Вскоре после встречи Хрущева с Сэлинджером советника посольства СССР на Кубе А. Алексеева в мае 1962 года вызвали в Москву и пригласили на беседу к Хрущеву. Тот сообщил Алексееву о его назначении послом на Кубе. Алексеев вспоминал: «Беседа один на один продолжалась в его (Хрущева) кремлевском кабинете более часа. Я рассказывал Хрущеву о проблемах Кубы, о Фиделе, Эрнесте Че Геваре, Рауле Кастро, других руководителях страны. Он задавал мне немало вопросов». По словам Алексеева, «в конце беседы Хрущев пожелал мне успехов в работе». Возможно, Алексеев рассказал Хрущеву и о современном международном положении Кубы. Разгром кубинских эмигрантов, вооруженных Соединенными Штатами в апреле 1961 года, не заставил их отказаться от попыток восстановить дореволюционные порядки. Для правительства же Кеннеди свержение правительства Кастро означало бы реванш за постыдное поражение на Плайя-Хирон. Кеннеди не раз выражал свою готовность помочь эмигрантам в их усилиях. Одновременно различные политические деятели США постоянно говорили о необходимости «устранить рассадник коммунизма», возникший вблизи берегов Флориды. Некоторые из них упрекали Кеннеди в нерешительности. 12 апреля 1962 года член палаты представителей США Хосмер требовал установить блокаду на ввоз оружия на Кубу и для этого обыскивать суда, следующие на остров. Ширились призывы к прямой интервенции против Кубы. Революционная Куба жила в условиях постоянной угрозы новой агрессии. После целого ряда советских заявлений о готовности защитить Кубу разгром кубинской революции означал бы для Хрущева гораздо более серьезное политическое поражение, чем переворот в Конго, приведший к аресту Лумумбы.

Как вспоминал Алексев, «через четыре дня в Кремле состоялась новая беседа». В ней помимо Н.С. Хрущева участвовали Ф.Р. Козлов, А.И. Микоян, Ш.Р. Рашидов, Р.Я. Малиновский, А.А. Громыко, командующий Ракетными войсками С.С. Бирюзов. Алексеев снова стал рассказывать о Кубе, а Хрущев снова задавал ему вопросы. «И вдруг, – вспоминал Алексеев, – прозвучал вопрос, неожиданность которого повергла меня в оцепенение: Хрущев спросил, как, по-моему, прореагирует Фидель на предложение установить на Кубе наши ракеты. С трудом преодолев замешательство, я все же высказал сомнение в том, что Фидель с таким предложением согласится, поскольку кубинские руководители строят свою стратегию на боеготовности всего народа и на солидарности мирового общественного мнения, народов Латинской Америки с кубинской революцией».

«Тогда, – писал Алексеев, – Хрущев в обстоятельном выступлении сказал, что если Фидель сочтет наше предложение неприемлемым, то мы окажем Кубе помощь любыми другими средствами, которые, впрочем, вряд ли остановят агрессора… Он сказал далее о своей абсолютной уверенности в том, что в отместку за поражение на Плайя-Хирон американцы предпримут вторжение на Кубу уже не с помощью наемников, а собственными вооруженными силами: на этот счет у нас есть достоверные данные. Мы, продолжал он, должны найти столь эффективное средство устрашения, которое удержало бы американцев от этого рискованного шага, ибо наших выступлений в ООН в защиту Кубы уже явно недостаточно. Надо дать им понять, что, напав на Кубу, они будут иметь дело не только с одной непокорной страной, но и с ядерной мощью Советского Союза. Надо максимально повысить плату за военную авантюру против Кубы, в какой-то мере уравнять угрозу Кубе угрозой самим Соединенным Штатам. Логика подсказывает, говорил Хрущев, что таким средством может быть только размещение наших ракет с ядерными боеголовками на территории Кубы».

Одновременно Хрущев связал задачу защиты Кубы с общими задачами противостояния СССР и США. Алексеев так излагал речь Хрущева: «Поскольку американцы уже окружили Советский Союз кольцом своих военных баз и ракетных установок различного назначения, мы должны заплатить им их же монетой, дать им попробовать собственное лекарство, чтобы на себе почувствовать, каково живется под прицелом ядерного оружия. Говоря об этом, Хрущев подчеркнул необходимость проведения этой операции в условиях строгой секретности, чтобы американцы не обнаружили ракет до того, как они будут приведены в полную боевую готовность. Особенно важно избежать огласки в период накала в США политических страстей – кампании по выборам в конгресс, назначенной на 6 ноября 1962 года. А после этого, считал Хрущев, можно будет обнародовать соглашение о ракетах, если оно будет одобрено кубинским правительством. Тогда Куба окажется в фокусе мировой политики и американцам будет уже поздно что-либо предпринимать против нее. Мы же будем разговаривать с Америкой на равных».

Судя по черновым записям заседания Президиума ЦК 21 мая Хрущев собирался огласить военный договор о размещении ракет на Кубе во время своего визита туда между 25 и 27 ноября. До этого «расположить ракетно-ядерное оружие. Закрыто провести. Потом объявить. Ракеты под нашим командованием. Это будет наступательная политика». Таким образом, Хрущев получил бы возможность уравновесить силы с США и вновь вернуться к угрозам вытеснить американцев и их союзников из Западного Берлина. «Конечно, – подчеркивал Хрущев, – необходимо избрать такой способ противодействия американской угрозе в отношении Кубы, который не привел бы к началу термоядерной войны. Он высказал уверенность, что прагматичные американцы не отважатся на безрассудный риск – точно так же, как мы сейчас не можем ничего предпринять против нацеленных из Турции, Италии, ФРГ на Советский Союз американских ракет. Должны же здравомыслящие политики в США рассуждать так же, как сегодня рассуждаем мы, заключил Хрущев». Очевидно, что переписка с Кеннеди и переговоры с ним через доверенных лиц убедили Хрущева в том, что, несмотря на грозные заявления, президент США не доведет дело до мировой войны.

Называя решение Хрущева разместить ракеты на Кубе «чистой авантюрой», Микоян уверят, что он «много спорил, говорил, что американцы обязательно обнаружат завозимые ракеты в момент строительства стартовых площадок». Однако Алексеев не упоминал о чьих-либо возражениях предложенному Хрущевым плану.

На этом совещании было принято решение направить на Кубу делегацию во главе с Рашидовым, в которую входили также маршал Бирюзов и Алексеев. Тем временем Хрущев съездил в Болгарию, а вернувшись оттуда, созвал Совет обороны, в состав которого входили Козлов, Брежнев, Микоян, Косыгин, Малиновский. На заседании было принято решение о размещении ракет на Кубе. В условиях секретности план был разработан в Генштабе. Затем состоялось совместное заседание президиума ЦК и Совета обороны. 24 мая Малиновский представил план, который был одобрен. На этом заседании было принято решение «согласиться с предложениями Н.С. Хрущева по вопросам Кубы.

Алексеев вспоминал, что перед самым отлетом на Кубу, 27 мая, члены делегации были приглашены на дачу Хрущева, где «присутствовали все члены Президиума ЦК КПСС, находившиеся в то время в Москве». Алексеев подчеркивал, что «на этом совещании царило полное единодушие, и поэтому распространенная впоследствии западной прессой версия, будто в советском руководстве была оппозиция этим планам Хрущева, не соответствует действительности».

Прибыв в Гавану, Алексеев сразу же встретился с министром вооруженных сил Кубы Раулем Кастро, братом Фиделя. По его словам, он «ничего не сказал Раулю о конкретных целях нашей делегации, но, поскольку в ее составе был маршал Бирюзов, прибывший в Гавану под другой фамилией, Рауль, как мне думается, понял, о чем пойдет речь. Через несколько часов вечером состоялась наша встреча с Фиделем, на которой присутствовал и Рауль». Узнав о советском предложении, «Фидель на минуту задумался, а затем сказал, что ему эта идея представляется очень интересной, поскольку она, кроме защиты кубинской революции, послужит интересам мирового социализма и угнетенных народов в их противоборстве с обнаглевшим американским империализмом, который повсюду в мире пытается диктовать свою волю. Таким образом, Куба могла бы внести свой вклад в общее дело антиимпериалистической борьбы. Но он пообещал обсудить этот вопрос с ближайшими соратниками и лишь потом дать нам окончательный ответ… На следующий день состоялась новая беседа, на которой с кубинской стороны кроме Фиделя присутствовали Рауль Кастро, Эрнесто Че Гевара, Освальдо Дортикос и Рамиро Вальдес. Ответ их был однозначен: да».