замуж, и их дочь жила с ней.

В приемной МГБ он встретил дежурного офицера, который узнал его и разговаривал с явной симпатией. Офицер из приемной МГБ одолжил Ильину пятьсот рублей (тогда это была довольно большая сумма) и посоветовал немедленно уехать из Москвы.

Ильин поехал в Рязань, где жил его двоюродный брат. Там он устроился на работу грузчиком на железнодорожной станции. О своем прибытии в город он сообщил в местное отделение госбезопасности на железной Дороге, и через два месяца они помогли ему получить должность бригадира грузчиков. Так в возрасте сорока восьми лет он начал новую жизнь.

После смерти Сталина он подал на реабилитацию. Первое прошение было отклонено, но ему разрешили вернуться в Москву. Ильин устроился в транспортный отдел Моссовета. Реабилитировали его в 1954 году, после расстрела Берии и моего ареста. В течение года ему отказывали в полной пенсии, положенной сотрудникам госбезопасности. Этому противился Серов (министр МГБ), заявляя, что Ильин скомпрометировал себя связью с Теплинским, все еще отбывавшим срок как враг народа.

«Через три дня после моего освобождения из тюрьмы в 1968 году, — пишет П.А. Судоплатов, — Ильин навестил меня. Я узнал, что судьба вновь улыбнулась ему. В 1956 году его бывший куратор в ЦК стал заместителем заведующего отделом культуры ЦК партии. Ему нужен был честный и опытный администратор на пост оргсекретаря Московского отделения Союза писателей. Предшествующий опыт работы Ильина, в прошлом комиссара госбезопасности по вопросам культуры, делал его кандидатуру на этот пост вполне подходящей. К тому же его поддержали такие писатели, как Федин и Симонов. Партийному руководству нужен был в Союзе писателей человек, который бы знал всех, включая и осведомителей. Ильин идеально соответствовал своей новой должности и работал в Союзе писателей до 1977 года» [21].