После того как еретичность взглядов Евтихия сделалась для всех очевидной, он был приговорен к лишению своего настоятельства, низложению священнического сана и церковному отлучению. Поскольку монахи отказались признать осуждение своего архимандрита, архиепископ Флавиан запретил им совершать литургии, а потом вообще секвестровал их имения, назначив доходы с них употреблять на бедных. Евтихий не смирился с этими постановлениями и стал рассылать письма к церковным иерархам во все концы империи; он жаловался на несправедливость и настаивал на созыве нового Вселенского собора. Его письма нашли живой отклик прежде всего в монашеской среде, а также в тех областях империи, где особенно остро проходила борьба с несторианством. Так, большинство египетских христиан безусловно разделяло его учение. Много сторонников было у него и в других восточных провинциях. Этих последователей Евтихия стали называть монофизитами («единоестественниками», то есть исповедующими в Христе только одно естество). Монофизитское учение принял Диоскор, вступивший по кончине Кирилла (в 444 г.) на александрийскую кафедру. Даже при дворе у монофизитов была сильная партия во главе с императрицей Евдоксией.

Сам Евтихий, лишь по чистой случайности оказавшийся в центре религиозной борьбы, не имел ни сил, ни способностей для того, чтобы возглавить партию своих единомышленников. Настоящим главой монофизитов стал александрийский архиепископ Диоскор — личность противоречивая и неоднозначная. До своего возвышения на кафедру он, видимо, отличался высоким характером, но впоследствии оказался человеком буйным, жестоким, хищным и безнравственным. Пользуясь благосклонностью двора и особенно покровительством Хрисафия, евнуха, имевшего безграничное влияние на Феодосия II, Диоскор добился права председательствовать на собранном в 449 г. в Эфесе церковном соборе. Главной задачей его был разбор жалобы Евтихия на архиепископа Флавиана и других участников Константинопольского собора 448 г.

С самого начала монофизиты имели в Эфесе значительный перевес. Диоскора сопровождала большая свита монахов. Его единомышленник Варсума, настоятель одного из сирийских монастырей, также приехал на собор во главе тысячи монахов, готовых оказать давление на епископов. Заседания собора были шумными и беспорядочными. Диоскор изгнал всех протоколистов, кроме тех, что принадлежали к его партии, и приступил к суду над Флавианом. После чтения деяний Константинопольского собора епископы без долгих рассуждений признали вероисповедание Евтихия православным. Всех, кто осмеливался говорить о двух естествах Иисуса Христа, прямо объявили несторианами. Затем Диоскор грубо провел решение о низложении Флавиана. (По его требованию в зал вошел проконсул Азии, сопровождаемый солдатами; те епископы, которые отказывались подписывать осуждение константинопольского архиепископа, были принуждаемы к этому угрозами, ругательствами и даже побоями.) Рассказывают, что самого Флавиана фанатичные монахи били по лицу, бросили на пол и топтали ногами. Он умер через несколько дней по пути к месту своего изгнания. Евсевий Дорилейский был низложен и заключен в тюрьму, однако сумел бежать и нашел убежище в Риме. Император утвердил решения Эфесского собора, получившего в дальнейшем прозвание «разбойничьего».

Насильственные и беззаконные действия Диоскора вызвали возмущение во многих поместных церквах. Римский архиепископ Лев Великий созвал в Риме собор местных епископов и осудил постановления Эфесского собора. Со всех сторон раздавались требования о созыве нового Вселенского собора. На Востоке это предложение поддерживала сестра императора Пульхерия. В 450 г., после смерти Феодосия II, она вступила в брак с военачальником Маркианом и провозгласила его императором.

По его распоряжению в 451 г. в Халкидоне собрался новый церковный собор, который в официальной церковной истории именуется четвертым. На нем присутствовало 630 епископов. Председательствовал константинопольский архиепископ Анатолий.

Собор начался с разбора решений предыдущего Эфесского. Евсевий Дорилейский выступил с обвинениями против Диоскора. Улик против последнего было больше чем достаточно, и он был низложен почти единогласным решением. Затем епископы осудили Евтихия. (Этот виновник раскола к тому времени уже сошел со сцены. Мы не видим его на Халкидонском соборе, он не был вызван в число подсудимых, и даже имя Евтихия фактически не упоминалось).

Главным деянием IV Вселенского собора стала выработка догмата об образе соединения двух естеств в лице Иисуса Христа. Принятое после долгих обсуждений вероопределение провозглашало: «Научаем исповедовать одного и того же Сына Господа нашего Иисуса Христа, совершенного в Божестве, совершенного в человечестве, истинного Бога, истинного человека, того же из разумной души и тела, единосущного Отцу по Божеству и того же единосущного нам по человечеству, во всем подобного нам, кроме греха, рожденного прежде веков от Отца по Божеству, а в последние дни ради нашего спасения от Марии Девы Богородицы по человечеству, одного и того же Христа, Сына, Господа единородного в двух естествах, неслитно, неизменно, нераздельно, неразлучно познаваемого, — так что соединением нисколько не нарушается различие двух естеств, но тем более сохраняется свойство каждого качества и соединяется в одно лицо и одну ипостась, — не в два лица рассекаемого или разделяемого, но одного и того же Сына и единородного Бога Слова, Господа Иисуса Христа, как в древности пророки учили о Нем и как Сам Господь Иисус Христос предал нам символ отцов». Догматически это вероопределение сводится к тому положению, что в Христе два естества, но одно лицо или одна ипостась. Он есть единое «я» с единым самосознанием; и «я» человеческое в Нем тождественно с «я» Бога Слова. Но это тождество надо понимать не в том смысле, что «я» человеческое подавлено «я» Бога, а в том, что им положена основа для этой личной жизни. Человеческая жизнь в Христе есть полная личная жизнь. Этим вероисповеданием осуждались как несториане, так и монофизиты.

После собора император Маркиан издал строгие законы относительно монофизитов.

Приказано было всем принимать учение, определенное Халкидонским собором; монофизитов ссылать в заточение или изгонять, сочинения их сжигать, а за их распространение казнить. Диоскор и Евтихий были сосланы в отдаленные провинции.

Однако позиции монофизитов оставались очень сильны, особенно в Египте, где местные христиане восприняли вероисповедание Халкидонского собора как восстановление несторианства. Православный патриарх Протерий, поставленный на место низложенного Диоскора, не пользовался в Александрии никаким влиянием.

Большинство египетских христиан отказалось от общения с ним. В 457 г. он был убит. На его место монофизиты возвели Элура, который низложил всех епископов, принимавших Халкидонское вероопределение. Светские власти безуспешно пытались бороться с влиянием еретиков. Император Лев I в 460 низложил Элура и послал на его место православного Тимофея. Александрийцы приняли его, но не приняли православия. Точно так же очень многочисленны были монофизиты в Антиохии. Все это стало причиной бесчисленных церковных смут, волновавших восточную церковь и все византийское общество на протяжении многих Десятилетий. Император Юстиниан I, все свое долгое царствование прилагавший усилия для водворения церковного мира и даже созвавший с этой целью в 553 г. в Константинополе пятый Вселенский собор, так и не преуспел в этом Деле. Православного александрийского патриарха по-прежнему продолжала признавать лишь небольшая часть египтян греческого происхождения. Что касается коренных жителей этой провинции — коптов, то они избирали своего коптского патриарха. Коптская церковь объединяла до 5 миллионов христиан в Египте и большинство эфиопов. Ту же картину наблюдаем в других восточных провинциях. Так, в середине VI в. Иаков Барадей, объединив всех монофизитов Сирии и Месопотамии, образовал здесь независимый от Константинополя патриархат (от него тамошние монофизиты получили прозвание иаковитов). Еще раньше отпала армянская церковь, вообще не признавшая четвертого Вселенского собора. Тут утвердился свой независимый глава церкви — каталикос всех армян.