Кардинал Альфредо Оттавиани, возглавлявший в то время Священную канцелярию, не был склонен изменять политике своего предшественника и наставника зловещего кардинала Мерри дель Валь. В ответ Оттавиани возразил, что любые нападки на Священную канцелярию являются «прямым оскорблением папы». Однако в век телевидения и средств массовой информации даже Священная канцелярия не могла оставаться безучастной к вопросам имиджа и общественного мнения. В 1965 году, по инициативе папы Павла VI, эта организация отказалась от названия, которое в течение столетий вызывало у людей страх и ненависть. С приходом нового префекта, югославского кардинала Франциска Сепера, она стала именоваться – менее зловеще, хотя и более напыщенно – как Конгрегация доктрины веры. Под этим громоздким названием бывшая инквизиция продолжает действовать и по сию пору, словно облагороженное название способно предать забвению ее кровавое прошлое. Впрочем, в 1997 году доктор Пол Коллинз, выпускник Гарварда и священнослужитель, писал, что «Священная канцелярия, возможно, и сменила свое название, однако идеология, на которой она базируется, осталась. Она определенно не изменила своих методов. Она по-прежнему принимает анонимные обвинения, не пытается разобраться в существе дела, лишь требует отречения от обвиняемого и продолжает использовать в качестве своих экспертов третьеразрядных теологов. Этому институту нет места в современной Церкви. Она не подлежит реформированию, а потому должна быть упразднена». Далее доктор Коллинз отмечает, что преступления Конгрегации доктрины веры по сути своей являются преступлениями всей римской курии, существующей исключительно для того, чтобы «быть опорой папизму… инструментом папской власти, а не церковной администрацией».

По словам не столь критично настроенного комментатора, Конгрегация «является инструментом, с помощью которого Святой престол осуществляет укрепление веры и бдительно следит за ее непогрешимостью. Таким образом, как таковая она является блюстителем католической ортодоксии. Не случайно она занимает первое место в официальном перечне конгрегации римской курии».

Приоритетное положение Конгрегации было узаконено папой Павлом VI, который вскоре после II Ватиканского собора заявил, что она «ведает вопросами величайшей важности». Она не является в настоящее время крупным учреждением. Не располагает она больше и возможностью посылать в разные уголки земного шара эскадроны фанатичных инквизиторов. Полагают, что она насчитывает где-то около тридцати человек, которые работают в ней на постоянной основе. Хотя их заявленный raison d'etre – оберегать «чистоту» вероучения, их подлинная цель – защищать власть папства и подавлять инакомыслие. Для этого они в тонкостях освоили то, что их префект именует «искусством сопрасседере» (итальянское слово, обозначающее откладывание решений), дабы давать ситуациям «созреть». Другими словами, Конгрегация будет действовать тогда, когда уверена в том, что способна сделать это безнаказанно, на своих собственных условиях, – к примеру, подвергнуть преследованиям, наказанию, лишить голоса или даже отлучить от Церкви инакомыслящего теолога. Когда же она не может действовать безнаказанно – например, когда имеется угроза бунта со стороны верующих, – Конгрегация будет всячески сдерживать перемены и процесс принятия решения и тянуть время. Тем временем она будет копить и пестовать негодование, возмущение и мстительность, почти любовно осуществляя свою месть. В середине 1990-х годов о чиновниках Ватикана ходил такой анекдот. В помещениях Конгрегации доктрины веры находят новорожденного младенца. Префект Конгрегации в шоке и думает, что виной тому один из его подчиненных-священнослужителей. Тем не менее монсеньор отводит его в сторону и пытается его успокоить: «Это, конечно, не мы. В этом заведении ничего не делается за девять месяцев». Еще один функционер соглашается и добавляет: «Ребенок – это очень деликатное дело, это плод любви. Следовательно, это, конечно, не мы». Из всех так называемых конгрегаций – или департаментов – курии Конгрегация доктрины веры является самой важной. Она занимает доминирующее положение в курии. Во всех списках она всегда указывается первой. В сущности, это самый мощный и влиятельный департамент Ватикана. Его официальный глава – сам папа. Высшим должностным лицом департамента, современным воплощением великого инквизитора, является префект. Согласно «Католической энциклопедии», первостепенной функцией Конгрегации «всегда было оказание содействия папе в задаче сохранения чистоты и целостности церковной доктрины веры и нравственности». По словам же более независимого комментатора, папство, со времен I Ватиканского собора 1870 года, если не раньше, «нацелено на то, чтобы поставить теологию под свой контроль», и Конгрегация представляет собой его главный инструмент в достижении этого. Конгрегация располагается в бывшем дворце инквизиции – в Каза Санта, просторном здании с внушительными воротами, находящемся на Виа дель Сант-Уффичо, рядом с собором Святого Петра. Прежние застенки были превращены в кабинеты и архивы. Именно из этой штаб-квартиры Конгрегация ведет свои дела, немалая часть которых имеет чисто судейский характер. Главой судебного отдела Конгрегации и по крайней мере двое из его помощников-судей всегда являются доминиканцы, чем поддерживается традиционная связь с изначальной инквизицией тринадцатого столетия. В 1967 году, когда Конгрегация доктрины веры взяла свое нынешнее название, для работы в тандеме с нею был создан еще один орган – Международная теологическая комиссия. Комиссии надлежало выступать в роли консультативного органа при Конгрегации. В 1976 году комиссия настойчиво рекомендовала Конгрегации использовать менее «инквизиционные» и более примирительные методы. В своей деятельности вплоть до настоящего времени Конгрегация мало учитывает этот совет. Один комментатор так охарактеризовал ее деятельность в последнее время:

Конгрегация доктрины веры занимается всяким теологом, преподавателем или священником, чьи заявления, письменные или устные, могут рассматриваться как отклонение от официальной доктрины. Приветствуются также доносы на подобных вероотступников со стороны теологов, преподавателей или священников. Как только Конгрегация начинает проводить свое расследование, на человека заводится досье, в которое включаются все мало-мальски значимые материалы – утверждения человека, подозреваемого в отклонении от догматов веры, вырезки из газет, другие подобные материалы, письма с жалобами от коллег или прихожан. В соответствии с порядком, установленным в 1971 году, члены и высокопоставленные функционеры Конгрегации собираются по субботам для рассмотрения открытого дела. Если они решают, что отступление от догматов вероучения действительно имеет место, следует неизбежная процедура, проводимая согласно заведенному порядку и неизменно в строжайшей тайне. Для начала Конгрегация связывается с непосредственным начальником обвиняемого, к примеру, с местным епископом, который принуждает его отречься от своих утверждений или изменить их. Если Конгрегация решает, что ложные или опасные взгляды провозглашаются в письменном виде, с автором могут связаться напрямую. Предупреждение от вышестоящего лица или самой Конгрегации будет первым полученным обвиняемым знаком того, что он находится под наблюдением. Ему будет дан месяц на то, чтобы ответить на выдвинутые против него обвинения. Его также могут приказным порядком вызвать в Рим для личной дачи объяснений. В 1978 году, вскоре после избрания понтификом Иоанна Павла II, Конгрегация провела следствие против французского доминиканца Жака Пойе и запретила ему осуществлять преподавательскую деятельность. Год спустя был лишен права преподавать теологию Ганс Кюнг, один из самых выдающихся католических теологов современности. Сразу же после этого он был уволен со своего поста на теологическом факультете Тюбингенского университета. Когда ему предложили другое место, которое не требовало лицензии от Рима, Кюнг так прокомментировал ситуацию: