Наконец Архиепископ Геннадий открыл ересь в Новегороде: собрав все об ней известия и доказательства, прислал дело на суд Государю и Митрополиту вместе с виновными, большею частию Попами и Диаконами; он наименовал и Московских их единомышленников, кроме Зосимы и Дьяка Федора Курицына. Государь призвал Епископов, Тихона Ростовского, Нифонта Суздальского, Симеона Рязанского, Вассиана Тверского, Прохора Сарского, Филофея Пермского, также многих Архимандритов, Игуменов, Священников и велел Собором исследовать ересь. Митрополит председательствовал. С ужасом слушали Геннадиеву обвинительную грамоту: сам Зосима казался изумленным. Архиепископ Новогородский доносил, что сии отступники злословят Христа и Богоматерь, плюют на кресты, называют иконы болванами, грызут оные зубами, повергают в места нечистые, не верят ни Царству Небесному, ни Воскресению мертвых и, безмолвствуя при усердных Христианах, дерзостно развращают слабых. Призвали обвиняемых: Инока Захарию, Новогородского Протопопа Гавриила, Священника Дионисия и других (глава их, Алексий, умер года за два до сего времени). Они во всем заперлися; но свидетельства, Новогородские и Московские, были несомнительны. Некоторые думали, что уличенных надобно пытать и казнить: Великий Князь не захотел того, и Собор, действуя согласно с его волею, проклял ересь, а безумных еретиков осудил на заточение. Такое наказание по суровости века и по важности разврата было весьма человеколюбиво. Многие из осужденных были посланы в Новгород: Архиепископ Геннадий велел посадить их на коней, лицом к хвосту, в одежде вывороченной, в шлемах берестовых, острых, какие изображаются на бесах, с мочальными кистями, с венцом соломенным и с надписью: се есть Сатанино воинство! Таким образом возили сих несчастных из улицы в улицу; народ плевал им в глаза, восклицая: се враги Христовы, и в заключение сжег у них на голове шлемы. Те, которые хвалили сие действие как достойное ревности Христианской, без сомнения осуждали умеренность Великого Князя, не хотевшего употребить ни меча, ни огня для истребления ереси. Он думал, что клятва церковная достаточна для отвращения людей слабых от подобных заблуждений.

Но Зосима, не дерзнув на Соборе покровительствовать своих обличенных тайных друзей, остался в душе еретиком; соблюдая наружную пристойность, скрытно вредил Христианству, то изъясняя ложно Св. Писание, то будто бы с удивлением находя в нем противоречия; иногда же, в порыве искренности, совершенно отвергая учение Евангельское, Апостольское, Святых Отцов, говорил приятелям: «Что такое Царство Небесное? что второе пришествие и воскресение мертвых? кто умер, того нет и не будет». Придворный Дьяк Федор Курицын и многие его сообщники также действовали во мраке; имели учеников; толковали им Астрологию, иудейскую мудрость, ослабляя в сердцах Веру истинную. Дух суетного любопытства и сомнения в важнейших истинах Христианства обнаруживался в домах и на торжищах: Иноки и светские люди спорили о Естестве Спасителя, о Троице, о святости икон, и проч. Все зараженные ересию составляли между собою некоторый род тайного общества, коего гнездо находилось в палатах Митрополитовых: там они сходились умствовать и пировать. — Ревностные враги их заблуждений были предметом гонения: Зосима удалил от церкви многих Священников и Диаконов, которые отличались усердием к православию и ненавистию к Жидовскому расколу. «Не должно (говорил он) злобиться и на еретиков, Пастыри духовные да проповедуют только мир!»

Так повествует Св. Иосиф, основатель и начальник монастыря Волоколамского, Историк, может быть, не совсем беспристрастный: по крайней мере смелый, неустрашимый противник ереси: ибо он еще во времена Зосимина Первосвятительства дерзал обличать ее, как то видим из письма его к Суздальскому Епископу Нифонту. «Сокрылись от нас, — пишет Иосиф, — отлетели ко Христу древние орлы Веры, Святители добродетельные, коих глас возвещал истину в саду Церкви и которые истерзали бы когтями всякое око, неправо зрящее на божественность Спасителя. Ныне шипит тамо змий пагубный, изрыгая хулу на Господа и Его матерь». Он заклинает Нифонта очистить Церковь от неслыханного дотоле соблазна, открыть глаза Государю, свергнуть Зосиму: что и совершилось. Уверился ли Великий Князь в расколе Митрополита, неизвестно; но в 1494 году, без суда и без шума, велел ему как бы добровольно удалиться в Симонов, а оттуда в Троицкий монастырь за то, как сказано в летописи, что сей Первосвятитель не радел о Церкви и любил вино. Благоразумный Иоанн не хотел, может быть, соблазнить Россиян всенародным осуждением Архипастыря, им избранного, и для того не огласил его действительной вины.

Преемник Зосимы в Митрополии был Игумен Троицкий, Симон. Здесь летописцы сообщают нам некоторые весьма любопытные обстоятельства. Когда Владыки Российские в Великокняжеской Думе нарекли Симона достойным Первосвятительства, Государь пошел с ним из дворца в церковь Успения, провождаемый сыновьями, внуком, Епископами, всеми Боярами и Дьяками. Поклонились иконам и гробам Святительским; пели, читали молитвы и тропари. Иоанн взял будущего Архипастыря за руку и, выходя из церкви, в западных дверях предал Епископам, которые отвели его в дом Митрополитов. Там, отпустив их с благословением, сей скромный муж обедал с Иноками Троицкого монастыря, с своими Боярами и Детьми Боярскими. В день посвящения он ехал на осляти, коего вел знатный сановник Михайло Русалка. Совершились обряды, и новый Митрополит должен был идти на свое место. Вдруг священнодействие остановилось; пение умолкло: взоры Духовенства и Вельмож устремились на Иоанна. Государь выступил и громогласно сказал Митрополиту: «Всемогущая и Животворящая Святая Троица, дарующая нам Государство всея Руси, подает тебе сей великий престол Архиерейства руковозложением Архиепископов и Епископов нашего Царства. Восприими жезл Пастырства; взыди на седалище старейшинства во имя Господа Иисуса; моли Бога о нас — и да подаст тебе Господь здравие со многоденством». Тут хор певчих возгласил Исполлаэти Деспота. Митрополит ответствовал: «Всемогущая и вседержащая десница вышнего да сохранит мирно твое Богопоставленное Царство, Самодержавный Владыко! Да будет оно многолетно и победительно со всеми повинующимися тебе Христолюбивыми воинствами и народами! Во вся дни живота твоего будя здрав, творя добро, о Государь Самодержавный!» Певчие возгласили Иоанну многолетие. — Великие Князья всегда располагали Митрополиею, и нет примера в нашей Истории, чтобы власть духовная спорила с ними о сем важном праве; но Иоанн хотел утвердить оное священным обрядом: сам указал Митрополиту престол и торжественно действовал в храме: чего мы доселе не видали.

К успокоению правоверных новый Митрополит ревностно старался искоренить Жидовскую ересь; еще ревностнее Иосиф Волоцкий, который, имея доступ к Государю, требовал от него, чтобы он велел по всем городам искать и казнить еретиков. Великий Князь говорил, что надобно истреблять разврат, но без казни, противной духу Христианства; иногда, выводимый из терпения, приказывал Иосифу умолкнуть; иногда обещал ему подумать и не мог решиться на жестокие средства, так что многие действительные или мнимые еретики умерли спокойно; а знатный Дьяк Федор Курицын еще долго пользовался доверенностию Государя и был употребляем в делах Посольских.

Заключение Андрея, Иоаннова брата. Смерть его и Бориса Васильевича. Посольства Императора Римского и наши к нему. Открытие Печорских рудников. Посольство Датское, Чагатайское, Иверское. Первое дружелюбное сношение с Султаном. Посольства в Крым. Литовские дела. Смерть Казимира: сын его, Александр, на троне Литовском. Неприятельские действия против Литвы. Переговоры о мире и сватовстве. Злоумышление на жизнь Иоаннову. Посольство Князя Мазовецкого в Москву. Мир с Литвою. Иоанн отдает дочь свою, Елену, за Александра. Новые неудовольствия между Россиею и Литвою.