Калита решает построить по аналогии с придворными монастырями Андрея Боголюбского и Всеволода Большое Гнездо придворный мужской монастырь. Для этого к построенной на великокняжеском дворе церкви Преображения были переведены в 1330 году иноки Данилова монастыря. Одновременно закладывается белокаменный Архангельский собор, ставший усыпальницей московских князей. И снова прямой намек на Киев, покровителем которого считался архангел Михаил, изображенный и на гербе города.
Примечательное обстоятельство. В одну из своих поездок в Орду Калита получает в подарок от хана Узбека восточную шапку-тюбетейку, которая со временем отделывается мехом и драгоценными каменьями и получает название шапки Мономаха. Ею начинают венчаться на царство московские князья.
Наконец в ноябре 1339 года начинается строительство мощных кремлевских стен «в едином дубу», окончания которого Калите не довелось увидеть: он умер 31 марта 1340 года, приняв перед кончиной постриг под именем Анания. Согласно духовной великого князя его земли были разделены между тремя сыновьями: Семеном, Иваном и Андреем.
Обитель на берегу Москвы-реки была забыта, хотя около нее к тому времени уже выросло монастырское поселение Даниловское. Но внимания великих князей она к себе не привлекала вплоть до эпизода с великим князем Иваном III, описанного в «Степенной книге».
Во время поездки великого князя на охоту вблизи Данилова монастыря споткнулся конь под одним из бояр, и перед ним появился светозарный муж со словами: «Не бойся меня, я христианин и господин сего места. Имя мое Даниил, князь Московский. По воле Божьей и положен здесь. Скажи от меня великому князю: „Сам ты утешаешь себя, а меня забыл, но не забыл меня Бог“.
Переданные Ивану III слова видения возымели относительное действие. Великий князь распорядился петь отныне в старом храме соборные панихиды и раздавать милостыню в память о своем предке. Но свою бурную строительную деятельность – в это время шло в Кремле строительство дошедших до наших дней соборов – на древний монастырь не распространил. Решение о возрождении святыни принял его 17-летний внук Иван Грозный. В 1547 году, одновременно с коронацией на царство.
В январе 1547 года Иван Васильевич объявил боярам и митрополиту Макарию о своем желании принять новый титул – царя. Собственно, и раньше отца и деда Грозного величали иногда царями, но в принципе этот титул применялся к татарскому хану Золотой Орды. Однако уже более полувека, как Орда распалась – в 1480 году. Московское княжество превратилось в единое и независимое государство. Титул царя должен был окончательно подтвердить произошедшие перемены. В свою очередь, закладываемый в Даниловской обители каменный храм в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов и образование там монастыря на началах общежития свидетельствовали о древности царского рода. Грозный установил: к месту погребения Даниила Александровича Московского ежегодно совершать крестный ход и служить панихиду.
Первый во Вселенской церкви храм с таким посвящением был освящен митрополитом Макарием в 1561 году. А спустя ровно тридцать лет Данилову монастырю пришлось участвовать в обороне Москвы от крымского хана Казы-Гирея.
Нападение это было актом открытого и никак не ожидаемого московским правительством предательства. Брат и с 1588 года преемник крымского хана Ислама, Казы-Гирей жил в полном мире с Москвой. Более того – обменивался дружескими письмами с царем Федором Иоанновичем, вернее, правившим государством Борисом Годуновым, ограничиваясь набегами на Литву. И в 1591 году внезапно вторгся в пределы Московского государства, перешел Оку, разбил наголову воеводу Бахтеярова и подступил с войском в сто пятьдесят тысяч человек к Москве. И тем не менее здесь его ждал полный разгром, начало которому положило сражение у стен Данилова монастыря. Казы-Гирей вскоре обратился в бегство, оставив значительную часть обоза. Недалеко от Тулы русским удалось взять в плен около тысячи крымчаков.
Все это не помешало Казы-Гирею снова завести переписку с московским царем, просить Федора Иоанновича о возобновлении дружбы, ради которой крымский хан якобы готов был «отложиться» от Порты. Через три года крымчаку удалось добиться примирения с московским царем, получить от него десять тысяч рублей и множество ценных подарков. Денежные дары продолжали удерживать его дружбу вплоть до начала правления «боярского царя» Василия Шуйского.
Уже не против крымчаков, а против мятежных отрядов Ивана Болотникова собирает в 1606 году у стен Данилова монастыря свои дружины народный любимец полководец Михаил Скопин-Шуйский.
Очередные бои развертываются у Данилова монастыря в сентябре 1610 года, когда монастырские стены были сильно повреждены ядрами «Тушинского вора» – Лжедмитрия II. И каждый раз победу одерживают правительственные войска – «под благословенной сенью обители первого нашего князя», как напишут историки XIX столетия.
При первом царе из рода Романовых монастырь полностью восстанавливается и отстраивается. Алексей Михайлович и патриарх Никон приказывают перенести останки князя Даниила Александровича в храм Святых Отцов Семи Вселенских Соборов и положить в серебряную раку. Одновременно князь Даниил был причислен к лику святых Русской православной церкви.
Особенно большие потери несет монастырь во время наполеоновского нашествия. Обитель была полностью разорена и заново восстановлена после победы над Наполеоном. С начала XX века здесь существовала богадельня для служителей церкви и вдов из духовного звания, отличавшаяся, по замечанию современников, особо трогательной заботой о своих подопечных.
Все это время не прекращалась и застройка монастыря. В конце XVII века обитель была обнесена кирпичной стеной с семью башнями и надвратной церковью над северными воротами. В XVIII веке приобретает свой окончательный вид собор Семи Вселенских Соборов с церковью Даниила Столпника. В 1838 году заканчивается строительство церкви Троицы по проекту известного московского архитектора Е. Д. Тюрина. От XVII столетия остался Братский корпус.
