Хрущев подверг гонениям не только травы и многие зерновые культуры (кроме кукурузы). Начиная с февральско-мартовского (1954 г.) пленума ЦК объектом травли Хрущева стали лошади. Евгений Носов писал: «Вспомним печальное постановление о лошадях. Они были обозваны дармоедами, поедающими чужой корм, позорящими социалистическую Россию бездельным ржанием и тяжелым скрипом… Какой-то придворный лукавец нашептал Хрущеву, что ежели забить несколько миллионов лошадей, то столько сразу сэкономится корма! Да плюс почти за так уйма конского мяса! Да кожа на ремни и подметки! Было запрещено выдавать корма на лошадей, их исключили из всех видов отчетности, то есть фактически объявили вне закона, и колхозы волей-неволей вынуждены были отправить их на убой. И потянулись на живодерни эти скорбные, понурые шествия лошадей по дорогам России, которую они много веков кормили, опахивали, окашивали и берегли от врагов… А тем временем молочную флягу от фермы до сельского детского сада везут на тракторе с прицепом. Тогда как высокомоторизованная Америка и теперь держит для расхожих работ 10 миллионов лошадей».

Но и другим видам сельскохозяйственного скота не поздоровилось при Хрущеве. В своих мемуарах Микоян жаловался на то, что Хрущев разрушил специализированные хозяйства крупного рогатого скота и овец для производства мяса, которые были созданы по инициативе Микояна еще в 1930-х годах: «Сталин тогда меня понял. А Хрущев отменил. "Вот, – говорит, – у нас молока не хватает, а он их не доит. Надо всех доить". Но скот на мясо от этого становится хуже и весит меньше. К тому же, я завел эти хозяйства в степях, где не было рабочей силы. На 500 коров можно было иметь одного пастуха. А доить– одна доярка на каждые 10 коров. Хрущев во второй половине 1950-х годов их соединил в молочно-мясные хозяйства».

Критиковал Микоян Хрущева и за отмену мер поощрения высококачественной сельскохозяйственной продукции. Микоян вспоминал, что он «давно ввел бонификацию и ректификацию при сдаче продукции государству. Сталин даже однажды тост провозгласил: "За твои бонификации!" Это были стимулы для повышения качества сельскохозяйственной продукции. Для зерна – процент влажности, для свеклы – процент сахаристости, влажности и т. д. Хрущев же вместо доплат за хорошее качество, вычетов – за плохое, которые я вводил, ввел прием на вес – "за мужика ратовал". Но это с его стороны было не "за мужика", а за разложение мужика».

Е. Носов писал: «Упрямо изыскивая способы посрамления Америки, Никита Хрущев распорядился скупить у колхозников без всяких уклонений всю их рогатую живность. Таким административным приемом удалось увеличить общественное поголовье на несколько миллионов голов. Но с наступлением холодов выяснилось, что колхозы и совхозы не готовы к размещению и содержанию скупленных коров, и их пришлось частично забить».

Серьезный урон сельскому хозяйству нанесла и проводившаяся Хрущевым кампания за огульное укрупнение колхозов. Микоян писал: «Укрупняли колхозы, забрасывали деревни, делая их пустующими, вместо деревенского хлеба и молока, свежего и всегда под рукой, решили завозить из города. И, конечно, начались перебои с подвозом. Появились очереди за хлебом и молоком в деревне – это раньше представить себе было невозможно!…» Видимо, Хрущев хотел доказать, что сталинская критика его предложений о строительстве агрогородов была несправедливой. У писателя Носова «агрогорода» вызвали лишь возглас возмущения: «А насаждение декоративных агрогородов?! Ради такой театрализованной жизни, случалось, людей силком, с милиционером переселяли в казенные многоквартирные дома с общим туалетом под забором. А тем временем покинутые деревеньки объявлялись бесперспективными, дворы зарастали чертополохом, кособочились и падали радиостолбы, осыпались колодцы и ветер трепал истлевший белесый флаг, забытый над крышей заколоченной школы».

Микоян вспоминал о Хрущеве: «Чуть не отобрал приусадебные участки у колхозников, чем немедленно поставил бы страну на грань голода. Вовремя его остановили, я в том числе. Даже затеял превращение колхозов в совхозы без серьезного обоснования, просто с целью "заставить мужика работать"».

Получалось, что сельское хозяйство, которому Хрущев уделял наибольшее внимание с первых лет своего пребывания у власти, понесло наиболее серьезный ущерб от его активной деятельности. Но урон, который наносили некомпетентность и самоуверенность Хрущева, не ограничивался сельским хозяйством. Стремление Хрущева улучшить положение советских людей заставляло его принимать решения, которые не были подкреплены соответствующим ростом производительности труда. Госплан СССР, Министерство финансов СССР и Государственный банк СССР докладывали правительству 2 декабря 1960 года, что «решающей причиной убыточности большого числа предприятий тяжелой промышленности является то, что имевший место за последние годы в раде ее добывающих отраслей… значительный рост заработной платы, в связи с ее упорядочением и сокращением продолжительности рабочего дня, не был компенсирован соответствующим повышением производительности труда». Следствием этого стало удорожание промышленной продукции.

Не принесла желанных выгод и проведенная Хрущевым денежная реформа. Экономист А. Матлин писал: «В 1961 году была проведена вроде совершенно безобидная операция: масштаб нашей денежной единицы был повышен в 10 раз и в связи с этим выпущены в обращение новые деньги. На самом деле, как известно, денежной реформой 1961 года наломали дров. При ее проведении почему-то забыли азбуку экономической науки: деньги – это общественное отношение, а денежные знаки – долговые обязательства Госбанка, которым можно и не верить, требуя более "твердую валюту". В чем была ошибка 1961 года? Государство могло заменить 10 старых рублей одним новым только при выплатах государственным рабочим и служащим, при установлении цен в государственной и кооперативной торговле. А в остальном оно было не властно. Крестьянин, получающий доходы от колхоза и продажи на колхозном рынке, мог и не согласиться с новым курсом рубля. По опубликованным данным, цены колхозного рынка, которые в 1960 году были ниже довоенных (97 процентов), к 1963 году возросли на 18,5 процента. «Борьба» с личным хозяйством внеэкономическими методами и в ответ на рост цен в эти же годы привела к снижению физического объема продажи на колхозном рынке на 10 процентов. Колхозный рынок поставлял в 1960 году 13,9 процента продовольствия городскому населению, в основном в мелких и средних городах. Повышение цен и уменьшение продажи продуктов питания надо было как-то компенсировать. Так к уравниловке в оплате труда, созданной при пересмотре ее условий в 1956—1959 годах, добавилась «выводиловка» в оплате труда городских рабочих. Реальное обесценивание денежных знаков не могло не привести к затяжному процессу роста всех видов цен». Следствием этого стали экономические проблемы, которые преследовали СССР последующие годы. А. Матлин писал: «Все эти процессы неизбежно влияли на падение темпов экономического роста и снижение эффективности общественного производства. И этому в высшей степени способствовала спираль роста цен и оплаты труда, возникшая после и, видимо, в значительной мере в результате денежной реформы 1961 года».

Пытаясь найти выход из тяжелого положения, Хрущев снова и снова созывал пленумы для решения сельскохозяйственных проблем. Для участия в мартовском пленуме (1962 г.) были приглашены сотни людей, не являвшихся ни членами, ни кандидатами в члены ЦК. Это стало обычной практикой в последние годы пребывания Хрущева у власти. Он уверял, что так обеспечивается большая демократичность при обсуждении государственных вопросов. Однако не исключено, что таким образом Хрущев избегал постановки острых вопросов, которые можно было обсуждать лишь в более узком кругу. Деловое обсуждение подменилось митинговыми речами.

Открывая пленум, Хрущев заявил о необходимости увеличить ассигнования на сельское хозяйство. Однако в своем заключительном выступлении через 4 дня он признал, что ни тяжелая промышленность, ни оборона не могут выделить средств для развития сельского хозяйства. Как обычно, он решил найти выход в очередной организационной реформе. Хрущева предложил создать «межрайонные территориальные производственные администрации». В результате райкомы фактически подлежали ликвидации.