Так как даже Данциг теперь не мог заплатить всем наемникам, Прусской Лиге пришлось распустить многих из них. Однако это не означало, что солдаты удачи покинули Пруссию. Они просто продолжали грабить крестьян, иногда от имени какой-либо из враждующих сторон, иногда сами по себе. К ним присоединялись банды обнищавших крестьян. Поначалу собиравшиеся, чтобы защитить свои деревни и поля, теперь они переходили из провинции в провинцию в поисках еды и крова не как нищие попрошайки, но вооруженными отрядами, беря все, что им требовалось, угрозами или силой. Это была война всех против всех, в которой надолго были забыты сострадание, преданность и нравственность.
Город Мариенбург временно вернулся во владение ордена из-за предательства командира богемских наемников, но затем орден снова потерял его, когда изголодавшиеся защитники сдали город после годовой осады. У Великого магистра не было денег, чтобы набрать войско и помочь осажденным, не было кораблей, на которых он привез бы зерно из Ливонии. Месть победителей была необычайно суровой: все офицеры орденских наемников были казнены.
Несмотря на эти неудачи, как император, так и папа поощряли орден продолжать войну. Пий II даже использовал против Лиги и короля Польши церковное оружие, наложив на них интердикт, но безрезультатно. Польский король игнорировал требования папы так самодовольно, как никогда не осмеливался кто-либо из Великих магистров. Теперь и непослушная немецкая знать, и горожане также могли пренебрегать эдиктами папы. В войну уже были втянуты все скандинавские страны и ганзейские города, Польша и гуситская Богемия. Свои интересы в войне имел и император. В Пруссии война оставалась по существу гражданским конфликтом, польские войска часто были наименьшим из факторов в военных действиях. Казимир был по-прежнему не способен поднять налоги или собрать общее ополчение без согласия сейма, а знать не желала успехов короля в Пруссии. Олешницкий вернулся с Базельского собора в 1451 году, лишь чтобы отвергнуть политику короля. Его смерть в 1455 году не остановила оппозицию духовенства по отношению к королю. Казимир был настроен взять под свой контроль назначение церковных официальных лиц, а церковь считала, что это скорее ей приличествует назначать короля.
Вклад Литвы в эту войну состоял в том, что она связывала действия войск Ливонского ордена. В 1454 году литовский сейм, проведя переговоры с тевтонскими рыцарями о союзе, вынудил Казимира выполнить данную когда-то клятву защищать права Литвы, а затем – вернуть Волынь Великому княжеству, после чего оставил его воевать своими силами. Казимир мог получить деньги на наемников, лишь делая уступки сейму: это стало главным шагом к установлению прав Нижней палаты равными Сенату (королевскому совету).
В конце 1461 года Великий магистр набрал войско наемников в Германии, которое, несмотря на свою малочисленность, казалось способным разгромить своих измотанных противников. Таким образом, единственная решающая битва в сентябре 1462 года была столкновением двух малочисленных отрядов. Армия Великого магистра выступила из Кульма, где с большим трудом была основана база для войска. Войска Лиги вышли из Данцига – столицы коалиции мятежников и единственного города, еще способного оплачивать услуги наемников. В действительности обе армии представляли собой пестрое сборище из городских ополчений, обездоленных крестьян, неуправляемых наемников и горсти рыцарей. Отряды Лиги оказались чуть менее слабыми. Используя непростую тактику сражения, когда сражающиеся укрыты за оборонительной линией, построенной из повозок, они сокрушили силы ордена, заняли ряд замков и городов и загнали войска Эрлихсхаузена в их последние убежища. Осенью 1463 года флот Лиги уничтожил корабли ордена.
Уже наступило время для мирных переговоров, но еще не наступило время для мирных соглашений. Обе стороны еще окончательно не ослабели в конфликте. Почти все, кто играл какую-то заметную роль в политике, предложили свои услуги в улаживании конфликта. Папа Павел II и Ганзейская Лига предпринимали самые решительные попытки, пока наконец в 1466 году папский легат не добился подписания мирного соглашения. Только повторяющиеся неудачи и невозможность нанять войска убедили Эрлихсхаузена принять его жесткие условия.
Мирный договор вернул Западную Пруссию и Кульм польскому королю, а Эрмлянд стал независимым. Мариенбург, Эльбинг и Кристбург также отошли к Польше. Эти земли с тех пор стали известны как Королевская Пруссия. Кроме того, орден обещал разорвать свои отношения со Священной Римской империей, стать вассалом польской короны и принимать в свои ряды польских подданных, чтобы они составили половину численности ордена. Незаконченность победы разочаровала тех, кто надеялся полностью уничтожить государство Великого магистра. Но это было реалистичное соглашение, отражавшее ситуацию, которую, несмотря на все усилия, не могла изменить значительно ни одна из сторон. Поляки могли радоваться тому, что наконец завладели столь долго оспариваемыми территориями, и надеяться, что разделение Пруссии сделает их врагов слишком слабыми, чтобы доставлять им новые хлопоты. Однако Прусская Лига не рассматривала юридическую ситуацию таким образом: пруссы, даже те, кто стали теперь польскими подданными, продолжали думать о своих землях как о единой стране.
Все эти противоречия прятались за формальными церемониями. Эрлихсхаузен отправился к Казимиру и поклялся хранить мир. Конечно же, он не собирался выполнять все условия соглашения: он не принес феодальную присягу, как требовалось, заявляя, что его связывают предыдущие обязательства перед папой и императором, ни один из которых не потерпел бы в этом случае ущемления своих прав. Святой Престол тут же поддержал Великого магистра, объявив договор недействительным, нарушающим указы папы и вредным для интересов Церкви. Связь военного ордена с Престолом вновь перевесила мирские связи, поставив польского короля перед проблемой, которая казалась неразрешимой: как избавиться от неудобного соседа, даже одержав над ним почти полную военную победу. Не было у него и рыцарей, которые хотели бы вступить в орден. Так что это положение договора был мертворожденным с самого начала.
Несмотря на то что условия договора были официально отвергнуты, ничто не мешало им быть реализованными позднее. Феодальная присяга была, в конце концов, принесена в 1478 году, хотя и была строго личной, налагая обязанности лишь на самого Великого магистра, а не орден или его земли. Теперь тем более не было причин для продолжения войны. Самое важное было то, что де-факто были сделаны территориальные уступки Польше и независимость Прусской Лиги была достигнута. Другие причины были относительно несущественны. Казимир добился того, чтобы Великий магистр склонился перед ним, и это уже не забылось – прецедент был установлен.
Великий магистр перенес свою резиденцию в Кенигсберг, заняв ставку маршала ордена. Это было осуществлено без труда, так как тот находился в польском плену. Но для того, чтобы замок мог служить местом пребывания Великого магистра и его двора, ему требовались дорогостоящие переделки. Кенигсберг, конечно, не мог сравниться с Мариенбургом, но он также был достаточно внушительной крепостью. Возможно, смену резиденции стоит рассматривать как символ утраты статуса и власти Великого магистра. Его кастеляны и протекторы завладели самыми важными землями и доходами, оставив ему доход, недостаточный для исполнения обязанностей, диктуемых его статусом. Реальная власть перешла в руки маршала Генриха Ройса фон Плауэна, который был избран Великим магистром в 1469 году. Плауэн смог продолжать реорганизацию ордена всего в течение года. После его смерти этот пост принял осторожный, но более склонный вести традиционную политику Генрих Реффле фон Рихтенберг, чьей надеждой было вернуть процветание орденским землям и положить конец запутанным внутренним конфликтам. Однако он не смог решить эти задачи с теми слабыми ресурсами, которые находились в его распоряжении: теперь и позднее эгоистичные интересы кастелянов и протекторов блокировали любые попытки реформ.
