Более того, эти настроения фиксировали и органы безопасности самих прибалтийских стран. Примером тому может служить Бюллетень департамента государственной безопасности Литвы от 16 октября 1939 года. Оценивая происходившие 11–12 октября 1939 года многочисленные собрания и митинги фабричных, заводских рабочих и других слоев трудящихся в разных местах Литвы, на которых выражалась благодарность Советскому Союзу за освобождение и передачу Литве Вильнюса и Вильнюсского края, в Бюллетене, в частности, отмечалось: "События этих дней показали, что среди наших рабочих коммунистическая агитация находит себе неплохую почву. Влиянию коммунистов поддается немало и тех рабочих, которые раньше с коммунистической деятельностью ничего общего не имели".
Однако командования эстонской, латвийской и литовской армий разрабатывали планы нападений на советские гарнизоны, в том числе планы совместных военных действий.
Одновременно правящие круги этих стран втайне устанавливали новые и расширяли уже имеющиеся связи с германской разведкой, которая в эти годы вовсю развернула свою деятельность в Прибалтике. Одной из главных задач немецкой разведки стало создание в лимитрофах своей "пятой колонны". Этому способствовало, в частности, прибытие в Латвию, Литву и Эстонию так называемых репатриационных комиссий, служивших прикрытием для германских спецслужб.
Эти комиссии поначалу занимались репатриацией в Германию лиц немецкой национальности. Но затем, не прекращая своего существования, прекратили отправку немцев в Германию, а проведенную при репатриации работу по регистрации немцев использовали для вербовки агентуры. Под разными прикрытиями действовали как легальные, так и нелегальные немецкие организации: «Культурфербанд» НСДРП (НСДАП), ФДРД — "Союз немцев рейха", «Гитлерюгенд», "Арбайтсфронт" — "Рабочий фронт", НСФ — Национал-социалистский союз женщин, "Союз германских девушек", спортивные клубы, религиозные союзы и т. п. Они активно вели фашистскую агитацию и шпионскую работу по указаниям германских разведчиков.
Под видом туристов и коммерсантов в Прибалтику зачастили немецкие разведчики. Интересно, что «спортивные» объединения вдруг принялись за строительство стадионов, которые, как сообщала агент планировалось использовать в качестве аэродромов.
Одновременно определенные круги прибалтийских государств проводили скрытый зондаж в Германии, стремясь получить от нее поддержку в осуществлении антисоветских планов. В конце февраля 1940 года президент Литвы А. Сметона направил в Берлин директора Департамента государственной безопасности МВД с секретной миссией, которая заключалась в том, чтобы получить согласие Германии установить над Литвой протекторат или взять ее под свою политическую опеку. Германское правительство обещало сделать это осенью 1940 года, после завершения военных операций на Западе. Рассчитывая на поддержку фашистской Германии, правящие круги Литвы стали прибегать к провокационный действиям против гарнизонов советских войск. Были случаи похищения советских военнослужащих, к ним применяли насилие, пытаясь получить от них секретные сведения.
По признанию генерала Г. Пикенброка, одного из ближайших помощников Канариса, начальника «Абвер-I», фашистская Германия в подрывной деятельности против СССР активно использовала разведки националистов прибалтийских республик. И Канарис и Пикенброк до середины 1940 года неоднократно посещали Прибалтику, особенно Эстонию, где сумели войти в тесный контакт с ее спецслужбами. Вот выдержки из показаний Пикенброка, данных в 1946 году:
"Разведка Эстонии поддерживала с нами очень тесные связи. Мы постоянно оказывали ей финансовую и техническую поддержку. Ее деятельность была направлена исключительно против Советского Союза.
В Эстонии часто бывал сотрудник абвера, корветтен-капитан Целлариус, на которого была возложена задача наблюдения за советским Балтийским флотом, его положением и маневрами. С ним постоянно сотрудничал работник эстонской разведки капитан Пичерт.
Перед вступлением в Эстонию советских войск нами заблаговременно была оставлена там многочисленная агентура, с которой мы поддерживали регулярную связь и получали интересующую нас информацию. Когда там установилась Советская власть, наши агенты активизировали свою деятельность и до самого момента (немецкой) оккупации страны снабжали нас необходимыми сведениями, содействуя тем самым в значительной мере успеху немецких войск. Некоторое время Эстония и Финляндия являлись основными источниками разведывательной информации о советских вооруженных силах". "Мы получали информацию от разведок пограничных с Россией стран, например Финляндии и Эстонии, которые по заданиям германской разведки засылали в Россию своих агентов".
Конечно, сведения о советских войсках собирали не только в Эстонии. Вот краткая выдержка из письма коменданта города Вильнюса начальнику полиции города Вильнюса и Вильнюсского уезда:
"Прошу Вас приказать начальникам полицейских отделений собирать сведения о войсках СССР на территории Литвы по следующей выдержке из указаний 2-го отдела штаба Вильнюсского соединения: о войсках СССР, передвижении войск, составе замеченных единиц и направлении передвижения… вооружении… настроении солдат СССР… отношении военнослужащих СССР к своему внутреннему строю… Сведения посылать ежедневно в 7.00–8.00 и в 17.00–18.00".
Ясно, что и эти сведения уходили к немцам. Это подтверждается выдержкой из сообщения 2-го бюро Генерального штаба французской армии от 8 марта 1940 года (ставшего достоянием советской разведки):
"Немецкая служба разведки в Каунасе, располагающая большим количеством агентов, имеет… связь между немецким военным атташе и частью литовской полиции… Разведка против СССР: основной центр этого рода деятельности находится в Вильно… на улице Мицкевича (адрес)… именно здесь находится центр немецкой разведки, работающей против Советского Союза… сведения передаются литовскому агенту, работающему в пользу Германии (фамилия, адрес)… В январе из Германии в Вильно прибыл один из главных руководителей немецкой разведки… Как стало известно, его деятельность в основном была направлена против Советов".
Безусловно, немецкая разведка, понимая, что немцы будут находиться под постоянным наблюдением советской контрразведки, основной упор делала на приобретение агентуры из числа литовских граждан. Вот отрывок из трофейного документа — докладной записки руководителя реферата III D в Главное управление имперской безопасности Германии от 10 января 1940 года: "…любой разведке, работающей против СССР в этих и с помощью этих (прибалтийских. — И.Д.) стран, будет заранее обеспечен успех в силу того, что имеются значительные слои литовского, латышского и эстонского населения, недовольные развитием событий последнего времени, настроенные против Советского Союза, большевизма, которые с охотой отдадут себя в распоряжение какой-либо разведки, работающей против СССР. По моему мнению, это обстоятельство должно быть серьезным образом учтено при намеченной активизации деятельности немецкой разведки… Используя это обстоятельство, можно добиться значительного успеха, если умело подойти к отдельным лицам из руководящих кругов Литвы, Латвии и Эстонии".
Это очень важный вывод, которым не преминули воспользоваться германские спецслужбы, а впоследствии и другие, видевшие в Советском Союзе своего главного противника.
На основании указания Гитлера об усилении деятельности всех секретных служб Германии против СССР были приняты меры по ее координации и заключению соответствующего соглашения между РСХА и генеральным штабом германских сухопутных войск. В начале июня 1941 года Гейдрих и Канарис на совещании офицеров абвера и командиров частей полиции и СД обсудили вопрос о взаимодействии между частями полиции безопасности, СД и абвером. Результаты совещания были доложены рейхсфюреру СС Гиммлеру. Именно тогда было окончательно утверждено создание «айнзатцгрупп» и «айнзатцкомандо» формирований, создававшихся для совершения массовых убийств десятков тысяч людей на оккупированной территории. В составе этих групп оказались добровольцы из числа эстонских, латвийских и литовских националистов.