Напор мистики и реакции сказался прежде всего на рассадниках высшего просвещения—университетах, которые издавна были поставлены мистиками под подозрение. Еще Невзоров в 1790 г. при путешествии в Германии называл знаменитый Геттингенский университет «первейшим орудием, рассадником и распространителем всякого разврата и безбожия». Новые мистики, дававшие в своем обскурантизме много очков вперед Невзорову, с самого начала принялись за реформирование университетов. В 1816 г. в Харькове происходит уже торжественное сожжение сочинений проф. Шада, после чего автор высылается «за границу» за приверженность к Шеллингу, который своими сочинениями «дерзко» подрывал «основы св. писания». Затем в этот молодой университет попечителем назначается мистик, товарищ президента петербургского библейского общества З.Я. Карнеев, человек, хотя и бывший учеником самого Сен-Мартена и главою ложи «теоретического градуса», но тем не менее уверенный, что молния падает в виде треугольника в ознаменование троичности Божества. Легко себе представить, в каком духе должно было ид ти с тех пор научное преподавание в Харьковском университете.

Наиболее ярким применением на практике торжествующей системы обскурантизма было знаменитое обревизование и реформирование Казанского университета, произведенные Магницким, бывшим соратником Сперанского, бывшим обожателем Александра, как конституционного монарха, столь ярым либералом, что носил даже «якобинскую дубинку» с серебряной бляхой: «Droits de ГЬогшпе», сделавшимся теперь верным адептом новых настроений в правительственных сферах. После внимательного розыскания и труда нескольких лет Магницкий, как он рассказывает о себе, был поражен открывшейся ему глубокой истиной: все дело в воспитании, которое должно быть основано на вере. «Кровавыми литерами читаю, что сказала история: поколебалась вера… потом взволновались мнения… и тысячелетний трон древних государей взорван». Все тайные общества «начинали всегда с потайного действия на воспитание». Вот к чему приводит «неверие философии». Дух нашего времени либералов «карбонариев», суеверов, всегда один и тот же дух иллюминатов. И со страстью Магницкий в качестве попечителя Казанского округа стал уничтожать «неверие» и насаждать «веру». Магницкий в ужас пришел от Казанского университета, зараженного духом «вольнодумства и лжемудрия». Магницкий требовал «публичного разрушения университета». Но ему поручили его «исправить». И вот Магницкий приступил к преобразованию университета «на началах Священного союза». Изгнав всех зловредных профессоров, Магницкий в 1821 г. издал характернейшую инструкцию, определившую дух и направление, которым профессора обязаны были следовать в преподавании наук философских, политических, медицинских и т. д. По этой инструкции, которую дерптский профессор Паррот назвал «бесконечной фразелогией, где невежество облекается мантией знания», ректор университета обязан был присутствовать на лекциях, просматривать тетради студентов и наблюдать, «чтобы дух вольности ни открыто, ни скрыто не ослаблял учения Церкви в преследовании наук философских и исторических». Как же шло новое преподавание? Философия должна была руководиться исключительно посланиями апостола Павла и доказывать преимущество Священного Писания над наукой; начала политических наук должны быть извлекаемы из творений Моисея, Давида и Соломона. Наука естественного права, как «мнимая наука», подверглась полнейшему остракизму. На профессоров всеобщей истории возлагалась обязанность показать слушателям, «как от одной пары все человечество развелось», преподавание новейшей истории — виновницы всех смут, было также бесповоротно запрещено. Русский историк должен был выяснить, что при Владимире Мономахе русское государство «упреждало все прочие государства на пути просвещения»; русская словесность превращалась в историю духовного красноречия. Математик, в свою очередь, должен был строить свою науку на принципах нравственности и доказывать, что «математика вовсе не содействует развитию вольнодумства. Математика лишь подтверждает высочайшие истоки веры, ее закон совершенно согласен с истоками христианской религии». «Причиною вольнодумства» — не математика (которая требует «на все доказательств самых строгих»), а господствующий дух времени, доказывает ректор университета проф. Никольский. «В математике содержатся превосходные пособия священных истин. Напр., как числа без единиц быть не может, так и вселенная, яко множество, без Единого владыки существовать не может… Две линии, крестообразно пересекающиеся под прямыми углами, могут быть прекраснейшим иероглифом любви и правосудия… Гипотенуза в прямоугольном треугольнике есть символ сретения правды и мира, правосудия и любви, через ходатая Бога и человеков, соединившего горнее с дольним, небесное с земным…» Проф. Фукс с таким же успехом показывал, что «цель анатомии находить в строении человеческого тела премудрость Творца…» и т. д. Таким путем опровергался «гибельный материализм», таким путем устранялись «разрушительные начала» и основывалось просвещение «на началах христианской религии». Только тот профессор удовлетворял своему назначению, который расточал «похвалы магии и кабалистике» в духе старого масонства; и немудрено, что в профессора по античной словесности начинают попадать «за благочестивый образ мыслей».

В духе господствующего религиозного мистицизма преобразовывалась и жизнь студентов университета. Их жизнь наполнялась всевозможными упражнениями в благочестии. «Порченые студенты» в наказание помещались в комнату уединения в лаптях и крестьянском армяке — они должны были перед распятием и картиной страшного суда сокрушаться в своих грехах… Пока происходил этот искус, товарищи грешника молились за него перед лекциями, а сам грешник по раскаянии исповедовался и причащался. Неисправимых грешников Магницкий отдавал в солдаты…

Вот что делали «злые невежды из религии христианской», как выразился Н.И. Тургенев. Но еще хуже приходилось науке в «блистательную эпоху преобразования совершенно обновленного Казанского университета», когда щит «благочестия и страха. Божия» оградил профессоров и воспитанников от яда вольнодумства и лжеименного разума. Магницкий констатировал в торжественной речи на акте, что «в то самое время, как лжеименная философия бунтует умы на Бога и людей, в университете нашем самый яд сей претворяется в целительное средство против буйной гордости разума». Магницкий восторгался тем, что «в Житиях Святых исчезла тень Брутов» и что блестяще доказана «нелепость естественного права».

За Казанским университетом наступила очередь Петербургского, где в качестве попечителя округа действовал «подражатель и карикатура Магницкого», по отзыву Греча, Д.П. Рунич и его помощник директор Педагогического института Д.А. Кавелин. Рунич также открыл поход против всех наук политических и философских. Он обвинил четырех самых «благонамереннейших» преподавателей (Галича, Германа, Раупаха и Арсеньева) в том, что они стремятся к «ниспровержению всех связей семейственных» и государственных, в том, что они предпочитают Канта — Христу, а Шеллинга — Духу Святому и т. д.

Преобразование Петербургского университета шло так успешно, что казанский ректор уже поздравлял «петербургскую обитель благочестия и просвещения», каковой сделался университет после удаления из преподавания «всех вредных доктрин». В университетах насаждаются всякого рода библейские сотоварищества, являвшиеся «во время всеобщего брожения» оплотом против безверия Вольтеров, Дидротов, Даламберов, против «лжемудрия германских и английских философов», против «лжесвятости и кощунства латинских папежников». Новое просвещение внедряется с таким успехом, что Магницкий, а вслед за ним и один из петербургских профессоров, могли с гордостью констатировать, что «развитие нечестия и опасность, грозившая цивилизации, общественному порядку и правительству, остановлены союзом, открывшим истинный свет». Но новая цивилизация такого рода, что Карамзину оставалось лишь скромно выражать надежду, что «Россия не погрязнет в невежестве».