Права автокефальных Московских митрополитов относительно подчиненных ему епархий соответствовали канонам (Апост. 34, 16, 20; I Всел. 4, 6; Ант. 9; IV Всел. 9, 19). Митрополиты созывали епископов на Соборы и председательствовали на них. Принято было за правило, чтобы архиереи собирались в Москву для совещаний не реже одного раза в год. В случае необходимости епископы собирались чаще. Бывало и так, что, собравшись в Москве по требованию обстоятельств, архиереи надолго задерживались в столице, составляя с малыми промежутками времени целый ряд Соборов, В иных случаях созывался Собор «из прилучившихся в Москве епископов», подобный Константинопольскому «синоду эндимуса». Для этого почти все архиереи имели в Москве свои постоянные подворья. Характерно и то, что в Соборах принимали участие не только архиереи, но и архимандриты, игумены, пресвитеры, носители светской власти: князья, цари, бояре.

Из Поместных Соборов Русской Церкви, когда она была автокефальной митрополией, особую историческую значимость имели следующие: 1491 г. — о продолжении пасхалии на 8 тысячу лет; 1503 г. — против жидовствующих и о монастырском землевладении; 1577 и 1549 гг. — о канонизации русских святых и 1551 г. — издавший свод законов об устроении церковного порядка — «Стоглав». Соборы созывались также и для решения текущих дел: рукоположения епископов на вдовствующие кафедры, суда над архиереями.

В 1589 г. при царе Федоре Иоанновиче, по хлопотам боярина Бориса Годунова, на Руси учреждено было Патриаршество. Первый Московский Патриарх святой Иов поставлен был при участии Вселенского Патриарха Иеремии II, который находился тогда в России для сбора милостыни. В мае 1590 г. Патриарх Иеремия созвал в Константинополе Собор, в котором участвовали Антиохийский Патриарх Иоаким и Иерусалимский Софроний. Рассказав собравшимся иерархам о богатстве и величии Московских церквей, щедрости и благочестии Русского царя и о просьбе царя устроить Русское Патриаршество, он просил Собор утвердить его «хрисовулл» — уложенную грамоту о доставлении в Москву Патриарха. Восточные Патриархи признали это дело «благодатным и благословенным» и приняли постановление: «Во-первых, признаем и утверждаем поставление в царствующем граде Москве Патриарха Иова, да почитается и именуется он и впредь с нами — Патриархами, и будет чин ему в молитвах после Иерусалима; а во главе и начале держать ему Апостольский престол Константинограда, как и другие патриархи держат; во-вторых, Патриаршее имя и честь дано и утверждено ныне не одному только господину Иову, но проиэволяем, чтобы по нем поставлялись Московским Собором Патриархи в России по правилам, как началось от сего сослужебника нашего смирения и во Св. Духе возлюбленного брата нашего Иова. Для того и утверждена сия уложенная грамота на память во веки, лета 1590, месяца мая»[262]. Грамоту подписали Патриархи: Константинопольский, Антиохийский, Иерусалимский (Александрийская кафедра тогда вдовствовала); и участвовавшие в деяниях Собора 42 митрополита, 19 архиепископов и 20 епископов. Таким образом, Московскому Патриарху указано было 5 место в диптихе, после Восточных Патриархов. Грамота об учреждении Патриаршества в России помещена в начале «Кормчей книги».

От Восточных Патриархов Русский Первосвятитель отличался прежде всего тем, что при нем не было постоянного Собора, Синода, какой в то время уже состоял при Патриархах на Востоке, а также тем, что наш Патриарх не являлся третьей инстанцией, возвышающейся над епархиальными епископами и митрополитами. Сан митрополита, присвоенный после поставления Патриарха архиереям Новгородскому, Ростовскому, Казанскому и Крутицкому, являлся у нас с этих пор простым титулом; по своим властным полномочиям эти архиереи оставались теми же епископами, какими были и другие владыки. Митрополичьих округов в Русской Церкви не существовало никогда.

Вопрос об образовании таких округов ставился у нас на Большом Московском Соборе в 1667 г. Восточными Патриархами и на Соборе 1682 г. царем Федором Алексеевичем, но в обоих случаях был отклонен. Русские архиереи подали челобитную царю Федору, умоляя его не делать архиепископов и епископов подвластными митрополитам, «дабы в архиерейском чине не было какого церковного разногласия и меж себя распри и высокости»[263]. Единственным следствием предложения царя Федора явилось незначительное увеличение числа епархий. После возвращения Киевской митрополии в юрисдикцию Московской Патриархии, в канун синодальной реформы, на огромной территории нашей Церкви находилось 24 кафедры: одна Патриаршая, 14 митрополичьих, 7 архиепископских и 2 епископских.

При Патриаршей кафедре открыты были приказы, которые первоначально заведовали делами Патриаршей области, впоследствии же их полномочия распространились на всю территорию Русской Церкви. Один из них именовался Приказом духовных дел, или Патриаршим Разрядом. Здесь готовились настольные грамоты духовным лицам, получавшим рукоположение от Патриарха, благословенные грамоты на сооружение церквей, а также вершился суд над клириками и мирянами. Казенный приказ распоряжался сборами, поступавшими в Патриаршую казну. Дворцовый приказ ведал хозяйством Патриаршего дома; в его подчинении находились все светские чиновники Патриарха. Персонал приказов составляли духовные и светские лица. Казенным приказом заведовал архиерейский казначей, обыкновенно из монахов. В Дворцовом приказе сидели светские чиновники — патриаршие бояре и дьяки. Патриарший Разряд до Большого Московского Собора 1667 г. тоже находился в ведении светских начальников — боярина с дьяками и подьячими. Однако Собор счел неприличным, чтобы духовные лица судились у мирян, и постановил следующее: дела по обвинению клириков должны рассматриваться судьями в духовном чине. Патриарший Разряд после этого разделили на два отделения: одно, где остались сидеть бояре и дьяки, для суда над мирянами, другое из духовных лиц — для суда над клириками.

Освященные Соборы при Патриархах созывались реже, чем при автокефальных Московских митрополитах, но Собор 1667 г. своим постановлением напомнил о древнем каноническом правиле о двукратном созывании Соборов в течение года (Апост. 37). Самым важным из Соборов XVII века были: Собор при Патриархе Филарете (1620 г.), подтвердивший сложившийся на Руси обычай перекрещивать латинян при их присоединении к Православной Церкви; Собор при Патриархе Никоне (1654 г.) об исправлении церковных книг; Собор 1656 г. с клятвами на старообрядцев; Большой Московский Собор с участием Восточных Патриархов (1666–1667 гг.), подтвердивший клятвы на старые обряды и низложивший Патриарха Никона.

В XVII веке особую остроту приобрел вопрос об участии царя в церковных делах. Уже в конце XV века после падения Константинополя и в связи с женитьбой Ивана III на принцессе из византийского дома Палеологов Софии, а также перенесением императорских регалий в Москву, но главным образом, конечно, вследствие того, что освободившееся от монголо-татарского ига, необычайно усилившееся Московское княжество стало единственным независимым и в этом смысле самодержавным православным государством, на Руси складывается учение о Москве — Третьем Риме. Старец псковского Елизарова монастыря Филофей в посланиях к Василию III и Ивану III, к дьяку Мисюре Мунехину приходит к выводу о том, что центр последней монархии Римской переходит из одного Рима в другой: из нового Рима, Константинополя, после «соединения греков с латынею на Осьмом соборе», царство, а вместе с ним и Церковь православная, «паки в третий Рим бежа, иже есть в новую, великую Русь… Внимай, Государю, — пишет старец великому князю, — яко вся христианския царства снидошася в твое едино: яко два Рима падоша, а третий стоит, и четвертому не быти, уже твое христианское Царство инем не останется. Един ты — во всей поднебесной Христианом царь»[264].