Вынужденное пытками сознание царевича в том, что он готов был пристать к бунтовщикам, дало Петру повод не стесняться своим прежним обещанием помилования, данным виновному сыну. 13 июня Петр приказал нарядить суд из духовных и светских лиц и объявлял печатно, чтобы судьи вершили это дело «не флатируя и не похлебуя ему государю: не рассуждайте того, что тот суд ваш надлежит вам учинить на сына вашего государя, но, несмотря на лицо, сделайте правду и не погубите душ своих и моей души, чтоб совести наши остались чисты в день страшного испытания и отечество наше безбедно».

14 июня царевич был посажен в Петропавловскую крепость, а 17-го потребован в суд к допросу. Царевич оговорил своего дядю Авраама Лопухина и своего духовника Якова Игнатьева, будто последний, узнавши от царевича на исповеди, что царевич желает отцу смерти, сказал: «Бог тебя простит, и мы все желаем ему смерти». Пытали Лопухина, расстригли и пытали три раза протопопа Якова. 19 июня пытали самого царевича и дали ему 25 ударов кнутом.

22 июня Толстой взял с царевича показание, в котором излагались причины его непослушания отцу. Показание это явно было написано так, как от него требовали. Он приписывал все своему обращению с попами, чернецами и ханжами, а в конце оговорил императора, будто тот обещал ему вооруженную помощь: «И ежели бы цезарь начал то производить в дело, как мне обещал, то я бы, не жалея ничего, доступал наследства, дал бы цезарю великие суммы денег, а министрам и генералам его великие подарки. Войска его, которые бы он мне дал в помощь, чтобы доступать короны российской, взял бы на свое иждивение и, одним словом сказать, ничего бы не пожалел, только чтобы исполнить в том свою волю».

24 июня царевича снова подвергли пытке и дали ему 15 ударов кнутом. В этот самый день решился суд над ним. Духовенство дало уклончивый, но замечательно мудрый приговор. Выписав разные места из Священного Писания об обязанностях детей повиноваться родителям, оно предоставило на волю государя действовать или по Ветхому, или по Новому Завету: хочет руководствоваться Ветхим Заветом – может казнить сына, а если хочет предпочесть учение Нового Завета – может простить его, по образцу, указанному в евангельской притче о блудном сыне, и в поступке самого Спасителя с женою прелюбодейницею. «Сердце царево в руце Божией есть; да изберет тую часть, амо же рука Божия того преклоняет!» Так сказано было в конце приговора духовных.

Церковь, в лице своих представителей, исполнила свое дело; она указала дух, в каком должна действовать мирская власть, признающая себя христианскою; более ничего не могла сделать церковь, не имевшая никакого оружия, кроме слова, никаких побудительных мер, кроме указаний на слова и пример Спасителя.

Светский суд не сохранил своего достоинства в равной степени, в какой сохранило его духовенство. Светские судьи могли бы напомнить государю, что он дал свое царское обещание сыну, через Толстого в Неаполе: что ему наказания не будет, если он возвратится. Сын поверил слову царя-родителя, и теперь его можно было судить только в таком случае, когда бы он сделал что-либо преступное уже после своего возвращения в отечество. Но светские судьи так не сделали, во-первых, потому, что во главе их находился Меншиков, личный враг царевича, во-вторых, потому, что они желали угодить Петру и ясно видели, какого решения ему хочется. Царевичу был подписан смертный приговор 120-ю членами суда.

26 июня в 6 часов пополудни царевич скончался. Царь опубликовал об его смерти, что он, выслушавши смертный приговор, пришел в ужас, заболел недугом вроде апоплексии, исповедался, причастился, потребовал к себе отца, испросил у него прощения и по-христиански скончался. Этому описанию не все верили; пошли слухи, что царевич умер насильственною смертию, но какою – неизвестно. Из книг «Гарнизона», то есть Петропавловской крепости, видно, что в день смерти царевича, утром, Петр с девятью сановниками ездил в крепость и там «учинен был застенок», т.е. производилась пытка, но над кем – о том не говорится.

На другой день, 27 июня, была годовщина Полтавской битвы. Царь обедал на почтовом дворе, в саду, и вечером веселился. 29 июня государь праздновал свои именины, обедал в летнем дворце, присутствовал на спуске корабля, а вечером был фейерверк и веселый пир до глубокой ночи. Тело царевича, перенесенное из Петропавловской крепости, лежало в церкви Св. Троицы. 30 июня, вечером, в присутствии царя и царицы, оно было предано земле в Петропавловском соборе, рядом с гробом покойной кронпринцессы. Траура не было. Царевич гнил в земле, а дело его все еще продолжалось, и 8 декабря были казнены смертью обвиненные показаниями царевича: духовник его Яков Игнатьев, дядя его Авраам Лопухин, камердинер Иван Большой Афанасьев, Дубровский и Воронов. Других били кнутом и вырезали им ноздри.

Безусловные почитатели Петра видели в поступке с сыном великий подвиг принесения в жертву отечеству своего родного сына и оправдывали царя крайнею необходимостью. В самом деле, царевич Алексей был такою личностью, которая непременно, по своей бесхарактерности, сделалась бы орудием врагов Петра и всех его преобразований. Его отреченье от наследства ни в каком случае не имело бы силы после смерти Петра, как бы государь ни распорядился престолом. Всегда бы нашлась могущественная партия, которая подвинула бы Алексея возвратить себе потерянные права, и тогда погибель грозила бы всем Петровым сподвижникам и всему тому, что Петр готовил для русского государства. Но нельзя не видеть, что Петром руководили не только государственные виды, но и семейные побуждения. Он не любил Алексея, как сына ненавистной, отверженной им жены, и хотел доставить престол потомству Екатерины; от этого-то он стал налегать на Алексея настойчивее тогда, когда родился сын от Екатерины. Если бы у Петра не было такого побуждения, то, отрешивши Алексея от наследства, он мог бы назначить, по праву первородства, своим наследником внука, Алексеева сына, который был так же мал, как и рожденный через несколько дней после внука сын Петра, царевич Петр Петрович. Петр мог воспитать себе достойного преемника и в малолетнем внуке, как в малолетнем сыне. Чтобы оправдать свой поступок и придать ему законный вид, Петр установил закон, по которому царствующий государь может отдавать после себя престол кому угодно, мимо всякого права рождения. Несостоятельность и неудобоприменимость такого порядка вещей показалась в истории самого Петра: ему пришлось умереть, не воспользовавшись изданным им же законом, не указавши после себя преемника престола.

Из всех современников Петра, окружавших его, не было никого ближе к государю, как Меншиков; не было другой личности, которая возбуждала бы до такой степени всеобщее внимание Европы странными поворотами своей судьбы. По общему мнению, составившемуся еще при жизни Меншикова, он происходил из простолюдинов, и в этом отношении составлял в ряду государственных русских лиц замечательное исключение, олицетворявшее стремление Петра создать новых деятелей, не связанных с общественными преданиями старой Руси. По одним сказаниям, отец его был православный пришелец из Литвы, поселившийся в Москве, по другим – он был уроженец берегов Волги, но и в том и в другом случае простолюдин. В 1686 году двенадцатилетний Александр Меншиков, отданный отцом к московскому пирожнику, продавал в столице пироги. Мальчишка отличался остроумными выходками и балагурством, что долго было в обычае у русских разносчиков; этим он заманивал к себе покупщиков. Случилось ему проходить мимо дворца знаменитого и сильного в то время Лефорта; увидя забавного мальчика, Лефорт позвал его к себе в комнату и спросил: «Что возьмешь за всю свою коробку с пирогами?» – «Пироги извольте купить, а коробки без позволения хозяина я продать не смею», – отвечал Алексашка, так звали уличного мальчика. «Хочешь у меня служить?» – спросил его Лефорт. «Очень рад, – отвечал Алексашка, – только надобно отойти от хозяина». Лефорт купил у него все пирожки и сказал: «Когда отойдешь от пирожника, тотчас приходи ко мне».