В Германии для членов ОУН были открыты особые школы, где слушатели основательно изучали технику разведки, диверсий и террора. Первая такая школа была создана германским военным министерством в Данциге в 1928 году. Преподавали в ней офицеры германской разведки.

В конце 20 — начале 30-х годов члены ОУН, окончившие данцигскую школу, совершили ряд диверсионных и террористических актов в Польше. Особенно активизировались они в 1934 году, когда в Варшаве был убит польский министр Перацкий, а во Львове советский дипломат Майлов. После убийства Майлова председатель ОГПУ Менжинский издал приказ о разработке плана действий по нейтрализации террористических акций украинских националистов.

К этому времени в ОУН был внедрен проверенный агент ОГПУ Лебедь. Он был старым другом Коновальца и командовал пехотной дивизией. После бегства Коновальца в Польшу Лебедь был направлен им на Украину для организации подпольной работы ОУН. Здесь он был арестован, а затем завербован органами ОГПУ.

С целью подхода к Коновальцу и внедрения в ОУН, за границу под видом племянника Лебедя был выведен молодой сотрудник ОГПУ Павел Судоплатов. Ему удалось встретиться с Коновальцем и установить с ним неплохие отношения. Они систематически встречались, темы их бесед раз за разом становились серьезнее. Судоплатов выяснил планы Коновальца по подготовке административных органов для ряда областей Украины, которые предполагалось «освободить» в ближайшее время с помощью немцев; стало известно, что в распоряжении Коновальца уже имеются две бригады общей численностью около 2 тысяч человек. Удалось узнать о террористических актах ОУНовцев и о том, что они финансируются абвером — разведкой вермахта.

Однажды, когда Судоплатов гулял по Берлину с Коновальцем, их сфотографировал уличный фотограф, тут же передавший пленку Коновальцу. На протест Павла Коновалец отделался заявлением, что в этом нет ничего страшного и беспокоиться незачем. Это был, пожалуй, единственный неприятный эпизод в работе разведчика, так как Коновалец с каждым днем относился к нему все лучше и доверял все больше. Их отношения постепенно перерастали в "дружеские".

Судоплатов, выполнив первую часть задания, вернулся на Родину. О результатах его работы было доложено самому Сталину. Павел был награжден орденом Красного Знамени. В 1937–1938 годах он неоднократно выезжал на Запад в качестве курьера, будучи оформленным радистом на торговом судне, капитан которого якобы «сочувствовал» националистам.

Судоплатов вместе с наркомом внутренних дел Ежовым был приглашен к Сталину. Разведчик доложил о положении в среде украинских националистов и о роли Коновальца, который представлял реальную угрозу, готовясь к войне с СССР вместе с немцами.

После этой беседы по указанию генсека был разработан план оперативных мероприятий против ОУН. Когда его докладывали Сталину, один из руководителей Украины, Г. И. Петровский, доложил, что на Украине Коновалец заочно приговорен к смертной казни за тягчайшие преступления против украинского народа: он отдал приказ и лично руководил казнью рабочих киевского «Арсенала» в январе 1918 года.

После этого Судоплатову было приказано лично ликвидировать Коновальца.

Было разработано несколько вариантов операции. По первому предполагалось убийство в упор из пистолета. Но от него отказались.

По второму предполагалось вручить Коновальцу «подарок» с вмонтированным взрывным устройством и часовым механизмом. Инженер Тимашков изготовил устройство, помещенное в коробку шоколадных конфет, которые очень любил Коновалец. Принцип его действия заключался в том, что устройство включалось после перевода коробки из вертикального положения в горизонтальное. Взрыв должен был произойти через полчаса после этого, что давало возможность уйти до того, как мина сработает.

Руководитель операции Шпигельглас намекнул Судоплатову, что в случае провала операции и угрозы захвата противником он должен повести себя как настоящий мужчина, то есть покончить жизнь самоубийством. Ему вручили сезонный железнодорожный билет, действительный на всей территории Западной Европы, фальшивый чехословацкий паспорт и 3000 американских долларов, посоветовали после «ухода» сменить верхнюю одежду в ближайшем магазине.

Судоплатов отплыл из Ленинграда в качестве радиста на грузовом судне «Шилка». Из Норвегии он позвонил Коновальцу и договорился о встрече в Роттердаме, в ресторане «Атланта». Ресторан был удобен тем, что находился всего в десяти минутах ходьбы от вокзала. Тимашков, сопровождавший Судоплатова в поездке, зарядил устройство перед тем как Павел сошел на берег. Капитан получил указание: в случае, если Судоплатов не вернется до четырех часов дня, отплыть без него.

23 мая 1938 года в 11.5 °Cудоплатов и Коновалец встретились в ресторане «Атланта». Павел сказал, что свидание должно быть очень коротким, так как он обязан вернуться на судно, однако в 17.00 они смогут побеседовать «по-настоящему». Договорились о следующей встрече. Павел, достав из нагрудного кармана, положил на стол "подарок с Украины" и покинул Коновальца, едва сдерживая инстинктивное желание поскорее убежать.

В первом же магазине он купил шляпу и светлый плащ, а при выходе услышал слабый хлопок, напоминавший звук лопнувшей шины, и увидел, как в сторону ресторана побежали люди. На ближайшем поезде он отправился в Париж.

На следующее утро на станции метро Судоплатов встретился с работником резидентуры Агаянцем и передал ему текст телеграммы, которую следовало отправить в Москву: "Подарок вручен. Посылка сейчас в Париже, а шина автомобиля, в котором я путешествовал, лопнула, пока Я ходил по магазинам". Агаянц ничего не понял из этой абракадабры, да ему это и не требовалось. Кому надо, тот понял!

После этого Судоплатов около двух недель скрывался на явочной квартире, затем перебрался в Испанию, а уже оттуда домой.

Сначала настораживало то, что эмигрантские русские газеты ничего не сообщали о событии в Роттердаме. Затем появились статьи о странном происшествии, при котором украинский националистический лидер Коновалец, путешествовавший по чужому паспорту, погиб при взрыве на улице. Его личность оставалась не выясненной полицией до позднего вечера.

Местная полиция, узнавшая от сотрудников Коновальца о том, что он должен был встретиться со своим другом, радистом на советском судне, провела проверку на всех советских кораблях, стоявших в порту Роттердама. Опознание проводилось по фотографии, сделанной когда-то в Берлине.

В газетных сообщениях выдвигались три версии: либо Коновальца убили большевики, либо соперничающая группировка украинцев, либо поляки — в отместку за убийство Перацкого. Американские писатели Сайерс и Кан выдвинули свою версию в книге "Тайная война против Америки":

"В том же (1938) году Гитлер и полковник Николаи решили, что главарь ОУН — Коновалец — знает слишком много тайн германского правительства и приобрел такие международные связи, что в дальнейшем может оказаться трудным держать его в руках. По этим соображениям они организовали вручение Коновальцу, находившемуся в то время на съезде украинских националистов в Роттердаме, особого "подарка".

У входа в зал заседаний один из помощников Коновальца, доверенный агент гестапо, подал своему шефу сверток, сказав, что это предназначено лично ему. Когда Коновалец развернул сверток, находившаяся в нем бомба разорвала его на куски. Таким образом Коновалец стал «мучеником» украинского националистического движения. Высокопоставленные нацисты после этого не раз говорили, и по всей вероятности искренно, что после смерти полковник Коновалец оказался им еще полезнее, чем при жизни.

Когда Коновалец был устранен, организация ОУН в международном масштабе пошла ускоренным темпом".

Однако в то время гибель Коновальца вызвала раскол в ОУН. В ходе борьбы за власть внутри ОУН между Бандерой и официальным преемником Коновальца Мельником погибли видные боевики и сторонники Коновальца, которых уничтожили бандеровцы.