В середине 90-х ВМС США предполагали привести в первой четверти XXI века все палубные авиакрылья (многоцелевое, ударное средней и ударное большой дальности) к новому типовому составу: одна истребительная эскадрилья VF (самолеты JSF), три — истребительно-бомбардировочных УРА(самолеты F/A-18/F) и одна — эскадрилья самолетов обеспечения плюс группа самолетов ДРЛО (всего 70 самолетов, из них 38 — многоцелевые истребители "Супер Хорнет").

В 2010 г. ВМС США планировали иметь в составе каждого из десяти палубных авиакрыльев по одной эскадрилье одноместных F/A-18E и по одной эскадрилье двухместных F/A-18F, все эскадрильи именуются VFA — эскадрильи истребителей- бомбардировщиков. На вооружении двух других истребительно-бомбардировочных эскадрилий палубных авиакрыльев намечено сохранить самолеты F/A-18А+/С. Часть эскадрилий перевооружили или перевооружают с F/A-18E/F блок I на F/A-18E/F блок II. Штатно на вооружении эскадрилий состоят только одноместные или только двухместные самолеты, но иногда временно эскадрилье придаются F/A- 18Е или F/A-18F. К примеру, в начале 2010 г. эскадрилье VFA-81 «Sunliners» на время похода авианосца «Карл Винсон» вокруг мыса Горн были приданы два F/A-18F; эскадрилью VFA-22 «Fighting Red- cocks» полностью перевооружили с F/A-18E на F/A-18F.

Первой двухместные F/A-18F получила эскадрилья VFA-41 авианосца "Нимитц

F/A-18F из состава авиагруппы авианосца «Джордж Буш»

В середине «нулевых» годов из- за нехватки самолетовР/А-1 8А+/С количество истребителей-бомбардировщиков в эскадрильях ВМС и КМП США сократили с 11 до десяти, но во всех строевых эскадрильях, вооруженных самолетами «Супер Хорнет» имеется по 12 машин.

Переучивание и подготовка летчиков для самолетов «Супер Хорнет» ведется в двух эскадрильях — VFA-106 (авиабаза Оушена) и VFA- 122 (авиабаза Лимур), причем на базе 106-й эскадрильи готовят летчиков для «Хорнет» и «Супер Хорнет», в то время как в 122-й — только для «Супер Хорнет».

Помимо строевых эскадрилий самолеты «Супер Хорнет» состоят на вооружении испытательно-исследовательских (test and evaluation) эскадрилий Центра боевого применения авиации ВМС США (авиабаза Фэллон, шт. Невада) и школы летчиков-испытателей ВМС США (авиабаза Пэтаксен Ривер, шт. Мэриленд). Рассматривается возможность перевооружения «Супер Хорнетами» пилотажной группы авиации ВМС США «Blue Angels» и единственной эскадрильи резерва авиации ВМС США — VFA-204 «River Rattlers» (группа и эскадрилья дислоцированы на авиабазе Нью- Орлеан, шт. Луизиана).

В состав палубного авиакрыла, как правило, включают две эскадрильи «Супер Хорнетов» (по одной на F/A-18E и F/A-18F) и две эскадрильи «традиционных Хорнетов».

В 2009 г. рассматривался вопрос о принятии самолетов F/A-E/F на вооружение авиации Национальной гвардии США в связи с нехваткой истребителей, несущих боевое дежурство после атаки террористов-смертников в Нью-Йорке 9 сентября 2001 г.

После 2011 г. ВМС США рассчитывают перевооружить самолетами F/A-18E еще пять эскадрилий, данный план связан с задержкой с принятием на вооружение истребителей F-35C «Лайтнинг II» и быстрым израсходыванием ресурса истребителей-бомбардировщиков F/A-18A+/C в связи с боевыми действиями в Ираке и Афганистане.

По состоянию на октябрь 2010 г. на вооружении авиации ВМС США состояло 185 самолетов F/A-18E и 226 самолетов F/A-18F.

К Тихоокеанскому флоту относятся эскадрильи VFA-2, 14, 22, 27, 41, 86, 94, 102, 115, 122, 137, 147, 154, 195.

К Атлантическому флоту относятся эскадрильи VFA-11, 31, 32, 81, 103, 105, 106, 136, 143, 211, 213.