Следует отметить, что в период подготовки к выводу советских войск афганским частям было передано 179 танков Т-62. С привлечением танков этого типа, уже состоявших на вооружении афганской армии, началось формирование двух танковых бригад для гвардии МГБ Республики Афганистан численностью по 105 танков в каждой. Одна бригада формировалась в Термезе, другая в Кушке. Для первой экипажи проходили подготовку в развернутом там же советском 720-м учебном центре, для второй — во 2-м афганском армейском корпусе в Кандагаре. К концу ноября 1988 года афганские танковые бригады, полностью укомплектованные экипажами, своим ходом совершили марши. Бригада из 2-го армейского корпуса благополучно совершила четырехсуточный марш и добралась до Кандагара. Совсем иначе разворачивались события с бригадой, формировавшейся в Термезе. После пересечения госграницы афганские танкисты начали потихоньку дезертировать с привалов вблизи населенных пунктов, откуда они были мобилизованы в армию.
К моменту вывода советских войск из Афганистана уже полным ходом шли венские переговоры по заключению Договора об обычных вооруженных силах в Европе (ДОВСЕ). Согласно данным, которые Советский Союз представил к его подписанию, на ноябрь 1990 года СССР имел на этом континенте 2021 танк Т-62 различных модификаций. По данным комиссии за соблюдением положений договора, можно проследить динамику сокращения численности танков Т-62 сначала на Европейской части СССР, а затем и России в 1990 годы. Так, в 1990 и 1991 годах их число оставалось неизменным (2021 единица), в 1992 году их число сократилось до 948 единиц (часть танков оказалась за границей — на Украине, в Белоруссии и Молдавии). В 1993 году их количество по-прежнему оставалось неизменным, но уже в 1994-м оно стало быстро сокращаться и составило 688 единиц. В 1995-м число танков в Европейской части даже несколько увеличилось — до 761, по-видимому, из-за переброски некоторых частей из Сибирского военного округа на Северный Кавказ. Однако уже к 1997 году оно составило всего 97 боевых машин. Значительно больше танков этого типа имелось в 1990-е годы в составе соединений внутренних войск, которые не подпадали под сокращения и в тексте договора не учитывались.
В составе частей внутренних войск танки Т-62 участвовали в первой и во второй чеченских кампаниях. Однако бои с их участием на Северном Кавказе начались несколько раньше.
Еще летом 1994 года формирования, оппозиционные режиму Дудаева, получили от российской стороны 10 танков Т-62 и 10 БТР-60ПБ. Чеченцы не были довольны таким подарком. По их мнению, эту технику давно нужно было сдавать в металлолом. Тем не менее осенью 1994 года они активно использовались в боях с дудаевцами.
В августе 2000 года басаевские бандиты напали на Дагестан. Значительную роль в защите этой республики сыграли танки Т-62 93-го механизированного полка 100-й дивизии внутренних войск. В этой части было около 60 боевых машин. Они были очень уязвимы для огня РПГ и поэтому экипажи старались защитить технику, навешивая на башни траки и ящики с песком, на корпуса — ящики и бревна.
Во вторую чеченскую кампанию в мятежную республику было снова направлено значительное количество бронетехники. Сколько из 370 находившихся в Чечне танков были Т-62 и Т-62М, сказать трудно. Наиболее известной воинской частью, на вооружении которой состояли танки Т-62М, был 160-й гвардейский танковый полк Сибирского военного округа под командованием полковника А. Буданова. Следуя за мотострелковыми подразделениями, танкисты уничтожали огневые точки боевиков. Когда перевалили за Терский хребет, начались бои посерьезнее — под Керлаюртом в танки полетели первые ПТУРы. Дальше в Ачхой-Мартане боевики снова огрызнулись управляемыми ракетами — в результате одна БМП-1 сгорела, был подбит и один Т-62М. В Старом Ачхое боевики, выгнав мирных жителей, превратили дома в доты. Пришлось ровнять село. Но не успели танки на 3 км подойти к Старому Ачхою, как по ним открыл огонь ПТРК, причем с предельной дальности — где-то с 3900 м. В оптику разглядели: стоит на дороге «Нива», а в полсотне метрах — тренога, на которую боевики устанавливают очередной ПТУР. Заместитель командира полка подполковник А. Биленко накрыл «Ниву» со второго выстрела.
Потом был штурм Урус-Мартана, небольшая передышка — и снова бой. Три недели с поистине сибирским упорством «шестьдесятдвойки» и «шилки» полковника Буданова давили бандитов Гелаева в Комсомольском. Здесь боевикам удалось подбить из РПГ три танка. Но все машины остались на ходу. В Комсомольском воевали и Т-62 93-го механизированного полка внутренних войск. Ранее боевые машины этой танковой части сражались в Старопромысловском районе чеченской столицы.
После окончания активной фазы антитеррористической операции на Северном Кавказе танки Т-62 и Т-62М состояли на вооружении 42-й гвардейской мотострелковой дивизии, находившейся в Чеченской республике на постоянной основе.
В составе полковой тактической группы этой дивизии в августе 2008 года они принимали участие в боевых действиях в Южной Осетии. Восточнее Цхинвала подразделения 42-й гвардейской мотострелковой дивизии успешно уничтожали бронетехнику и живую силу пытавшегося атаковать противника: «Танковый взвод под командованием гвардии младшего лейтенанта Виталия Неффа был придан мотострелковому батальону, которым командовал гвардии подполковник В. Завадский. Взводу следовало занять позиции в районе железобетонного моста через реку Большая Лиахви на восточной окраине Цхинвала и огнем из танков обеспечить проход мотострелковых подразделений через мост, развертывание в боевой порядок и вступление в бой. Младший лейтенант Нефф тактически грамотно определил места огневых позиций для танков. Командирский танк занял позицию на пересечении улиц Московской и Чочиева. Внезапно на перекресток улиц Московской и Карла Маркса в 100 метрах от позиции, которую занимал танк младшего лейтенанта Неффа, выехал вражеский танк Т-72. Его сопровождали более 20 пехотинцев, вооруженных гранатометами и стрелковым оружием. Младший лейтенант Нефф, мгновенно оценив сложившуюся обстановку, дал целеуказание наводчику танка рядовому Туаеву. Прямой наводкой врезали наши танкисты в борт вражеской машины и уничтожили ее с первого попадания. Выстрелом из танка старшего сержанта Шахбанова осколочно-фугасным снарядом было уничтожено более 10 военнослужащих противника».
