С учреждением юстиц-коллегии по городам были определены зависевшие от этого учреждения судьи, и тем был положен как бы зачаток разделения власти административной от судебной. Но 12-го марта 1722 года такие судьи были отменены и правосудие в провинциях по-прежнему вверено было воеводам, творившим суд, вместе с двумя асессорами из отставных офицеров или дворян. Там, где города отстояли верст на 200 и более один от другого, воеводы могли иметь еще лишних асессоров и посылать их вместо себя, с правом судить до 20 рублей, а потом сумма была возвышена до 50. Надворные суды, где такие находились, не подчинялись ни губернаторам, ни воеводам. При всех беспрестанных нравоучениях Петра и угрозах за несоблюдение правосудия, продолжали совершаться дела, возбуждавшие гнев государя. И в 1722 году он приказал напечатать и выставить в сенате и во всех присутственных местах наставление о том, как следует обращаться с законами. «Всуе законы писать, – говорится в том указе, – когда их не хранить или ими играть как в карты, прибирая масть к масти». Но предусматривая, что могут быть замедления и упущения и от малого понимания смысла законов и нововведенных учреждений, Петр в том же своем наставлении (17-го апреля 1722 г.) прибавил: «Буде же в тех регламентах что покажется темно или такое дело, что на оное ясного решения не положено: такие дела не вершить, ниже определять, но приносить в сенат выписки о том». Сенат обязан был «собрать все коллегии и об оном мыслить и толковать под присягою, однако ж не определять, но, положа например свое мнение, объявлять государю». Вместо двух штаб-офицеров, находившихся прежде в сенате, наблюдателем над ходом дел в сенате назначался генерал-прокурор. Он должен был смотреть, чтоб все исполняли свое дело, протестовал, делал замечания и наставления, получал от фискалов донесения, предлагал их сенату и должен был смотреть за самими фискалами. Генерал-прокурор имел под ведением своим обер-прокуроров и прокуроров в областях. Это учреждение не подлежало никакому суду, кроме самого государя. Генерал-прокурор имел право арестовать сенаторов, поверять производимые ими дела иным лицам, но не имел права ни пытать их, ни наказывать. «Сей чин, – говорится в указе 27-го апреля 1722 г., – яко око наше и стряпчий в делах государственных и на нем первом взыскано будет, если в чем поманит». Впрочем, генерал-прокурор не отвечал за ошибки, «понеже лучше дополнением ошибиться, нежели молчанием». Институция прокуроров сплеталась с институцией фискалов. В коллегиях и надворных судах фискалы доносили прокурорам, а в случае медленности прокурора по этим доношениям фискал через своего обер-фискала доносил генерал-прокурору. Последнему каждый фискал мог подавать донос и на своего обер-фискала.

По-прежнему важнейшими делами считались те, которые прямо относились к оскорблениям чести государя. Кроме фискалов и прокуроров, всякому дозволялось подавать доносы о таких делах, надеясь за то царской милости, а за сокрытие чего-нибудь вредного государевой чести обещалась смертная казнь и отобрание в казну всего имущества. Поощряя доносничество, Петр, однако, в указе января 22-го 1724 г. заметил, что иные делали доносы, находясь сами под розыском, и положил таким доносчикам, в уважение к сделанному ими доносу, не облегчать наказания, следуемого за собственные их преступления, а приниматься за их донос, уже покончивши с ними самими. После указа о сжигании подметных писем, охотники к ним приискали другие способы их распространять; они разносили эти письма сами или передавали через прислугу. 9-го ноября 1724 года Петр отменил прежний свой указ об истреблении подметных писем без их прочтения, а велено разносителей их представлять в полицейскую канцелярию.

В начале 1724 года состоялось новое положение, до этого времени не существовавшее: никто из служащих не мог отговариваться неведением закона. Военные люди должны были знать воинский артикул, а статские – генеральный регламент (25-го сентября 1724 г.). Никто не имел права отговариваться неведением, в какой суд обратиться по своему делу (13-го ноября 1724 г.).

Дела о злоупотреблениях должностных лиц по-прежнему влекли за собою мрачные и кровавые зрелища казней. В 1722 году производилось дело воронежского вице-губернатора Колычева: за ним открылись большие злоупотребления и лихоимства, начет на него доходил до 700000 рублей. Его наказали кнутом. Громче было дело о подканцлере Шафирове, человеке, давно уже пользовавшемся доверием государя. Возникло дело о том, что Меншиков, владея в Малороссии местечком Почепом, населил у себя много лишних людей и захватил в свое владение лишние земли. Шафиров в сенате был против Меншикова, вместе с Голицыным и Долгоруким. Обер-прокурор сената Скорняков-Писарев был за Меншикова против Шафирова. Вскоре этот человек, злобясь на Шафирова, придрался к нему по другому делу, в котором Шафиров покушался учинить незаконное постановление ради своих интересов: Шафиров хотел, чтобы брату его Михайлу, при переходе с одной службы на другую, выдали лишнее жалованье, и подводил его под закон об иноземцах. Скорняков-Писарев колко заметил ему, что Шафировы не иноземцы, а жидовской породы, и дед их был в Орше «шафором» (домоправителем), отчего и произошло их фамильное прозвище. Колкое замечание раздражило Шафирова, а враг его, озлобившись пуще, через несколько дней опять зацепил его. В сенате слушалось дело о почте, – почтою управлял Шафиров. Обер-прокурор потребовал, чтобы Шафиров вышел из сенатского присутствия, потому что царский указ предписывал судьям выходить прочь из присутствия, когда слушаются дела, касающиеся до них самих или до их родственников. Шафиров не послушался, обругал Скорнякова-Писарева вором, а потом наговорил колкостей канцлеру Головкину и Меншикову. Тогда оскорбленные сенаторы вышли из заседания сами и затем подали мнение, что Шафиров, за свои противозаконные поступки, должен быть отрешен от сената. Царя в то время не было; он находился в персидском походе, а возвратившись в январе 1723 года, назначил в селе Преображенском высший суд из сенаторов и нескольких высших военных начальников. Суд этот приговорил Шафирова к смертной казни. 15-го февраля 1723 года приговор должен был совершиться в Москве в Кремле. Когда в назначенный день осужденный положил голову на плаху, тайный кабинет-секретарь Макаров провозгласил, что государь, в уважение прежних заслуг Шафирова, дарует ему жизнь и заменяет смертную казнь ссылкою в Сибирь. Позор эшафота расстроил Шафирова до такой степени, что хирург должен был пустить ему кровь. «Лучше было бы, – сказал тогда Шафиров, – если бы пустил мне кровь палач и с кровью истекла моя жизнь». Потом самую ссылку в Сибирь царь заменил Шафирову отправкою на жительство в Новгород, вместе с его семейством. Шафиров, лишенный своего достояния, жил там в крайней бедности и под строгим надзором; русские вельможи и даже иностранные министры посылали ему милостыню. Императрица Екатерина просила государя помиловать его. Петр был неумолим.

Но и Скорнякова-Писарева Петр тогда же отрешил от должности обер-прокурора, отобрал у него пожалованные деревни, однако в следующем году назначил его смотрителем работ на Ладожском канале. Двух сенаторов, державших сторону Шафирова, князя Долгорукого и Дмитрия Голицына, Петр наказал денежным штрафом и шестимесячным тюремным заключением, но через четыре дня простил их, по просьбе императрицы. Соблазнительная ссора Скорнякова-Писарева с Шафировым повлекла к новому закону о наложении штрафов за неприличное поведение в присутственном месте.

Обер-фискал Нестеров, который много лет отличался ревностным преследованием всяких злоупотреблений, наконец и сам попался. Его оговорил ярославский провинциал-фискал Попцов, обвиненный в нарушении инструкции, данной фискалам, и за это после казненный смертью. Но после казни Попцова государь велел нарядить суд над Нестеровым; этот суд, состоявший под председательством генерал-прокурора Ягужинского, подверг Нестерова пытке и нашел, что Нестеров брал с Попцова взятки деньгами и вещами, брал взятки с других лиц по поводу определения их на воеводские места, наконец, брал и по кабачным откупам. На Нестерова начли 300000 рублей. Нестеров был приговорен к смерти и казнен в январе 1724 года на площади против коллегий. Петр, любивший зрелища подобного рода, стоял у окна камер-коллегии. Старик Нестеров, взойдя на эшафот, увидел государя, поклонился и закричал: «Виноват». Но помилования ему не было оказано; палачи тотчас начали его колесовать – ломали сперва одну руку, потом ногу, потом другую руку и другую ногу; истерзанный еще был жив в страшных страданиях. Майор Мамонов, от имени государя, подошедши к нему, сказал, что ему отрубят голову и прекратят его мучения, если он все покажет. Нестеров отвечал, что он уже все показал. Его потащили к плахе и положили лицом в кровь, вытекшую из голов двух казненных перед ним товарищей, а потом отрубили голову. Головы казненных были воткнуты на железные колья; обезглавленные тела их навязали на колеса. Тогда с Нестеровым было казнено девять человек, еще несколько наказаны кнутом и сосланы на галерные работы, а четырем из них вырвали ноздри. Петр приказал согнать на эту казнь всех подьячих, дабы они видели, что бывает за злоупотребления по должности. Вслед за тем Меншиков, бывший до того сильным, что сенаторы, вздумавшие сопротивляться его воле, подвергались опасности потерять жизнь, принужден был, по делу о незаконном присвоении земель и людей к своему владению в Малороссии, повиниться перед Петром и просить «милостивого прощения и отеческого рассуждения». «Он в беззакониях зачат, во грехах родился и в плутовстве скончает живот свой», – сказал о Меншикове Петр, однако простил его и опять ездил к нему обедать и пировать.