Получив удел, Василий II заехал в Кирилло-Белозерский монастырь. Тамошний игумен без промедления освободил его от присяги Шемяке. Из Кириллова Василий II уехал в Тверь, где заручился союзом с тверским князем. Союз был скреплен помолвкой шестилетнего сына Ивана с тверской княжной Марьей. Дмитрий Шемяка собрал войска и укрепился в Волоколамске, простояв там более месяца. За это время полки его растаяли. Московские бояре и служилые люди почти все отъехали на службу к старому государю. В конце декабря 1446 г. отряды Василия II обошли Волоколамск и при поддержке тверичей заняли Москву.
Русские власти давно пытались упорядочить церковные дела. Князь Дмитрий Шемяка первым отверг традицию, согласно которой русского митрополита избирали не в Москве, а в Константинополе. В 1446 г. епископ Иона привез из Мурома детей свергнутого Василия II, после чего Шемяка «повеле ему идти к Москве и сести на дворе митрополиче». Однако завершил дело лишь Василий II в конце 1448 г. Собор епископов избрал Иону на митрополичий стол, после чего в Успенском соборе «возлагается на плещо его честный амфор и посох великой митрополич дается в руце его». Законность поставления митрополита была сомнительной, и даже в Москве нашлись люди, открыто заявившие об этом. Игумен Пафнутий Боровский запретил братии своего монастыря звать Иону митрополитом. Один из самых преданных Василию II московских бояр В. И. Кутуз, по преданию, не желал принимать благословение от Ионы. Однако его протест не имел последствий. По настоянию Василия II новый митрополит лично участвовал в последних походах московских войск против мятежников.
В 1450 г. Шемяка бежал в Новгород. Кровавая война продолжалась еще несколько лет. Князь пытался укрепиться в отдаленных северных городах Руси, но потерпел неудачу и вернулся в Новгород. Там его настигла «напрасная смерть».
Невзирая на крайнее ожесточение и вражду, потомки Дмитрия Донского ни разу не обагрили руки кровью братии. Они твердо помнили притчу о Каине и историю князя Святополка Окаянного, убившего братьев. Святополку судьба уготовила вечные муки в аду, его жертвы князья Борис и Глеб стали святыми мучениками русской церкви. Василий II первым из наследников Дмитрия нарушил заповедь. По его приказу дьяк, прибывший в Новгород с посольством, нанял убийц и отравил Дмитрия Шемяку. Произошло это в 1453 г.
Смута продолжалась на Руси четверть века и принесла неисчислимые бедствия народу. Традиционная оценка сводится к тому, что феодальная война закончилась победой «прогрессивных» сил, отстаивавших политическую централизацию, и поражением сил децентрализационных. Олицетворением первых был Василий II, вторых " его удельные противники. В новейших исследованиях старая схема подверглась пересмотру. В удельных князьях А. А. Зимин увидел «людей будущего», «романтиков», свободолюбивых противников московского деспотизма и татарского ига. В их лице Север, развивавшийся по «предбуржуазному пути», вступил в конфликт с Центром, которому уготован был путь крепостничества. В приведенных концепциях бросается в глаза несоответствие между теоретическими построениями и наличным фактическим материалом. По всей видимости, феодальная война второй четверти XV в. была обычной княжеской междоусобицей, ничем не отличавшейся от междоусобиц в любой другой земле.
В XV в. рядом с боярской знатью появилась многочисленная прослойка детей боярских, служивших в великокняжеском и удельных дворах. Вместе с тем начала складываться новая иерархическая структура правящего московского боярства. Происшедшие перемены наложили печать на состав и функции соответствующих учреждений " думы и двора в пределах великих и удельных княжеств. Удельные князья не раз занимали московский великокняжеский трон. Но их победа неизменно оборачивалась поражением, едва удельная дума и двор пытались оспорить первенство «великого» московского боярства и тем самым поколебать традиционную боярскую иерархию. Наметились признаки крушения старого порядка наследования трона, при котором государство считалось «отчиной» всей княжеской семьи, и монарх передавал трон не наследнику сыну, а братьям, и лишь после них право на корону предъявляли сыновья монарха.
Архаический порядок престолонаследия служил источником постоянных межкняжеских распрей и неурядиц, подобных войне второй четверти XV в.
Московская смута, полагал А. Е. Пресняков, подорвала и разрушила удельно-вотчинный строй, привела к крушению обычного уклада отношений и воззрений. Смута действительно уничтожила почти все удельные княжества в Московском великом княжестве. Удельные государи потерпели поражение. Но порядки раздробленности вовсе не были искоренены. Духовное завещание Василия 11 Темного возродило к жизни систему уделов. Следуя примеру деда, князь передал младшим сыновьям 12 городов. Дмитров, Углич, Руза, Вологда вновь превратились в столицы восставших из пепла удельных княжеств. Почва для новых раздоров была готова.
