Дізнавшись про місію Румянцева, Полуботок, найімовірніше, зрозумів справжню мету відрядження імператорського посланця і наслідки, які цей візит міг мати для нього і його старшин. Він з останніх сил робив спроби протидіяти запущеній машині державної влади, основним завданням якої було знищити його фізично. Із Санкт — Петербурга в Україну надходили листи наказного гетьмана, у яких він давав представникам прихильної до нього старшини поради стосовно того, як протидіяти ревізії Румянцева і які відповіді давати на запитання посіпак Петра І. До південних кордонів, де були зосереджені основні сили козацького війська, вирушили посли Павла Полуботка. Під їхнім впливом козаки написали до імператорської канцелярії листа, у якому скаржилися на рішення Малоросійської колегії відрядити їх сюди, а також на негаразди, які через таке рішення змушене витримувати місцеве населення. Однак, як зазначає М. Грушевський, ці скарги, викладені у козацькій петиції, писаній у військовому таборі на ріці Коломак, лише ще дужче роздратували Петра І.

Саме на тлі цього роздратування таємна канцелярія Російської імперії розпочала слідство над Павлом Полуботком, а також над старшинами Чорнишем і Павичем, які супроводжували наказного гетьмана. Спочатку слідство вели переважно щодо адміністративної діяльності наказного гетьмана: кому і за що надані маєтки, куди витрачені кошти, чому на ту або іншу посаду призначено такого — то старшину тощо. Швидше справа пішла після повернення з України Румянцева. Одразу ж після того як майор надав у розпорядження таємної канцелярії зібраний ним в Україні «компромат», Павлу Полуботку оголосили звинувачення в державній зраді.

Наказного гетьмана й інших обвинувачених у сфабрикованій справі заарештували просто на вулицях Санкт — Петербурга. Документи тієї доби свідчать, що безпосередньою причиною такого арешту слугувало вручення Петру І через канцеляриста Івана Романовича ще одного листа, написаного українськими старшинами на річці Коломак. Цей лист, на відміну від попередніх скарг, містив прохання повернути виборність гетьмана і зберегти самоврядування в Україні. Як засвідчують сучасники, відповідний лист викликав у царя нестримну лють, він почав тупотіти ногами, кричати і наказав зривати з козацьких послів, котрі прибули з листом, шаблі.

Після ув'язнення Павла Полуботка у Петропавлівській фортеці Україною прокотилася ціла хвиля арештів. Почалися допити, під час яких до заарештованої старшини широко застосовували найжахливіші тортури. Що ж до самого Полуботка, то основними звинуваченнями для нього були зв'язок з Пилипом Орликом, а також надсилання в Україну інструкцій, які стосувалися тих, кого допитував Румянцев. Але, слід зауважити, звинувачення не витримували критики. Навіть після такої велетенської роботи царських нишпорок, яку провели напередодні, не було жодних доказів «зради» Павла Полуботка. У розпорядженні таємної канцелярії був лише привезений Румянцевим «компромат» — побутові скарги переважно завербованих Румянцевим людей, а також свідчення про ворожіння якоїсь вдови, яка передбачала Полуботку гетьманство, і таке інше. Як сказали б у наш час — справу було шито білими нитками. Проте такі обставини зовсім не бентежили посіпак Петра І. І це вкотре засвідчує факт, що російський імператор вів боротьбу не з наказним гетьманом Павлом Полуботком, а з самою державою Гетьманщина, яка кісткою в горлі стояла у Петра І, котрий мав низку імперських планів.

Тортури, що їх царські кати застосовували до Павла Полуботка і його товаришів, були жахливими. Як свідчать історичні джерела, за наказом царя — садиста людям робили на тілі надрізи, закладали туди сірку і підпалювали її, прикладали до тіла розпечене залізо, виламували руки. Незважаючи на це, Полуботок тримався мужньо. Свідченням мужності і високого патріотизму Полуботка є, зокрема, його промова, виголошена перед імператором напередодні смерті. Текст цієї промови до нас донесла легенда. У ній наказний гетьман докоряє Петру І за його азіатську політику стосовно України, за ту політику, яка руйнує одвічні козацькі вільності, традиції і звичаї. Перебуваючи на порозі смерті, Павло Полуботок закликає царя поводитися не як азіатський тиран, а як європейський монарх, пригадати про суд Божий, який «нікого не обійде», і надати Україні можливість жити вільно та заможно. На жаль, зараз ми не маємо ніякої можливості точно визначити, чи ця полум'яна промова й справді мала місце, чи лише була вкладена в уста наказного гетьмана нащадками, для яких Полуботок став героєм — мучеником.

Павло Полуботок помер наприкінці 1724 року, так і не побачивши світла після підземель Петропавлівської фортеці. І якщо навіть легендарна промова наказного гетьмана є лише міфом, незаперечним залишається такий факт: її слова про те, що гетьмана і царя має розсудити сам Бог, справдилися — руйнівник української Гетьманщини ненадовго пережив Павла Полуботка.

Політику Росії щодо української Гетьманщини, окрім одвічного намагання зруйнувати незалежність і державність останньої, вирізняла ще одна цікава деталь. Російська імперія, як, утім, до неї і Річ Посполита, завжди послаблювала свій тиск на козацтво напередодні чергової війни. Так сталося й у 1727 році, коли в Санкт — Петербурзі відчули, що наближається велика війна з Османською імперією. Однак крім війни, яка знову мала розпочатися за кілька років, були й внутрішньополітичні чинники, що обумовили послаблення наступу Російської імперії на автономію Гетьманщини.

Справи у середовищі політичного бомонду Росії після закінчення царювання Катерини І не можна назвати простими. Владні інтриги й підкилимові ігри колишніх фаворитів Петра І та лідерів нової формації не припинялися ні на мить, доводячи справедливість тези про те, що у тоталітарній державі, після того як міцна рука володаря поступається людині, котра стає на чолі країни випадково, все йде шкереберть. Саме так можна схарактеризувати період, коли титул імператора було покладено на Петра II, зовсім ще хлопчика, якому судилося прожити лише п'ятнадцять років, два з яких — бути імператором могутньої Російської імперії.

Наприкінці весни, 6 (17) травня 1727 року сорокатрирїчна імператриця Катерина І померла. Перед самою її смертю придворний міністр Бассевич терміново склав заповіт, підписаний замість хворої цариці її дочкою Єлизаветою. Згідно із заповітом, російський престол успадковував онук Петра І, Петро Олексійович.

Петро II, по суті ще дитина, не був здатний правити самостійно, внаслідок чого практично необмежена влада знаходилася у руках царедворців — спочатку в руках Олександра Меншикова, а потім — Остермана і Долгоруких. Як і під час царювання його попередниці, за Петра II управління державою здійснювалося за інерцією. Придворна еліта держави прагнула виконувати заповіти Петра Великого, проте консервація створеної ним політичної системи виявила всі закладені у ній недоліки. І насамперед ця система почала пожирати власних творців, розпочавши з Меншикова. Внаслідок закулісних інтриг вищих державних чиновників і придворних зірка колишнього фаворита Петра І згасла. Князя без суду, лише за результатами роботи слідчої комісії Верховної таємної ради, а також згідно з указом тринадцятирічного імператора, звинуватили у зловживаннях і казнокрадстві, позбавили всіх посад, нагород, майна, титулів, після чого він зі своєю сім'єю був засланий у сибірське містечко Березів Тобольської губернії. У засланні один із найвідоміших катів українського народу помер від епідемії віспи 12 листопада 1729 року.

Після падіння Олександра Меншикова до влади прийшли Долгорукі, і ситуація докорінно змінилася, хоча навряд чи можна сказати, що у кращий бік. Останні роки правління Петра II деякі історики схильні вважати «боярським царством»: багато з того прогресивного, що з'явилося при Петрі І, занепало, а старий лад, характерний для архаїчного Московського царства, став відновлюватися. Однак для України такі процеси у владі сюзерена мали, безперечно, позитивні наслідки, позаяк ослаблювали імперію.