В момент смерти Юрия Дмитрий Шемяка с братом Дмитрием Красным находились в походе. По приказу отца они должны были пленить Василия II в Нижнем Новгороде, не допустив его бегства в Орду. Узнав о вокняжении Василия Косого, они немедленно обратились к Василию II с предложением о союзе. Василий Косой мог вступить в войну с внезапно образовавшейся княжеской коалицией, если бы обладал поддержкой московских бояр и населения. Но этой поддержкой он как раз и не располагал. Судьба великокняжеского стола находилась в руках Дмитрия Шемяки и его младшего брата Дмитрия Красного. В их распоряжении была военная сила. Шемяка признал «братом старейшим» законного главу княжеского рода Василия II и посадил его на московский трон. Как и прежде, Василий II вернул трон не потому, что действовал успешно, а потому, что среди его соперников не было единодушия. Смерть Юрия повлекла перераспределение земель в государстве. Перейдя на сторону Василия II, Шемяка с братом добились наибольших выгод. Помимо отцовской Рузы Шемяка получил Углич и Ржеву. Дмитрий Красный в дополнение к Галичу стал владельцем процветающих земель " Бежецкого Верха.
Вместе с Василием Косым Москву покинули немногие лица, среди них какие-то столичные гости. Как видно, они ссудили князю большие деньги и боялись упустить должника. Отвоевав Углич, Косой дважды возобновлял наступление на Москву. В последнем сражении он был разгромлен и взят в плен. Многократно битый, познавший измену ближних бояр, Василий II не стал на путь казней и кровопролития, но нашел не менее страшное средство наказать изменников. Перед походом на Галич в 1433 г. он приказал арестовать бывшего фаворита и правителя государства И. Д. Всеволожского с детьми, «да и очи ему вымали». Три года спустя он велел ослепить князя Василия Юрьевича, за что несчастный князь получил прозвище Косой. Василий II думал запугать своих недругов, но результат получился совсем иной.
Смерть митрополита Фотия и церковное безначалие благоприятствовали княжеским усобицам.
Международный авторитет Руси упал. С ней перестали считаться. После кончины Фотия московский князь и епископы нарекли «в святейшую митрополию русскую» рязанского епископа Иону. Однако в Константинополе не посчитались с решением Москвы и отдали предпочтение кандидату, выдвинутому литовским великим князем Свидригайло, братом Ягайло. В династической борьбе, разгоревшейся после смерти Витовта, католик Свидригайло выступил как вождь западно-русских православных князей и шляхты, что и обеспечило ему симпатии Константинополя. Смоленский епископ Герасим был поставлен патриархом на общерусскую митрополию и был признан епископами. К нему ездил ставиться на архиепископство новгородский владыка Ефимий. Герасим оказался втянутым в княжеские усобицы, терзавшие Литовско-Русское государство, что помешало его поездке в Москву. Правление Герасима было недолгим. Он был сожжен по приказу Свидригайло за некую «измену».
Узнав о гибели киевского митрополита, Василий II направил в Византию владыку Иону. Но патриарх не стал ждать прибытия московского претендента.
Угроза турецкого завоевания побудила константинопольские власти ускорить заключение церковной унии с Римом. Чтобы обеспечить присоединение к унии богатой и многолюдной русской епархии, патриарх назначил ее главой грека Исидора, игумена одного из константинопольских монастырей. Исидор деятельно участвовал в предварительных переговорах с Римом. Он слыл человеком образованным и к тому же обладал дипломатическими способностями. Весной 1437 г. Исидор прибыл в Москву, а уже через полгода поспешил на объединительный собор в Италию. Собор открылся в Ферраре, а закончился во Флоренции. На нем встретились авторитетные иерархи и богословы Востока и Запада. Прения о вере и главенстве папы над патриархами были жаркими, и им не видно было конца. Однако император Иоанн Палеолог не мог ждать, и греческим иерархам пришлось принять условия, поставленные папой. Исидор взял на себя почин в выработке текста соглашения об унии. Акт о соединении христианской церкви под главенством Рима был подписан в июле 1439 г.
Рассчитывая на поддержку католических властей Польши, Исидор по пути в Москву задержался на год в Литве. Однако его нетерпеливая попытка соединить церкви в пределах Литвы не удалась.
В марте 1441 г. Исидор вернулся в Москву. Во время литургии в Успенском соборе имя патриарха было заменено именем папы. Вслед за тем была зачитана грамота о соединении церквей. Три дня московские власти старались склонить Исидора к отказу от унии, а на четвертый день его взяли под стражу и заточили в Чудов монастырь. Полгода спустя Исидор бежал в Тверь, а оттуда в Рим.
Русские власти заготовили грамоту к патриарху с уведомлением о намерении собрать в Москве собор епископов для избрания нового митрополита. Два года спустя эту грамоту обновили и переадресовали императору. Но в конце концов грамота так и не была отослана в Византию.
В свое время Дмитрий Донской пытался превратить русскую митрополию в послушное орудие своей политики. Византия не допустила этого. В свою очередь Москва отвергла попытки греков подчинить московскую митрополию политическим интересам империи. Односторонние уступки в пользу «латинства» были сочтены московским духовенством и светскими властями недопустимыми. Столкновение противоположных тенденций подорвало церковное влияние Византии на Русь еще до того, как Византийская империя пала.
Московская церковь лишилась митрополита в момент, когда Русь стояла на пороге новой междоусобицы. На этот раз смута возникла из-за военных неудач.
В 1437 г. хан Улу-Мухаммед был изгнан из Орды сыновьями Тохтамыша и нашел прибежище в литовских пределах. Татары наспех устроили городок на Белеве, чтобы зазимовать в нем. Будучи данником Улу-Мухаммеда, Василий II опасался, что Орда надолго закрепится в непосредственной близости от русских границ. Посланные им Дмитрий Шемяка и московские воеводы обратили татар в бегство. Оказавшись в трудном положении, хан готов был перейти на службу к московскому князю. Недооценив силы татар, воеводы отвергли предложение хана прислать заложников. Убедившись в неизбежности битвы, татары под покровом утренней мглы сами атаковали московские полки и победили.
