Продолжением надводной части броневой палубы в районе от -2-м шп. до 13-го шп., от 13 до 93-го шп. над её скосами и от 93-го шп. до форштевня в той же горизонтальной плоскости служила плоская промежуточная (средняя жилая) палуба. Надводной и подводной настилы броневой палубы общей толщиной 40-55 мм собрали из двух, местами из трёх поясов судостроительной и броневой стали, из которых нижний из броневой стали везде имел толщину 15 мм. Нижний слой настила палубы проходил ниже броневого пояса до бортовой обшивки и крепился к ней расположенными снизу уголками. Толщина верхнего слоя средней горизонтальной части внутри цитадели составляла 20 мм, вне её 25 мм. Толщина верхнего слоя расположенных ниже КВЛ частей броневой палубы также составляла 25 мм, второго слоя верхнего пояса настила скосов палубы в районе от 13 до 93-го шп. 40 мм, второго слоя нижнего пояса 25 мм. В районе до 13 и после 93-го шп. толщина верхнего слоя настила скосов составляла только 25 мм. Согласно Groner [7], суммарная толщина броневых плит настила броневой палубы составляла 60-35 мм, броневых скосов 40-55 мм. Таким образом, лёгкая бортовая броня в оконечностях сочеталась с броневыми палубами ниже КВЛ.

Комингсы горловин угольных ям в районе от 69 до 76-го шп. и люков трапа у 30-го шп. пришлось изготавливать из поковок толщиной 100 мм. Отогнутые вверх листы настила общей толщиной 40-мм соединили на болтах с комингсами горловин и люков.

На “Блюхере” согласно источнику [10], броневая палуба также проходила от 2-го шп. до форштевня и также состояла из трёх частей, расположенных на трёх уровнях выше и ниже КВЛ, а её настил – из двух слоёв. В районе от 17 до 106-го шп. она располагалась горизонтально на 1 м выше КВЛ. В корме до 17-го шп. её продолжение относительно средней части опустили до уровня 0,15 м ниже КВЛ и в носовой оконечности после 106-го шп. – 0,8 м ниже КВЛ. На 17 и 106-м шп. части палубы соединили броневыми поперечыми переборками. Согласно Groner [7], суммарная толщина броневых плит настила палуб в разных частях составляла 50-70 мм.

На кораблях обоих типов батарейная и верхняя палубы были сплошными и проходили через весь корпус от форштевня и до ахтерштевня.

На крейсерах типа “Шарнхорст” батарейную палубу вне цитадели толщиной 8 мм, внутри цитадели 6-мм расположили на 2,2 м выше броневой и на 3,2 м выше КВЛ. Части батарейной палубы, расположенные над цитаделью вне каземата батареи, забронировали двумя слоями судостроительной стали: 10-мм нижним и 15-мм верхним. Нижний слой у бортов стыковался с бронированием цитадели и на 150 мм не доходил до обоих концов каземата. Верхний слой доходил до наружной кромки бронирования цитадели, а вдоль ДП до внутренней кромки бронирования каземата.

На “Блюхере” на 8-мм настил батарейной палубы вне каземата в районе с 17 по 40 1/2-го шп. и с 76 по 99-й шп. уложили ещё один слой, в районе вырезов портов и местах установки 150-мм орудий два слоя. Расположенный вне цитадели настил батарейной палубы из судостроительной стали имел толщину 12 мм, над цитаделью внутри каземата 8 мм.

На крейсерах типа “Шарнхорст” 8-мм верхнюю палубу расположили на 2,2 м выше батарейной палубы и на 5,4 м выше КВЛ. Верхнюю палубу забронировали только в частях, расположенных поверх каземата на батарейной палубе до каземата на верхней палубе. Бронирование состояло из двух слоёв судостроительной стали: 10-мм нижнего и 15-мм верхнего. Нижний слой на 150 мм перекрывал каземат на батарейной палубе и на 150 мм не доходил до каземата на верхней палубе. Верхний слой почти на 2 м выступал за пределы каземата на батарейной палубе и на 250 мм не доходил до каземата на верхней палубе. Настил верхней палубы из судостроительной стали, расположенный вне каземата на батарейной палубе и внутри каземата на верхней палубе, имел 8-мм толщину. Вокруг мачт и между шпилями и клюзами якорей толщину настила увеличили вдвое.

На “Блюхере” верхняя палуба состояла из трёх частей – от ахтерштевня до 30-го шп., крыши каземата на батарейной палубе и от 85-го шп. до форштевня.

Крышу каземата, как часть верхней палубы, покрыли двумя слоями, из них верхний из броневой стали.

На крейсерах типа “Шарнхорст” бронирование надстроечной (шлюпочной) палубы, она же спардек или палуба полубака, состоящее из двух слоёв судостроительной стали: 10-мм нижнего и 15-мм верхнего, произвели только над казематом на верхней палубе. Нижний слой выступал почти на 150 мм за пределы каземата верхней палубы, верхний – на 3 м. Нижний слой с боков доходил до внутренней кромки бронирования каземата, верхний до внешней. Настил надстроечной палубы из судостроительной стали, расположенной вне каземата на верхней палубе, имел толщину 8-мм. На палубе, подальше от стальных частей надстройки оборудовали посты главного и резервного компасов. В радиусе двух метров от места расположения компасов плиты и балки палубы изготовили из маломагнитной никелевой стали с 25% содержанием никеля.

Бронирование вращающихся частей башен представляло собой оптимальное сочетание формы и размеров, на крыше каждой башни установили бронированные колпаки командира башни и наводчика.

На крейсерах типа “Шарнхорст” обе башни имели 170-мм толщину лицевой и боковых стенок из плит никелевой стали с закалённым наружным слоем. Двери в задней стенке собрали из двух 50-мм бронированных плит, крышу и настил пола из 30-мм плит никелевой стали. Барбеты орудийных башен установили на опорной днищевой плите из двух 15-мм стальных листов. Броневые плиты стенок барбетов из 170-мм закалённой никелевой стали высотой 1,1м соединили внахлёст и свинтили гужонами. В плане барбеты имели форму окружности с внутренним диаметром 6,214 м и наружным 6,554 м. Верхняя кромка основания носового барбета возвышалась над КВЛ на 7,2 м, кормового на 5,0 м.

На “Блюхере” все башни имели 180-мм толщину лицевой и боковых стенок и 80-мм заднюю из плит никелевой стали с закалённым наружным слоем. Барбеты, имевшие в плане форму окружности с внутренним диаметром 6,3 м, собирали из четырёх плит. Барбет носовой башни установили на надстроечной палубе (палубе полубака), остальные на верхней.

На крейсерах типа “Шарнхорст” конические бронированные шахты орудийных башен, внутри которых смонтировали механизмы подачи боеприпасов, служили для подкрепления вращающихся частей башен и для защиты этих устройств и боеприпасов при их транспортировке. Установленные на батарейной палубе шахты доходили до верхнего края опорной плиты барбета, в верху они имели диаметр 4,1 м и суживались книзу. Коническую шахту кормовой башни собрали из четырёх согнутых 140- мм броневых плит, носовой – из шести такой же толщины. В стыках их соединили внахлёст и свинтили гужонами. Заднюю броневую плиту кормовой шахты и переднюю носовой для большей прочности соединили внахлёст и свинтили гужонами с возвышающающимися частями выгнутых броневых плит цитадели, установленными на батарейной палубе и имеющими в плане круглую форму. Люки и горловины для подачи боезапаса закрывались водонепроницаемыми броневыми крышками.

На “Блюхере” для подкрепления вращающихся частей орудийных башен и размещения механизмов подачи боеприпасов между верхней и батарейной палубами смонтировали цилиндрические бронированные шахты с внутренним диаметром 5,21 м, проходившие от дна барбета до опорной плиты, установленной на батарейной палубе. Ещё ниже вся конструкция передних бортовых башен опиралась на 48,49 и 50-й шп., задних на 68 1/2, 69 1/2 и 70 1/2-й шп.

На крейсерах типа “Шарнхорст” носовую боевую рубку, имевшую в плане овальную форму с размерами 3,4 (вдоль ДП) х 5,2 м, установили между 80 1/2 и 83 1/2-м шп. Стенки рубки собрали из 200-мм броневых плит никелевой стали с закалённым наружным слоем, в которых прорезали смотровые щели. Высота смотровых щелей над КВЛ составляла 11,3 м. Крышу изготовили из 30-мм плиты закалённой никелевой стали, настил пола из 30-мм плиты маломагнитной никелевой стали. Вход в рубку шириной 400 мм прикрыли стоявшей несколько отдельно 80-мм плитой никелевой стали. От настила пола рубки вниз до бронированной части батарейной палубоы, где имелся вход в центральной коридор, уходила бронированная шахта коммуникационной трубы с внутренними размерами 1250x750 мм и 100-мм броневыми стенками. Через эту трубу в расположенный под броневой палубой центральный коридор и далее свободно и легкодоступно проходили элементы системы рулевого управления и его указатели, механический телеграф, переговорные трубы, электрические и телефонные кабели, трубопроводы системы воздуха высокого давления (ВВД), противопожарной системы и другие устройства управления. Между батарейной и броневой палубами коммуникационную трубу с такими же внутренними размерами продолжили в виде шахты с 12-мм стенками из броневой стали.