Новгородцы сожгли свои посады и стали готовиться к длительной осаде. Но архиепископ Феофил настоял на мирных переговорах с Москвой. Перспектива длительной осады города и угроза войны с Литвой побудили Ивана III не медлить с заключением мира. На Новгород была наложена контрибуция в 16 тысяч рублей. В тексте договора новгородцы еще именовались «Великим Новгородом, мужами вольными», но «отчина» великого князя Новгород обязался на отставать от Москвы и «не отдаться» за короля. Бояре привели новгородцев к присяге на верность Ивану III. Московские власти не решились упразднить в Новгороде вечевой строй. Последующие события обнаружили несовместимость республиканских и монархических порядков.
Осенью 1475 г; Иван III явился в Новгород «миром», но его сопровождала внушительная военная сила. По традиции новгородских должностных лиц могли судить лишь Совет господ и вече Новгорода. Великий князь пренебрег традицией. Поводов для вмешательства во внутренние дела Новгорода было более чем достаточно.
В обычных условиях вечевой строй «республики» обеспечивал участие населения в управлении государством при сохранении правопорядка. В обстановке острого кризиса вече, унаследовавшее от древнего народоправства архаические черты, неизменно обнаруживало теневую сторону. Когда жители разных «концов» города не могли прийти к согласованному решению, они пускали в ход силу. Одержавшие верх на вече подвергали прямому грабежу своих противников. Население Новгорода не могло простить сторонникам Москвы Шелонского побоища. Бояре Неревского «конца», ориентировавшиеся на союз с королем, использовали народные настроения для расправы с жителями Славенского «конца», тяготевшего к Москве. Они напали на Славкову улицу и подвергли ее жителей грабежу. В жалобе на имя Ивана III пострадавшие перечислили имена 25 лиц, повинных в грабеже. По прибытии в Новгород государь велел арестовать четырех бояр. Наказания избежали некоторые из главных инициаторов разбоя, зато под стражу угодил известный противник Москвы, имя которого не фигурировало ни в каких жалобах.
Добиваясь полного подчинения Новгорода, Иван III задался целью упразднить особый новгородский суд, заменив его великокняжеским. Вопрос о ликвидации вечевого строя был отложен на будущее.
Появление второй власти в Новгороде имело важные последствия. Жители, потерпевшие неудачу в суде «республики», немедленно обращались со своими исками к Ивану III. К весне 1477 г. в Москве собралась целая толпа новгородских жалобщиков, принадлежавших к различным слоям общества. Среди других во дворец явились двое мелких чиновником " подвойский Назар и дьяк новгородского веча Захарий. Кто снарядил их в Москву, невозможно установить. Домогаясь милости, эти лица употребили в своем обращении к Ивану III титул «государь». Официальные послы Новгорода неизменно именовали великого князя «господином». «Господин Великий Новгород» вел переговоры с «господином Великим князем». Такое обращение символизировало равенство сторон. Московские власти поспешили использовать обмолвку, чтобы предъявить «республике» новые требования. Бояре Ф. Д. ХромойЧеляднин и И. Б. Тучко-Морозов прибыли в Новгород и потребовали признания за Иваном III титула государя и упразднения новгородского суда.
Новгородское вече выслушало послов и категорически отвергло их домогательства. Лица, давшие Москве повод для враждебных действий, были объявлены вне закона. Распри между сторонниками и противниками Москвы фактически привели к падению боярского правительства. Боярин В. Никифоров, который втайне от Новгорода поступил на службу к Ивану III и принес ему присягу, был убит на вече. В страхе перед разбушевавшейся толпой прочие бояре разбежались.
9 октября 1477 г. Иван III с войском выступил в поход на Новгород. В пути к нему присоединилась тверская рать. В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Новгородцы деятельно готовились к обороне. Городские укрепления включали Детинец (Кремль) и «город» с мощным поясом укреплений. Чтобы не допустить штурма со стороны реки, воевода В. Гребенка-Шуйский и жители спешно соорудили деревянную стену на судах, перегородив Волхов. Новгородцы рассчитывали на то, что многочисленная неприятельская армия, собранная в одном месте, не сможет обеспечить себя продовольствием и рано или поздно отступит, спасаясь от голода и сильных морозов. Расчеты новгородцев оправдались лишь отчасти. Ивану III пришлось распустить половину войска, чтобы воины могли добыть продовольствие грабежом. Исключительную услугу Москве оказал Псков, доставивший в лагерь великого князя обозы со съестными припасами.
Новгород имел возможность выдержать осаду. Но его мощь подтачивали распри. Боярское правительство разделилось. Сторонники Москвы, помня о недавних казнях на вече, спешили покинуть город, чтобы предупредить государя, что «новгородцы не хотят здати Новгород».
Самые решительные защитники новгородских вольностей были давно казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре и вече не сумели организовать оборону города. "Людям, " записал псковский летописец, « мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, а иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотять за князя великого». Большое значение имела позиция архиепископа, настаивавшего на мирных переговорах с Москвой. 23 ноября 1477 г. новгородское посольство во главе с Феофилом явилось в походный шатер Ивана III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись, что им удастся заключить мир на тех же условиях, что и прежде. Государь дал пир в честь послов, но отклонил все их просьбы. Надежды на почетный мир разлетелись в прах. Тем временем воинские заставы Ивана III заняли предместья Новгорода. Отбросив дипломатические ухищрения, Иван III объявил: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как есмы на Москве, так хотим быть на отчине своей Великом Новгороде». Вслед за тем московские бояре продиктовали послам волю государя: «Вечю колоколу в отчине нашей в Новегороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Когда послы сообщили об этом на вече, в городе поднялось смятение и «многие брани». «Всташа чернь на бояр и бояри на чернь». Народ утратил доверие к боярам и окончательно отказался повиноваться им: «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».
