Янсенизм, к великому неудовольствию иезуитов, в короткое время распространился по всей Франции и проник даже за ее пределы. В 1653 г. иезуиты добились от папы Иннокентий X осуждения янсенизма как еретического учения. В последующие годы эти осуждения неоднократно повторялись. Однако преследования начались только в 1709 г., когда Людовик XIV распорядился закрыть монастырь Порт-Рояль и училище при нем. Многие янсенисты эмигрировали тогда в Голландию, ставшую с этого времени центром движения. (Архиепископ утрехтский принял янсенистское учение еще в 1702 г.) Все попытки пап восстановить свой контроль над католической общиной Голландии окончились неудачей, и в 1724 г. Утрехтская церковь окончательно отделилась от Рима. Ее главу — архиепископа — выбирают теперь епископы гарлемский и девентерский. Церковь считает себя католической, но упорно отказывается признать буллу «Unigenitus» папы Климента XI, предающего анафеме Янсения, его учение и его последователей.

После обособления протестантской церкви от католичества в ней практически сразу развернулась напряженная внутренняя борьба между различными реформаторскими течениями. Один из самых ранних расколов возник из-за споров о том, когда верующим следует принимать крещение. Поскольку в евангелии нигде нет упоминания о крещении младенцев (а сам Христос, как известно, крестился только в 30 лет), то почти сразу во многих местах появились секты, проповедующие крещение в зрелом возрасте, когда человек имеет возможность сознательно выбрать свою веру. При этом ссылались помимо Христа на пример Блаженного Иеронима, Блаженного Августина, Григория Богослова и других отцов церкви, принявших крещение уже взрослыми. Многие не только отказывались крестить своих младенцев, но также объявляли свое собственное крещение в детстве недействительным. С лета 1525 г. стали практиковаться вторичные крещения. Последователей этих учений стали называть анабаптистами (то есть «вновь крещенными»).

Возникнув первоначально в Цюрихе, анабаптизм быстро распространился по Европе.

Первая анабаптистская община в Германии сложилась в Цвиккау. Анабаптисты были активными участниками Крестьянской войны. Позже центр этого движения переместился в Голландию и Фрисландию (к 1546 г. за принадлежность к анабаптизму здесь было казнено около 30 тысяч человек). В 1539 г. голландский богослов Менно Симоне выпустил «Главную книгу истинной христианской веры», где впервые были систематически изложены основные положения анабаптистского вероучения. Симоне учил, что церковь — это не организация, охватывающая всех, кто родился в географических рамках какого-то прихода (как было принято считать раньше), а братство возрожденных верующих, совершивших акт подлинного, действительного крещения. Другими словами, церковь это не какой-то внешний официальный орган, но тесное сообщество единоверцев, близких единомышленников. Отсюда вытекали главные принципы ее организации: служители церкви не могут назначаться «свыше» — они избираются лишь членами общины; никто не может предписывать им, что и как проповедовать; церковь должна быть абсолютно независимой от государства, то есть должна существовать исключительно за счет пожертвований верующих В дальнейшем последователи Симонса стали именовать себя по имени своего основоположника меннонитами. Они стали ранними предтечами баптизма.

Родиной собственно баптизма в современном понимании этого слова стала Англия, где начиная с 1534 г. король Генрих VIII проводил своей властью Реформацию, конечным итогом которой стало возникновение англиканской церкви. Из всех реформаторских церквей она наиболее близка к католической. Англикане, подобно всем протестантам, признают концепцию единоспасающей личной веры, отвергают церковное предание, учение о Чистилище, иконы, культ католических святых, мощи, обет безбрачия духовенства, учение о пресуществлении. Однако они сохранили такие свойственные католичеству черты, как представление о церкви как необходимой посреднице в деле спасения людей, деление на священство (клир) и прихожан (мир), церковную иерархию (только вместо папы она подчинена королю), епископские суды, назначение епископов через епископское рукоположение и некоторые другие.

Многие сторонники Реформации в Англии остались недовольны половинчатыми по сути церковными реформами Генриха VIII. В связи с этим во второй половине XVI в. здесь возникло несколько течений, исповедовавших более радикальные учения.

Прежде всего, это были пресвитериане (английские кальвинисты). Об особенностях их вероучения уже говорилось выше. Еще более радикальную программу отстаивали индепенденты (сепаратисты), считавшие, подобно меннонитам, что истинная церковь может быть создана лишь вне государственной системы. Они высказывались за отделение церкви от государства и считали, что каждая местная община (конгрегация) должна быть совершенно независимой в религиозных вопросах.

Индепенденты проповедовали, что в церкви могут состоять только «возрожденные», способные сознательно засвидетельствовать свою верность Христу люди, но при этом сохраняли у себя крещение младенцев.

Дальнейшее развитие и углубление принципов индепендентов привело к появлению баптистов. Вероучение последних отличали от первых только два существенных момента: баптисты требовали крещения верующих в сознательном возрасте и отстаивали полную независимость церкви от контроля светского государства. Если индепенденты, выступавшие против государственного нажима на церковь, считали, что светская власть не может снимать с себя ответственности за состояние церкви и должна оказывать ей поддержку, то баптисты в принципе отвергали право государства как-либо влиять на религиозные дела. Однако не это очень важное по существу положение, а именно требование сознательного вторичного крещения долгое время служило межевым знаком, обозначившим отличие новой церкви от родственных ей течений. Что отразило и название, постепенно за ней закрепившееся (слово «баптизм» происходит от греческого baptizo, то есть «окунаю», «крещу в воде»).

Основоположником баптизма считается английский проповедник Джон Смит, который первый в своем историческом «Исповедании» разработал принципы крещения верующих и в значительной степени сформулировал другие положения баптистского вероучения.

Родился Смит около 1570 г. в Гейнсборо на Тренте. Около 1586 г. он поступил в колледж Христа в Кембридже, где был учеником Фрэнсиса Джонсона (впоследствии видного индепендентского лидера). В 1593 г. Смит получил степень магистра гуманитарных наук. В сентябре 1600 г. его избрали проповедником города Линкольна. Но уже в октябре 1602 г. он был неожиданно смещен с должности за то, что «… проявил себя в этом городе раскольником своими проповедями против различных добропорядочных людей». Из этого факта можно сделать вывод, что Смит был несдержан в своих критических высказываниях и в утверждении идей, которые все более приобретали сектантскую направленность.

В 1603 и 1605 гг. Смит выпустил два небольших тома речей, произнесенных им в Линкольне. В 1605 г. он жил в родном городе Гейнсборо. Он еще не индепендент, но уже мучим сомнениями относительно позиций официальной англиканской церкви. Скоро Смит вступил в конгрегационалистскую церковь и практически сразу же стал пастором гейнсборской общины индепендентов.

Преследования правительства вынудили эту общину искать убежища в Голландии. В 1607 г., возглавляемая Джоном Смитом и Гомосом Хэлвисом, она покинула Англию и обосновалась в Амстердаме. В общине насчитывалось около 80 человек. Они не присоединились ни к одной из местных протестантских церквей, существуя самостоятельно.

Последователи Смита, в частности, не присоединились к конгрегационалистской церкви Фрэнсиса Джонсона, хотя та и была очень близка ей по духу и вероисповеданию. Причиной разногласий стал вопрос о том, можно ли читать проповедь по рукописи. Смит был категорически против таких проповедей, ибо подобное, как ему представлялось, может воспрепятствовать действию Святого Духа. В подтверждение своих взглядов Смит ссылался на главу четвертую в Евангелии от Луки, где Христос, прежде чем начать проповедовать, закрывает священный свиток.