С этих пор Софья именем двух царей беспрекословно семь лет управляла государством. Во внутренних делах не происходило никаких важных изменений, кроме кое-каких перемен в делопроизводстве.[167] Правительство по-прежнему противодействовало обычному шатанию народа и делало распоряжение об удержании жителей на старых местах. Разбои усиливались; даже люди знатных родов выезжали на дорогу с разбойничьими шайками.[168] Помещики дрались между собой, наезжали друг на друга со своими людьми, жгли друг у друга усадьбы; их крестьяне, по их приказанию, делали нападения одни на других, истребляли хлеб на полях и производили пожары. Межевание, начатое при Федоре, продолжаясь при Софье, приводило к самым крайним беспорядкам. Помещики, недовольные межеванием, посылали своих крестьян на межевщиков с оружием, не давали им мерить земли, рвали веревки, а некоторых межевщиков поколотили и изувечили. За такие самоуправства правительство определило наказывать кнутом и ссылать в Сибирь; но бесчинства от этого не прекращались. Небогатые помещики находились под произволом богатых, владевших многими крестьянами; кто был сильнее, тот у соседа отнимал землю. И бедняку трудно было тягаться с богачом. В самой Москве происходили в то время беспрестанные бесчинства, воровство и убийства. Правительство делало распоряжение под строгим наказанием, чтобы в городе не стреляли из ружей, не дрались на кулачках, не сшибали с ног людей и не били полицейских служилых (капитанов и стрельцов). Но самой важной причиной смут был раскол, который не только не прекращался от преследований, но возрастал в страшных размерах. В 1682 году после казни Никиты Пустосвята разослана была грамота ко всем архиереям, чтоб они сыскивали раскольников и предавали их казни. Еще строже был указ конца 1684 года. Велено было хватать всякого, кто не ходил в церковь, не исповедывался, не пускал к себе священника в дом; таких приказано было подвергать пытке; если обвиненный под пыткой обвинял кого-нибудь в соучастии, и того велено хватать, давать ему очные ставки, производить об нем обыск и, в случае сомнения, пытать. Покаявшиеся были отправлены для исправления к духовному начальству, а непокорных велено было сжигать живьем. За укрывательство раскольников и за недонесение положено было бить кнутом. Но напрасно правительство думало испугать раскольников огнем: они сами сжигались, воображая себе, что тем приносят жертву Богу. Такие ужасающие явления беспрестанно повторялись повсюду и выказались в самом чудовищном виде в Олонецкой земле. В 1687 году некто расколоучитель Емельян Иванов из Повенца сошелся с другим фанатиком Игнатием, который завел себе пустынь близ Каргополя, считаем был за святого мужа и совратил многих каргопольцев. Они с толпою последователей захватили Палеостровский монастырь на Онежском озере. Когда против них послано было войско под начальством Мишенского, раскольники зажгли монастырь; ратные люди потушили пожар; часть раскольников с Игнатием сгорела[169], а Емельян с остальными убежал. Два года его отыскивали, он скрывался со своими товарищами в непроходимых лесах. Ратные люди, не поймавши Емельяна, свирепствовали над другими раскольниками и без жалости разоряли пристанища поселян, где жители упорствовали в расколе. В 1689 году Емельян опять очутился в Палеостровском монастыре вместе с соловецким монахом Германом; с ними было до 500 человек. Девять недель сидели они запершись в монастыре. На все убеждения сдаться они отвечали ругательствами против церкви, отстреливались от ратных людей и наконец, когда увидели невозможность держаться долее, зажгли монастырь и все сгорели. Везде, где собирались толпы раскольников, припасались ими горючие вещества, чтобы прибегнуть к этому средству спасения, когда придут гонители. Являлись учители, проповедывавшие, что даже и без гонения самое богоугодное дело сжечься, и уговаривали целые толпы мужчин, женщин и детей предавать себя «крещению огнем», Царствия ради Небесного.

Из внешних дел правления Софьи самым важным событием было заключение в 1680 году с Польшею мира, прекратившего долговременную тяжелую распрю за Малороссию. Как следствие этого мира был поход в Крым Василия Васильевича Голицына, погубивший гетмана Самойловича[170]. Через два года был предпринят другой поход, к которому, так же как и к первому, склонили Россию Австрия и Польша. Кроме того, бывший константинопольский патриарх Дионисий, низложенный турецким правительством за расположение к России, убеждал русских воспользоваться удобным случаем для освобождения христиан от турецкого ига, потому что между самыми турками тогда происходили междоусобия (султан Магомет IV был низвержен войском, и на его место посажен брат его Сулиман II), а австрийцы и венецианцы одерживали верх над турками. Молдавский господарь Щербан со своей стороны убеждал московское правительство послать войско на турок и уверял, что все христиане, находящиеся под турецкой властью, восстанут, при появлении русского войска. При таких блестящих надеждах московское правительство двинуло весной 1689 года 112000 войска на Крым, с которым было до 350 пушек. Начальство взял на себя любимец Софьи Голицын. К нему примкнул малороссийский гетман Мазепа со своими казаками. Русское войско прошло через степь, одержало верх в битве с ханом и дошло до Перекопа. Но Голицын не решился перейти на полуостров. Его испугал недостаток воды, особенно чувствительный при сильном майском зное. Остановившись под Перекопом, Голицын завел переговоры с ханом и, не дождавшись их окончания, поспешно отступил, убегая от преследовавших его татар.

Этот неудачный поход совершенно уронил Голицына. На него стали смотреть как на неспособного труса, но Софья силилась представить и этот поход геройским делом. Не только сам Голицын получил в награду вотчину, 300 рублей денежной прибавки к жалованью и разные подарки, но и все участники похода были щедро награждены. Софья до слепой страсти была предана этому человеку. В письмах своих она называла его: «светом батюшкою, душою своею, сердцем своим» и т.п.[171] Любовь Софьи не спасла Голицына, а его неудачный поход в Крым сделался ближайшим поводом к падению самой царевны. Давняя вражда Софьи с царицей Натальей и Нарышкиными, ее нелюбовь к Петру не прекращались с летами. Софья была правительницей государства только при малолетстве царей. Оба царя пришли в совершенный возраст. Иван Алексеевич еще в 1684 году сочетался браком с Прасковьей, дочерью боярина Федора Борисовича Салтыкова. По своему малоумию он не угрожал Софье потерей власти. Но вот и Петр достиг шестнадцати лет, окружил себя «потешными» – молодежью, собранной вначале из товарищей детских игр царя, а потом из охотников разного звания. Петр проводил с ними время в воинских упражнениях, строил земляные крепости и брал их, а в 1688 году, увидя однажды старое заброшенное судно, получил страстное желание строить суда, плавать по морю и начал свои первые опыты на Переяславском озере. Царица Наталья, страшась козней Софьи, боялась отлучек сына и его горячности, а потому поспешила его женить. 27 января 1689 года Петр сочетался браком с Евдокией Федоровной Лопухиной, дочерью окольничьего. Событие было важное и даже можно сказать роковое для Софьи, так как по русским понятиям женатый человек считался совершеннолетним и Петр в глазах своего народа получил полное нравственное право избавить себя от опеки сестры.

Еще ранее этого времени в 1687 году Софья, предупреждая ожидаемую опасность со стороны Петра, затевала венчаться царским венцом. Для этого ей нужна была опора стрельцов. Шакловитый, преданный ей всей душой, подготовил челобитную как будто от всех чинов Московского государства и начал склонять стрельцов содействовать своему плану. Вместе с тем он чернил перед ними царицу Наталью и Нарышкиных, уверял, что они имеют злые умыслы на Софью, при этом делал намеки на возможность избиения Нарышкиных и даже на убийство самого Петра; козни его не удавались: нашлось только всего пять человек, готовых на какое угодно смелое дело. Мысль о венчании на царство Софьи была оставлена. В 1689 году, июля 8, был крестный ход в Казанский собор. Софья прежде всегда участвовала в подобных крестных ходах, вместе с обоими царями, как правительница государства. Петр на этот раз послал ей сказать, чтобы она не ходила: это имело такой смысл, что Петр уже не считал ее правительницей, Софья не послушалась и пошла за крестами, а Петр через то сам не пошел в крестный ход и уехал из Москвы.