Роль его раскрыта была довольно скоро, — тогда он открыто поступил на службу в Охранное Отделение. В деле полицейского розыска тогда царила полная рутина: малограмотные и мало интересующиеся своим делом чиновники работали по методам, которые они усвоили от своих предшественников. Способный, быстро схватывающий существо вопросов и быстро ориентирующийся в запутанной обстановке, владеющий пером и даром убеждающей речи, хороший организатор, а главное — человек интересующийся делом полицейского сыска и любящий его, Зубатов быстро выдвинулся из среды окружавших его бездарностей. Меньше чем через десять лет он стал начальником московского Охранного Отделения, в руках которого было сосредоточено дело политического розыска в доброй половине Империи. Энергично и смело он проводит ряд реформ технического характера: вводит фотографирование всех арестуемых, применяет дактилоскопию, разрабатывает и систематизирует дело наружного наблюдения, впервые в России создавая кадры хороших филеров. Он был тем, кто первый поднял в России технику полицейского сыска до того уровня, который был им достигнут в Западной Европе. Для русской политической полиции эти годы были годами настоящей «охранной реформации».

Но планы Зубатова шли значительно дальше, чем простое «уловление» революционеров. В годы, когда началось массовое рабочее движение, он вопрос о борьбе с революцией поставил, как вопрос политический. Основную опасность для самодержавия, поклонником которого он был, он видел в том, что революционерам удается привлекать на свою сторону широкие рабочие массы. Поскольку движение стало массовым, победить его одними мерами репрессий ему казалось невозможным. Стратегическая задача правительства в борьбе с революционным движением, по его мнению, должна была состоять в разделении сил противника, — во внесении раскола между революционной интеллигенцией, ставящей политические цели республиканского характера, и рабочими массами, идущими вместе с революционерами только потому, что последние содействуют их борьбе за улучшение материального положения. Соответственно этой оценке положения проводимая им политика была двусторонняя: с одной стороны, он выступал в качестве сторонника развития законодательства об охране труда, нередко поддерживая рабочих в их конфликтах с предпринимателями, если эти конфликты носили чисто экономический характер, и добивался разрешения рабочим создавать под покровительством полиции легальные общества для защиты своих чисто экономических интересов. И в тоже время, с другой стороны, он был рад нарастанию крайних революционных настроений в среде интеллигенции и даже, поскольку мог, содействовал развитию подобных настроений. «Мы вызовем вас на террор, — хвастливо заявлял он в минуты откровенности, — и раздавим». Этот план отличался полным непониманием механики социальных процессов, но он был очень смел, — в этом ему отказать нельзя: честолюбивый и властный, полный далеко идущих планов, Зубатов был крайне самонадеян, любил играть с огнем и очень скоро проиграл в этой игре.

В соответствии с этими задачами Зубатов большое внимание обращал на дело развития своей «внутренней агентуры» в революционных организациях. Эта область полицейской работы была его любимой областью. Позднее, находясь уже на покое, он говорил, что «агентурный вопрос», это — «святая святых» его воспоминаний: «для меня, — заявлял он, — сношения с агентурой — самое радостное и милое воспоминание». Он умел завербовывать подобных «агентов», — умел и руководить ими, охранять от «провалов», научать искусству пролезания на высшие ступени революционной иерархии.

Своим помощникам, — молодым жандармским офицерам и охранным чиновникам, которых он припускал к делу сношения с секретными агентами, — Зубатов внушал такое же отношение к этим последним. «Вы, господа, должны смотреть на сотрудника, как на любимую женщину, с которой находитесь в тайной связи. Берегите ее, как зеницу ока. Один неосторожный шаг и вы ее опозорите», — так наставлял Зубатов жандармскую молодежь.

Из всех «любимых женщин» этого своеобразного возлюбленного, прибывший из-за границы Азеф быстро стал наиболее «любимой». Увы, именно на нем то и пришлось Зубатову убедиться, как рискованно полагаться на «сердце красавицы», — даже если она приписана к Охранному Отделению. Позднее, после разоблачения Азефа, Зубатов в частном письме дал верную его характеристику:

«Азеф, — писал он, — был «натура. чисто аферическая… на все смотрящий с точки зрения выгоды, занимающийся революцией только из-за ее доходности и службой правительству не по убеждениям, а только из-за выгоды». Но это понимание, — как горькое похмелье, — пришло только много позднее. В те же годы, к которым относится рассказ, Зубатов, зная превосходно «корыстолюбие» своего «пронырливого» агента, заботливо наставлял его в тайнах охранной премудрости и бережно проталкивал к самым центрам революционных организаций. Учеником Азеф был весьма способным, и руководимая столь опытным кормчим ладья плыла по течению без толчков и без аварий.

Несомненно не без помощи Зубатова Азеф нашел хорошее место по своей специальности, как инженер, — в московской конторе Всеобщей Электрической Компании. Стал членом «общества вспомоществования лицам интеллигентных профессий», в состав которого тогда входил весь цвет московской интеллигенции. Стал сотрудником журнала этого общества. Завел широкие знакомства и бывал на различных вечеринках, собраниях, банкетах, которые тогда время от времени удавалось устраивать.

В своих докладах Зубатову Азеф подробно рассказывал обо всем, что узнавал интересного из жизни революционного мира. В этих вопросах он был совершенно «беспартийным»: от него Зубатов получил ряд сведений о руководителях тогдашнего московского комитета социал-демократов, о виленской типографии издательской группы «Социал-демократическая Библиотека» и т. д. Но основное его внимание, конечно, обращено на московский «Союз социалистов-революционеров». Этот Союз в то время быстро развивал свою деятельность, и приступил к изданию своего органа, — журнала «Революционная Россия», который вскоре стал Центральным органом всей партии социалистов-революционеров. Типографию устроили в Финляндии, около ст. Тали, в имении одной помещицы, сочувствовавшей взглядам партии. К редактированию органа были привлечены два крупных писателя народнического направления, — В. А. Мякотин и А. В. Пешехонов. Первый номер напечатан был в январе 1901 г., но помечен он декабрем 1900-го, так как печатание несколько запоздало. За ним вскоре последовал второй.

Оба они были довольно широко распространены по России. Интерес к ним среди народнически настроенной интеллигенции возрастал.

Параллельно с этим рос интерес к данной группе и у Зубатова.

Состав Союза теперь он знал, и произвести аресты его главных деятелей ему не представляло труда. Но у него были более далеко идущие планы. Производить аресты отдельных лиц он вообще не любил. Обычно он давал организации время «назреть», подробно выяснял все ее разветвления и затем производил большие аресты, тщательно при этом заботясь о том, чтобы его «агент» при этом не был «провален», а, наоборот, имел бы возможность продвинуться вверх по лестнице революционной иерархии. Лучше оставить на свободе нескольких явных революционеров, чем провалить одного полезного агента, — таков был основной принцип Зубатова во время подобных арестов.

Руководимый Зубатовым Азеф в своих сношениях с руководителями Союза держался умно и осторожно. Он объявил себя «сочувствующим» и ни в какой мере не навязывал своего знакомства, никогда ни о чем не расспрашивал, не проявлял подозрительного любопытства. В общих разговорах он не скрывал, что скептически смотрит на возможность создания крупных организаций и особенно прочной постановки революционной издательской деятельности внутри России: полицейские репрессии, по его мнению, слишком сильны. Гораздо более разумно такого рода издательские предприятия ставить заграницей; что он с самого начала советовал и в отношении органа Союза. Он признавал только один метод борьбы, — террор. В то время, как москвичи, будучи террористами в теории, на практике никаких шагов n этом направлении не делали, считая, что это дело будущего, — Азеф все время выставлял себя сторонником немедленного перехода к террористической борьбе. Всякая другая форма революционной деятельности ему казалась «пустяками»: «главное ведь террор!», — заявлял он. И когда весною 1901 г. прозвучал выстрел Карповича, Азеф радостно заявил: «ну, кажется, террор начался!» Выступая с такими заявлениями, Азеф продолжал ту линию, которую он начал еще заграницей. Но теперь она была не его только личной линией: за ним, несомненно, стоял Зубатов.