Конформный отсек вооружения рассчитан на размещения четырех УР «воздух — воздух» размера УР AIM-120 AMRAAM или смешанной боевой нагрузки из авиационных средств поражения «воздух — воздух» и «воздух — поверхность» суммарной массой до 900 кг. Так, в отсеке допускается подвеска двух УР AIM-120 и одной 2000-фунтовой бомбы Мк. 84 или одной 454-кг бомбы Мк. 83, или двух 227-кг бомб Мк. 82, или четырех бомб малого диаметра. В отношении необходимости контейнеров для вооружения фирма «Боинг» приводит следующий аргумент: «Малозаметность (в радиолокационной области спектра) не требуется для выполнения 95 % боевых заданий, но для выполнения оставшихся 5 % она необходима».
Для ВМС США разрабатывается вариант самолета с ИК обзорно-прицельной системой, установленной под обтекателем в носовой части фюзеляжа, что позволит освободить центральный подфюзеляжный пилон (на нем сейчас размещается контейнер с ИК аппаратурой) для подвески других грузов. Датчики И К системы предполагается разделить. Оптическую часть систему намечается разместить под фасеточным обтекателем над створкой амбразуры пушки, в то время как место для остальных подсистем ИК комплекса пока не определено.
Проектный вид новой модели F/A-18E/F
Приемники о лазерном облучении и пусках ракет обеспечат круговой «обзор». На самолете F/A- 18E/F MMRCA предлагалось смонтировать системы предупреждения о лазерном облучении и пусках ракет израильского производства.
Широкоформатные многофункциональные индикаторы для кабины находятся в стадии разработки и проходят испытания на летающей лаборатории. Жидкокристаллическим индикатором размера 280x480 мм предполагается заменить существующие три индикатора меньших размеров, что позволит снизить массу, энергопотребление и мощность системы охлаждения. На большом индикаторе возможно одновременное отображение пяти виртуальных дисплеев, местоположение и размеры которых определят по своему усмотрению летчик. Подобный индикатор установлен на самолете F-35, но в отличие от F-35 на «Супер Хорнете» с новым МФИ предполагается сохранить индикатор на фоне лобового стекла. Планируется, что отработка нового приборного оборудования кабины для «Супер Хорнета» будет завершена в 2013 г. В перспективе фирма «Боинг» намерена разработать интерактивный трехмерный индикатор виртуального поля боя, на котором в реальном масштабе времени будет отображаться информация не только от бортовых, но и от внешних источников, с помощью которого более удобно управлять БЛА.
"Супер Хорнет" из состава эскадрильи VFA-115 авианосца "Авраам Линкольн"
F/A-18E из эскадрильи VFA-14 авианосца "Нимитц"
Еще до завершения летных испытаний «Супер Хорнета» эскадрилью VFA-122 «Flying Eagles», дислоцированную на авиабазе Лимур, шт. Калифорния, определили в качестве базовой для подготовки летчиков F/A-18E/F. Формально переформирование эскадрильи на новый штат завершилось 1 октября 1998 г. Подготовка летчиков-инструкторов и операторов-инструкторов для F/A-18E/F началась в 1999 г. На переподготовку отвели шесть недель. Сначала получили инструкторский допуск к F/A-18E/F летчики и операторы эскадрильи VFA-122. По штату в эскадрилье VFA-122 имелось 35 летчиков-инструкторов и десять операторов-инструкторов, 485 инженеров и техников. На вооружении состояло 37 самолетов, 11 боевых «Е» и 26 двухместных «F», включая восемь полноценных «спарок» с двойным управлением (по штату в тренировочной эскадрилье положено иметь 32 самолета). На практике эскадрилья, как правило, располагала большим количеством самолетов, так как новую технику личный состав перевооружаемых на «Супер Хорнет» эскадрилий получал в Лимуре и часть полетов по программе переподготовки выполнялось на них.
Программа переучивания рассчитана на разный уровень подготовки летчиков. Курс САТ-1 продолжительностью восемь месяцев был рассчитан на молодых летчиков, недавно завершивших обучение. Курс включает ознакомительные полеты, полеты строем, перехват воздушных целей в простых и сложных метеоусловиях, выполнение базовых фигур пилотажа, выполнение атак воздушных целей с использованием РЛС, отработку навыков боевого применения оружия класса воздух-воздух, полеты на малых высотах, нанесение ударов по наземным целям, выполнение взлетов и посадок на авианосец, дозаправку в воздухе днем и ночью. Курс САТ-2 предназначен для летчиков, пришедших с истребителей F-14 и F/A-18, САТ-3 — для летчиков с большим налетом на самолетах F/A-18, САТ-4 — для опытных летчиков самолетов F/A-I8, отобранных для дальнейшего прохождения службы в качестве летчиков-испытателей в Пэтаксен-Ривер или Чайна-Лэйк. Отработка базирования на авианосце (CarQuals — Carrier Qualification) проводилась у южного побережья Калифорнии, «квалификационной» подготовка обеспечивалась авианосцем, для которого эта работа выделялась «отдельной строчкой», а не совмещалась с выполнением того или иного похода. Для летчиков с опытом полетов на F-14 и F/A-18 «Хорнет» переучивание на «Супер Хорнет» с точки зрения техники пилотирования особой сложности не представляло, основные трудности были связаны с освоением нового бортового оборудования, особенностями боевого применения расширенной номенклатуры вооружения и отработкой новых боевых задач.
В первые месяцы существования эскадрильи VFA-122 в новом качестве, ее личный состав тесно взаимодействовал с летчикам, операторами и техниками испытательной эскадрильи VX-9, более того, почти год 1 22-я эскадрилья не имела собственных «Супер Хорнетов» — полеты выполнялись на самолетах эскадрильи VX-9.
Первой в авиации ВМС США к переучиванию на «Супер Хорнет» приступила в конце 2000 г. эскадрилья VFA-115 «Eagles». К середине 2001 г. личный состав эскадрильи был допущен к самостоятельной эксплуатации самолетов F/A-18E. Дальний поход на авианосце «Авраам Линкольн», завершившийся в мае 2003 г., 115-я эскадрилья выполняла вместе с вооруженной истребителями F-14 эскадрильей VF-31.
После VFA-1 15 самолетами «Супер Хорнет» перевооружили эскадрильи VFA-14 (F/A-18E) и VFA-41 (F/A-18F) из авиакрыла авианосца «Нимиц». Инженерно-технический состав встретил новую технику достаточно настороженно — капитан Чарлз Райт из 11-го авиакрыла (авианосец «Нимиц») заметил: «Новый самолет — новые проблемы», отметив вместе с тем отсутствие характерных для F-14 протечек топлива и рабочей жидкости гидросистемы. В целом Райт оценил «Супер Хорнет» как более простой в обслуживании, чем просто «Хорнет». На техническое обслуживание F/A-18E/F уходит времени в четыре — пять раз меньше, чем на обслуживание самолета F-14. Для замены двигателя F/A-18E/F требуется восемь часов, облет самолета после замены двигателя не проводится, в то время как после замены двигателя на самолете «Хорнет» облет обязателен. В начале эксплуатации боеготовность самолетов «Супер Хорнет» поддерживалась на уровне 50 %.
Изначально на вооружение всех трех эскадрилий поступило по 14 самолетов, но вскоре, по причине медленного темпа серийного производства и увеличения стоимости программы самолета F-35 JSF, штатное количество самолетов в эскадрилье сократили до 12. Эскадрилья VFA-115 вместе с самолетами получила контейнеров ATFLIR, изготовленные для испытаний, и считавшиеся устаревшими разведывательные контейнеры AAS-38 Nite Hawk, в эскадрилью VFA-41 поступили первые серийные контейнеры ATFLIR.
Хотя «Супер Хорнеты» пришли на смену перехватчикам «Томкэт», но в отличие от последних не могли нести и применять УР большой дальности AIM-54 «Феникс», что вызвала острую дискуссию в среде палубных летчиков. Большинство посчитало замену адекватной сложившейся в мире ситуации — исчезла угроза со стороны советских дальних бомбардировщиков, вооруженных крылатыми ракетами.