В то же время другим важным двигателем пробуждения умственной жизни на Руси было заведение братств, товариществ с нравственно-религиозными целями, куда входили без различия люди всяких сословий, но непременно принадлежавшие к единой церкви. Такие братства стали возникать из подражания западным. Первое из этих братств в польской Руси, получившее историческое значение, было львовское, основанное по благословению антиохийского патриарха Иоакима, посещавшего русский край в 1586 году. Главные цели его были воспитание сирот, призрение убогих, пособие потерпевшим разные несчастия, выкуп пленных, погребение и поминовение умерших, помощь во время общественных бедствий, – вообще дела благотворения. Члены имели свои определенные сходки и вносили каждый по шести грошей в общую кружку. Тогда при братстве была заведена мещанами школа, типография и больница. В школе преподавалась, кроме Священного Писания, славянская грамматика вместе с греческою, и для этой цели составлена была и напечатана эллино-славянская грамматика, в которой сравнительно излагались правила обоих языков. Частное обучение было стеснено: каждый мог обучать только своих детей и домашних. По образцу львовского братства заведено было в Вильне троицкое братство, а потом стали основываться братства и в других городах. Из них львовскому было предоставлено старейшинство. Уже одно то, что люди всех сословий сходились между собою во имя отеческой веры, улучшения нравственности и расширения круга понятий, действовало на поднятие народного духа. Патриарх Иоаким, учреждая львовское братство, поручил ему надзор над исполнением духовными их обязанностей, равно как над благочестием и добронравием как духовенства, так и мирян; таким образом духовенство стало зависимым от общественного суда светских людей: это было совершенно противоположно воззрениям западного духовенства, которое всегда ревниво хлопотало о том, чтобы люди, не принадлежащие к духовному званию, слепо повиновались наставлениям духовных, и отнюдь не смели рассуждать о делах веры, иначе как под руководством духовных, и не дерзали осуждать их поступков. Но и русским высшим духовным сановникам пришлось не по сердцу основание братств. Львовский владыка Гедеон тотчас вошел в неприязненные отношения к львовскому братству.

Строй православной церкви на Руси, подвластной Польше, был в печальном положении. Высшие духовные сановники, происходя из знатных родов, вместо того, чтобы сообразно православным обычаям проходить лестницу монашеских чинов, получали свои места прямо из светского звания, и притом не по испытанию, а по связям, благодаря покровительству сильных или посредством подкупа, расположив к себе королевских придворных. Архиереи и архимандриты управляли церковными имениями со всеми привилегиями суда и произвола светских панов своего времени, держали у себя вооруженные отряды, по обычаю светских владельцев, в случае ссор с соседями позволяли себе буйные наезды и в домашнем своем быту вели образ жизни, совсем неподобающий их сану. Были примеры, что знатные паны спрашивали для себя у короля епископские и настоятельские места и, оставаясь непосвященными, пользовались церковным хлебом, как тогда выражались. Один современник замечает: «Правила Св. отец не дозволяют посвящать в священники моложе тридцати лет от роду, а у нас допускают иногда пятнадцатилетнего. Он по складам читать не умеет, а его посылают проповедывать слово Божие; он своим домом не управлял, а ему церковный порядок поручают». У владык, архимандритов, игуменов были братья, племянники, дети, которым раздавали в управление церковные имущества. Роскошная жизнь высших сановников повела к утеснению подданных в церковных имениях. «Вы, – обличал русских архиереев афонский монах, – отнимаете у бедных поселян волов и лошадей, выдираете у них денежные дани, мучите, томите работою, кровь из них сосете». Низшее духовенство находилось в крайнем унижении. Бедные монастыри обращаемы были в хутора, владыки устраивали в них псарни для своей охоты, и монахам приказывали содержать собак. Приходские священники терпели и от владык, и от светских людей. Владыки обращались с ними грубо, надменно, обременяли налогами в свою пользу, наказывали тюремным заключением и побоями. Светский владелец села назначал в нем такого священника, какого ему было угодно, и этот священник ничем не рознился от хлопа по отношению к владельцу; господин посылал его с подводою, гонял на свою работу, брал в услужение его детей. Русский священник, – замечает современник, – по своему воспитанию был совершенный мужик; не умел держать себя прилично; не о чем было поговорить с ним. Звание пресвитера дошло до такого презрения, что честный человек стыдился вступать в него и трудно было сказать: где чаще бывал священник, в церкви или в корчме. Нередко богослужение отправлялось им в пьяном виде с соблазнительными выходками, и обыкновенно священник, совершая богослужение, вовсе не понимал того, что читал, да и понимать не пытался. При таком состоянии духовенства понятно, что простой народ жил своею древнею языческою жизнью, сохранял языческие воззрения и верования, отправлял по прадедовским обычаям языческие празднества и не имел ни малейшего понятия о сущности христианства, а высший класс начинал стыдиться своей принадлежности к православной религии; католики всеми силами поддерживали этот ложный стыд. Иезуит Скарга, любимец короля Сигизмунда III, глумился даже над богослужебным языком русской церкви в таких выражениях: «Что это за язык? На нем нигде не преподают ни философии, ни богословия, ни логики; на нем даже грамматики и риторики быть не может! Сами русские попы не в силах объяснить, что такое они в церкви читают, и бывают принуждены спрашивать у других объяснений по-польски. От этого языка – одно невежество и заблуждения».

При тогдашних условиях, поднять падающую церковь и народное благочестие только и можно было, образовавши средоточие возрождения не в духовенстве, а вне его, в мирском быту. Братства и должны были сделаться главным орудием этого возрождения. Патриарх Иеремия, проезжая через южную Русь в 1589 году, утвердил права львовского братства и даже расширил их: освободил братство от зависимости местного владыки и от всякой другой светской и духовной власти, не дозволял в Львове быть иному православному училищу, кроме братского, оставил за ним надзор над судом епископским и, по жалобе братства, наложил запрещение на львовского епископа Гедеона Балабана. Балабан обратился к львовскому римско-католическому епископу, и первый из тогдашних русских епископов заявил желание подчиниться папе.

Во время пребывания своего в южной Руси, патриарх Иеремия низложил киевского митрополита Онисифора Девочку под тем предлогом, что он был прежде двоеженец, и вместо него посвятил Михаила Рагозу, уже, как видно, подстроенного иезуитами. Патриарх ошибся в этом человеке. Но еще более ошибся он тем, что, не давши полной власти митрополиту, назначил экзархом своим (наместником) луцкого епископа Кирилла Терлецкого, человека безнравственного и даже обвинявшегося в самых гнусных злодеяниях, как, например, в грабежах, изнасилованиях и убийствах.

Русское духовенство было сильно недовольно патриархом за то, что он дал братствам такую власть и поставил духовных под надзор мирян: кроме того, на него жаловались и за разные поборы с русского духовенства: подчиняясь турецкой власти, патриархи и вообще греческие святители находились в таком положении, что нуждались в подаянии, собираемом в православных землях. «Мы у них такие овцы, – говорили русские духовные, – которых они только доят и стригут, а не кормят».

На другой год после отъезда Иеремии, митрополит собрал в Бресте синод из православных архиереев. Все начали жаловаться на тягость зависимости от патриарха и роптали на братства, в особенности на львовское, которое, по грамоте патриарха Иеремии 1593 года, находилось под непосредственным ведением патриарха. «Как, – говорили архиереи, – какой-нибудь сходке пекарей, торгашей, седельников, кожевников, неучам, ничего не мыслящим в богословских делах, дают право пересуживать суд установленных церковью властей и составлять приговоры о делах, касающихся церкви Божией!» Все пришли к тому, что лучше всего подчиниться, вместо константинопольского патриарха, римскому папе.