Борьба за власть столкнула Годуновых как с боярской знатью, так и с их бывшими соратниками по опричной службе. Сразу после смерти Ивана IV царь Федор по совету опекунов отправил на «удел» в Углич своего младшего брата царевича Дмитрия вместе с его матерью Марией Нагой. Ликвидировав опекунский совет, Борис Годунов не только не оказал внимания семье вдовы Грозного, но еще больше стеснил ее. По наущению Бориса царь прислал в Углич дьяка Михаила Битяговского. Дьяк был наделен самыми широкими полномочиями. Фактически царевич Дмитрий и его мать царица Мария Нагая лишились почти всех прерогатив, которыми они обладали в качестве удельных владык. Все деньги удельная семья стала получать из рук дьяка. Его постоянная опека вызывала возмущение вдовы Грозного и ее братьев. На этой почве происходили постоянные ссоры и брань,

Царевич погиб в Угличе в полдень 15 мая 1591 года. Согласно официальной версии, он нечаянно нанес себе рану, которая оказалась смертельной. Комиссия боярина Шуйского, расследовавшая дело по свежим следам, пришла именно к такому заключению. «Обыск» (следственное дело) Шуйского сохранился до наших дней. Но вид неловко разрезанных и склеенных листов давно вызывал подозрения у историков.

По слухам, царевич Дмитрий был злодейски зарезан людьми, подосланными Борисом Годуновым. Версия насильственной смерти Дмитрия получила официальное признание при царе Василии Шуйском и при Романовых. Она оказала огромное влияние на историографию. Это влияние сказывается и по сей день.

Смерть Дмитрия Угличского сопровождалась бурными событиями. В Угличе произошел народный бунт. Подстрекаемые царицей Марией и Михаилом Нагим угличане разгромили Приказную избу, убили государева дьяка Битяговского, его сына и др. Четыре дня спустя прибыла следственная комиссия. Она допросила сто сорок свидетелей. Протоколы допросов, а также заключение комиссии о причинах смерти Дмитрия сохранились до наших дней. Однако существует мнение, что основная часть угличских материалов дошла до нас в виде беловой копии, составители которой то ли ограничивались простой перепиской имевшихся в их распоряжении черновых документов, то ли произвели из них некую выборку, а возможно, подвергли редактированию. Тщательное палеографическое исследование текста «обыска», проведенное сначала В. К. Клейном, а затем А. П. Богдановым, в значительной мере рассеивает подозрения насчет сознательной фальсификации следственных материалов в момент составления их беловой копии. Основной материал переписан семью разными почерками. Входившие в комиссию подьячие провели обычную работу по подготовке следственных материалов к судопроизводству. В подавляющем большинстве случаев показания свидетелей-угличан отличались краткостью, и подьячие, записав их, тут же предлагали грамотным свидетелям приложить руку. По крайней мере двадцать свидетелей подписали на обороте свои «речи». Их подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности, довольно точно соответствовавшую их общественному положению и роду занятий. В следственную комиссию вошли очень авторитетные лица, придерживавшиеся разной политической ориентации. Скорее всего, по инициативе Боярской думы руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Его помощником стал окольничий А. П. Клешнин. Он поддерживал дружбу с правителем, хотя и доводился зятем Григорию Нагому, состоявшему при царице Марии в Угличе. Вся практическая организация следствия лежала на главе Поместного приказа думном дьяке Е. Вылузгине и его подьячих. По прошествии времени следователь В. Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.

Составленный следственной комиссией «Обыск» сохранил не одну, а по крайней мере две версии гибели царевича Дмитрия. Версия насильственной смерти всплыла в первый день дознания. Наиболее энергично ее отстаивал дядя царицы Марии Михаил Нагой. Он же называл убийц Дмитрия: сына Битяговского Данилу, его племянника Никиту Качалова и др. Однако Михаил не смог привести никаких фактов в подтверждение своих обвинений. Его версия рассыпалась в прах, едва заговорили другие свидетели. Когда позвонили в колокол, показала вдова Битяговского, «муж мой Михаиле и сын мой в те поры ели у себя на подворьишке, а у него ел священник… Богдан». Поп Богдан был духовником Григория Нагого и изо всех сил выгораживал царицу и ее братьев, утверждая, что те не причастны к убийству дьяка, погубленного посадскими людьми. Хотя показания попа откровенностью не отличались, он простодушно подтвердил перед Шуйским, что обедал за одним столом с Битяговским и его сыном, когда в городе ударили в набат. Таким образом, в минуту смерти царевича его «убийцы» мирно обедали у себя в доме вдалеке от места преступления. Они имели стопроцентное алиби. Преступниками их считали только сбитые с толку люди.

Показания свидетелей позволяют выяснить еще один любопытный факт: Михаил Нагой не был очевидцем происшествия. Он прискакал во дворец «пьян на коне», «мертв пьян», после того, как ударили в колокол. Протрезвев, Михаил осознал, что ему придется держать ответ за убийство дьяка, представлявшего в Угличе особу царя. В ночь перед приездом Шуйского он велел преданным людям разыскать несколько ножей и палицу и положить их на трупы Битяговских, сброшенные в ров у городской стены. Комиссия, расследовавшая дело по свежим следам, без труда разоблачила этот подлог. Городовой приказчик Углича Русин Раков показал, что он взял у посадских людей в Торговом ряду два ножа и принес их к Нагому, а тот велел слуге зарезать курицу и вымазать ее кровью оружие. Михаил Нагой был изобличен, несмотря на запирательство. На очной ставке с Раковым слуга Нагого, резавший курицу в чулане, подтвердил показания приказчика. Михаила Нагого окончательно выдал брат Григорий, рассказавший, как он доставал из-под замка «ногайский нож» и как изготовлены были другие «улики».