В 1683 г. между гетманом Самойловичем и московским патриархом Иоакимом началась оживленная переписка о постановке в Киеве нового митрополита. Наиболее подходящей кандидатурой оказался Луцкий и Острожский епископ Гедеон, князь Четвертинский; он был представителем древней фамилии, ведущий свой род от Ярослава Мудрого. Епископ Гедеон строго придерживался православной веры и был известен своей борьбой с унией; он высказывал свое расположение к церковным властям Москвы. Митрополита утвердил собор, созванный в Москве в 1685 г. в помещении Успенского собора; утверждение происходило в торжественной обстановке. Однако собор, созванный вскоре в Киеве, высказал протест против избрания Гедеона, поскольку митрополита в Киеве должен утверждать константинопольский патриарх. Чтобы придать законность акту избрания, гетман Самойлович и Гедеон Четвертинский послали в Москву просьбу царю и патриарху отправить к константинопольскому патриарху посольство с тем, чтобы получить его согласие на подчинение киевской митрополии московскому патриархату; при этом они просили оставить Киеву принадлежавшие ему привилегии. В 1687 г. константинопольский патриарх с согласия других восточных патриархов прислал грамоту, утверждающую новый порядок. Так официально закончилось двухвековое разделение единой Русской Церкви; до раздела Польши в конце XVIII в. там осталась Русская Церковь в двух видах: православная и униатская, и у каждой из них была своя драматическая история. В 1688 г. особым указом киевскому митрополиту было запрещено именоваться митрополитом «всея Руси». После смерти митрополита Гедеона Четверинского в 1690 г. его преемником стал Варлаам Ясинский, законно избранный и утвержденный уже в Москве.

В XV и XVI вв. культурная жизнь России находилась в состоянии глубокого сна. Ее убаюкивали рассказы о Москве как третьем Риме и о том, что после падения Константинополя сохранить чистоту Православия предназначено России. В это время в Западной Европе происходил бурный переход от позднего средневековья к Возрождению. Он сопровождался коренными преобразованиями в области государственной, церковной и культурной; по словам нашего историка С. Соловьева, это был переход «из одного возраста в другой, из возраста, где господствует чувство, в возраст, где господствует мысль». Правда, маятник истории обычно заносит по инерции слишком далеко в ту или иную сторону, что приводит к явлениям уродливым, поскольку, как известно, дерево жизни не есть древо познания. Поэтому консервативность православия Церкви содержит свою правоту, но тоже далеко не всю; плохо, если религиозные организации поощряют невежество и суеверия; здесь необходимо равновесие, выражаемое основополагающим принципом «неслиянно и нераздельно». По поводу высказанных соображений С. Соловьев, вспоминая события франко-прусской войны XIX в. с одной стороны и войны, где участвовала Жанна д’Арк, с другой, говорит: «Горе народу, который равнодушно смотрит, как разрушают алтари и убивают их служителей; наука со всеми ее чудесами не спасла этого народа, а было время, когда этот же самый народ в подобных же обстоятельствах был спасен простою крестьянкой, действовавшей с религиозным одушевлением». Упомянутое «по-взросление» западной цивилизации сопровождалось появлением целой плеяды гениальных творцов. Среди них, несомненно, фигурирует живший в XV в. кардинал Николай Кузанский – великий философ, богослов и математик. Впитав многие достижения античности и средневековья, он создал направления, по которым двигалась философия и наука нового времени. Его рассуждения о бесконечности Вселенной и относительности движения находящихся в ней тел послужили основой для трудов Коперника, Кеплера, Галилея и Бруно, а формулировка богословских проблем в понятиях физико-математических предвосхитили некоторые открытия создателей математики и физики нового времени Ньютона и Лейбница. Фрэнсис Бэкон утвердил решающую роль эксперимента в естественных науках, а философ и математик Рене Декарт сделал ряд выдающихся открытий в области математики и считается основателем новой европейской философии. Принято считать, что Церковь отправила на костер Джордано Бруно за его упорное нежелание признать, что Солнце движется вокруг Земли, а не наоборот. В действительности это не так – Галилея освободили сразу после того, как он признал правильным птолемеевское описание движения планет и Солнца; в этом признании он не действовал против своей научной совести – оба описания, и коперниковское, и птолемеевское, верны, отличаются они лишь выбором системы координат – коперниковская связывает начало системы с центром Солнца, а птолемеевская – с центром Земли; первое описание удобнее, естественнее и нагляднее. Об этом Галилей наверняка знал, и Бруно – тоже; Бруно сожгли за его резкие выпады против Церкви, за его борьбу с ней. В истории Русской Церкви есть аналог этому печальному событию, за которое католическая Церковь недавно покаялась. Однажды старовер-раскольник беседовал с патриархом: «Что за ересь и хула двумя перстами креститься? – спросил у патриарха раскольник, – за что тут жечь и пытать?» Патриарх ответил так: «Мы за крест и молитву не жжем и не пытаем, жжем за то, что нас еретиками называют и не повинуются святой Церкви, а креститесь, как хотите». Тем не менее, православная Церковь, самая консервативная среди христианских конфессий, надолго, почти на два века, задержала проникновение в Россию и распространение в ней западных наук. Главным тормозом для культурного и научного развития России служило жесткое религиозное и государственное единство, сильное в XV–XVII вв. Однако уже Иван Грозный осознал необходимость просвещения для процветания страны; при нем развилось типографское дело и связанное с ним школьное образование. Эту деятельность Грозного продолжил Борис Годунов, но его правление длилось недолго, и развернуться он не успел. Необходимость культурных связей с Западом и серьезных реформ в России хорошо видели царь Алексей Михайлович и патриарх Никон, но оба они опасались влияния на Русскую Церковь со стороны Католичества и Протестантства. При них в Москве появился церковный деятель и писатель Симеон Полоцкий. Он учился в Киево-Могилянском коллегиуме, а затем принял монашество и стал руководителем братской школы в Полоцке. После переезда в Москву в 1664 г. он стал обучать подъячих Тайного приказа в Спасском монастыре, что за Иконным рядом. С тех пор Заиконоспасский монастырь становится центром московского образования. Вскоре царь поручил Симеону воспитание своих детей, для которых Полоцкий написал ряд поучительных книг. Тогда же началась его плодотворная литературная деятельность. Роль Симеона в истории Русской Церкви связана, главным образом, с возрожденной им живой проповедью, давно в Москве не практиковавшейся. Его проповеди собирали огромные толпы верующих, но церковная иерархия отнеслась к этому враждебно, поскольку привыкла во время служб ограничиваться чтением святоотеческих поучений.

Полоцкий основал в Москве литературно-научную школу, известным представителем которой стал Сильвестр Медведев. Скончался Симеон в 1680 г. и был похоронен в Заиконоспасском монастыре. Его труды неоднократно переиздавались.

Последним трудом Симеона Полоцкого стала грамота для новой Академии – высшего училища, которое решил устроить царь Федор. Эта Академия управлялась советом профессоров под председательством избираемого из их среды ректора; им было позволено приобретать всякого рода имущество в полную и безотчетную собственность. Аттестат Академии давал право на занятие высших государственных должностей, даже если получивший его происходил из низших сословий. Академии было поручено заведование всей системой народного образования – без разрешения академии нельзя было открывать новые училища и даже приглашать домашних учителей.

Иностранные ученые, приезжавшие в Россию, должны были выдержать соответствующий экзамен, и только после этого им позволяли жить в государстве.