Начало преодоления этой трудности связано с перенесением центра тяжести в академических курсах с формы на материю, которое обнаруживается также и в попытках рассмотреть соотношение формы и материи сквозь призму таких понятий, как «бытие», «сущность» и «существование»; последнее было вызвано потребностью борьбы с томизмом.

Онтология томизма, как известно, является двойственной, она разделяет все бытие на бытие несотворенное и бытие сотворенное. Согласно взглядам томистов, абсолютным, необходимым, безусловным, несотворимым бытием обладает только бог. Бытие бога выводится из его сущности. Сущность и существование в боге совпадают, являются тождественными. В отличие от бога природные тела сами по себе не обладают бытием, они получают его только через причастность к божественному акту творения. Из их сущности не выводится существование. Различие сущности и существования в томизме представляется не только как мысленное, но и как реальное. Фома Аквинский перенес разграничение сущности и существования на материю и форму. Материя по своей сущности не имеет существования, но получает его от формы, которая в силу своей интеллегибельной природы причастна к божественным идеям, чистому бытию.

Критика этих взглядов велась профессорами киевской академии, в том числе и Прокоповичем, в трех направлениях: 1) они отрицали разделенность сущности и существования в природных телах и считали их едиными, нераздельными; 2) они возражали против того, что материя получает свое существование от формы, и утверждали, что она обладает собственным существованием, вытекающим из ее сущности; 3) в отличие как от Фомы, так и от Аристотеля некоторые из них утверждали, что основанием общего, а следовательно, и сущности в природных телах является материя, а различия и индивидуальности — форма. Поэтому принципом индивидуации у них служит не материя, как у Фомы, а форма.

Подобно своим предшественникам по киевской академии, Прокопович исходит из того, что сущность не может существовать вне того, сущностью чего она является. Сущность и существование являются определенностью природного тела и не отделимы от него и друг от друга. Повод же к постановке вопроса об их отделимости «дает томистская школа, которая учит, что материя не имеет собственного существования, но заимствует его целиком от своей формы… Мы же, — говорит Феофан о себе и своих коллегах, — стоим на противоположной точке зрения» (61, 69 об.). Она состоит в признании того, что материя «имеет свое собственное существование или сама является своим собственным существованием».

Взгляды Прокоповича выражали оппозицию томизму в понимании основания индивидуации (principium individuationis). Еще Аристотель утверждал, что форма — это то, что в вещах является общим, видовым, а материя — все то, что в них специфично, случайно, несущественно. Благодаря форме или сущности материя специфицируется, индивидуализируется, становится той или иной вещью. Хотя Аквинат и повторяет аристотелевский тезис о материи как об основании индивидуализации, он подвергает гилеморфизм Стагирита телеологизации. Ведь формы у него существуют не только в вещах и в отраженном виде в уме человека, но и до вещей, ante res, в уме творца как экземпляры, служащие моделью творения. В вещах они являются не совокупностью общих естественных признаков вещей, но их божественным идеальным компонентом. Прокопович пытается вернуться к пониманию формы как естественного, природного компонента тела, не несущего в себе ничего божественного или сверхъестественного. В этом форма не знает никакого преимущества перед материей. Последней, в его понимании, гораздо больше подходит название сущности, чем форме. Ибо тем общим, в чем едины все природные тела, что повторяется в каждом из них, у него выступает не форма, а материя. Материя подвергается спецификации, является тем, что специфицируется, а форма — тем, что придает материи специфику. «Это легко доказывается так, — говорит Феофан. — Разнообразные телесные субстанции, принадлежащие к различным видам, отличаются между собой природным способом. Ибо кто может сказать, что лев от осла, или вол от рыбы, или рыба от латука отличается очень мало. Материей, как мы видели, они не отличаются, следовательно, чем-то другим. Именно это я и называю формой» (61, 70 об.). Вместе с тем материя у Прокоповича не остается только пассивным основанием, субъектом, преемлющим спецификацию. Она «не бездеятельна», не мертва, но исполнена внутренних усилий, желаний, порывов навстречу форме. Поэтому в акте спецификации материя принимает активное участие. Для Прокоповича материя является основанием единства тел, а основанием их различия — форма.

Наиболее сильные стороны в учении Прокоповича о материи связаны с развитием современного ему естествознания. К ним нужно отнести: 1) признание мыслителем единства и однородности материи во всех природных телах; 2) его утверждение о том, что материя не возникает и не уничтожается, а остается количественно неизменной при всех ее превращениях.

Материя понималась в киевской академии как обладающая многообразными определениями. К числу этих определений относится и то, что материя является субстратом, тем, из чего состоят все физические тела. Этот субстрат, по мнению Прокоповича, одинаков во всех телах. «Всем вещам, — пишет он, — присуща та же самая материя» (61, 71 об.). «Материя общая и одинаковая во всех телах, хотя формы и различны» (124, 204 л.). Он подчеркивает единство материи не только во всех телах неживой природы, но и во всех телах живой природы. |«Нет необходимости, — заявляет Феофан, — считать материю льва отличной от материи камня на том основании, что тот живет, а этот нет» (там же, 167 об.). Это относится и к самому человеку. «Хотя человек более знаменит, чем само небо, однако и он из той же, что все прочее, материи состоит» (там же, 166 об.). Возрождение этих взглядов античных мыслителей роднит Прокоповича с Бернардино Телезио, Николаем Кузанским, Джордано Бруно, Галилео Галилеем, пришедшими к выводу о физической однородности материи в мире.

Материя, по мнению Прокоповича, выступает основанием единства природных тел не только тогда, когда она рассматривается как их субстрат, но и тогда, когда она рассматривается как субъект всех изменений. Под субъектом в данном случае понимается то, что подвергается изменениям, переходит от одного изменяющегося тела к другому.

Рассматривая материю как общий субъект всех изменений, Прокопович высказывает глубоко диалектическую мысль о «взаимном переходе подлунных тел». Уже пример, которым она иллюстрируется, содержит в себе догадку о круговороте веществ в природе: из земли возникает растение, из растения плод, из плода пища, из пищи тело человека, из тела человека труп, из трупа червяк, из червяка земля. Эта догадка была высказана еще античными авторами и доказана естествознанием XIX в., но то, что из обширного наследия прошлого она отбирается Прокоповичем (как, впрочем, и другими профессорами киевской академии, она повторяется почти в каждом курсе), свидетельствует об определенной философской направленности его взглядов. Ведь каждый мыслитель выбирает из анналов истории философии прежде всего то, что так или иначе близко его воззрениям, перекликается с ними, подтверждает и обосновывает их.

Положение о единстве, однородности материи природных тел распространяется Прокоповичем и на понимание соотношения земных и небесных тел. Благодаря этому оно сразу же приобретает ярко выраженный антисхоластический характер. Возвышение, идеализация божественного, небесного и принижение земного, телесного, человеческого, их отрыв друг от друга лежали в основе средневекового теологического мировоззрения. Церковники и схоласты абсолютизировали утверждение Аристотеля о различии небесной и земной материи, полностью противопоставив их друг другу. Прокопович же, отрицая идеализацию и одушевленность неба, пишет: «Утверждение о том, что небеса одушевлены, кажется не менее смешным и абсурдным, чем признание всего мира живым существом, как мы перед этим видели. Однако было немало и знаменитых имен, которые принимали эту бессмыслицу. И прежде всего Платон, имевший многих последователей. Аристотель… тоже самое признает в книге второй „О небе“» (61, 167 л.). Основываясь на достижениях современного ему естествознания, на работах Коперника, Галилея, Кеплера и развиваемых ими естественнонаучных взглядах, Прокопович приходит к убеждению, что «небо состоит из материи» (там же, 171 об). Он подвергает критике Аристотеля: «И все же я со всей убедительностью доказываю, что материя небес совершенно не отличается от материи подлунных тел. В этом мы не разделяем учения Аристотеля… что иная там материя… такое рассуждение ошибочно» (там же, 166 об.). Здесь Прокопович не только отходит от схоластического мировоззрения, он подвергает его критике в одной из основополагающих частей.